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title: "Spectronau Linux 自定义 FASTA 解析规则说明"
author: "omicsolution"
account: "omicsolution"
published_at: "2025-09-01T12:11:11+08:00"
captured_at: "2026-08-27T10:51:43.451909+08:00"
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# Spectronau Linux 自定义 FASTA 解析规则说明
简介

本指南介绍如何在Spectronaut™ Linux 版本中使用自定义 FASTA 文件解析规则。通过该功能，您可以灵活定义 FASTA 文件头信息的提取规则，以便在后续分析中生成结构化报告。

使用方法

使用自定义解析规则时，需要通过convertFASTA命令导入 FASTA 文件并生成.bgsfasta格式的文件：

spectronaut convertFASTA -fasta <path_to_fasta_file> --parsingRule <path_to_parsing_rule_json> -o <output_folder>

输出的.bgsfasta文件可用于后续的搜索流程（类似于普通 FASTA 文件）。

创建解析规则（JSON 文件）

1. 通过 Windows Spectronaut Viewer 创建

1.打开Spectronaut Viewer（Windows 版）

2.进入Database 视角 → Protein Databases

3.选择一个FASTA 文件导入的数据库

4.点击New Rule创建新规则，或Export Rule导出已有规则

5.保存为.json文件

2. 手动创建 JSON 文件

JSON 文件需包含以下字段：

·name：解析规则名称

·proteinIDToken：用于标识蛋白ID 的字段

·keywords：用于匹配FASTA 头部信息的关键词列表

·parsingRule：解析规则字符串

示例JSON 文件

{

"name": "UniProt FASTA",

"proteinIDToken": "Accession",

"keywords": ["Database", "Accession", "UniProtId", "Protein Name", "Protein Description", "Organism", "OrganismId", "Gene", "Protein Existence", "Sequence Version"],

"parsingRule": ">$[Database]$|$[Accession]$[UniProtId]$|$[Protein Name]$ $[Protein Description]$ OS=$[Organism]$ OX=$[OrganismId]$ GN=$[Gene]$ PE=$[Protein Existence]$ SV=$[Sequence Version]$"

}

解析规则说明

解析规则中使用$[Token]$表示变量，解析后的字段可在报告中作为列名使用，例如：

·PG.Database

·PG.Accession

·PG.Protein Name

·...

如需在报告中默认显示，建议使用以下关键词命名：

Database, Accession, UniProtId, Protein Name, Protein Description, Organism, OrganismId, Gene, Protein Existence, Sequence Version

提示：如果两个Token 之间没有分隔符，它们将共同匹配一个字段。

常见问题

·如何验证解析规则是否生效？
查看输出的.bgsfasta文件内容或生成的报告字段。

·解析失败怎么办？
检查FASTA 头格式是否与规则匹配，确保关键词无拼写错误。

·是否支持批量处理？
是，支持命令行脚本化批量导入。