使用Spectronaut，您不仅仅接入了DIA分析的快车道，更加可以站上易算为您提供的蛋白质组学一系列前沿方案的。
面向 DIA 蛋白质组学的权威分析软件
从 directDIA 到 library-based workflow，Spectronaut 覆盖从搜索空间生成、肽段/蛋白鉴定、定量、质量控制到结果可视化与报告导出的完整分析流程。兼容主流仪器平台与多种 DIA 采集方法，帮助团队在复杂样本和大规模项目中获得更深、更稳、更快的蛋白质组学洞察。
行业标准
首个商业化 DIA 软件 1000+ 用户信赖 4500+ 论文引用 15+ 年软件研发积累 配套DDA：SpectroMine；PRM: SpectroDive 模块实现蛋白质组学全流程分析 Google scholar 引用
技术优点
1. 厂商无关，兼容主流 DIA 平台
支持 Bruker、Thermo、SCIEX 与 Waters 等主流质谱平台，覆盖多类型 DIA 数据分析需求。
2. 完整 DIA 工作流
支持 directDIA、library-based 与 hybrid workflow，从原始数据导入到生物学结论输出，无需在多套软件之间切换。
3. 高性能 library-free 分析
directDIA 让用户无需额外构建谱图库即可完成高质量 DIA 分析，兼顾速度、深度与可重复性。
4. AI 增强的数据解析能力
基于 AI 与机器学习优化的信号处理、打分与定量能力，帮助用户在复杂搜索空间下保持高质量结果输出。更加支持AI加持下的非酶切、同位素标记、复杂修饰分析等传统DIA分析无法实现的分析流程。
5. 可扩展的云与 HPC 部署
支持 Windows、Linux、cloud 与多节点并行分析，适合高通量项目、核心平台与多用户协作环境。配合易算定制化方案OmicsCloud云平台或Spectronaut Pipeline Pro 本地方案轻松实现复杂实验设计和海量数据的快速分析。
6. 深度可视化与自定义报告
支持 XIC、ion mobility、cross-run alignment、protein coverage、差异分析与自定义报告输出，帮助用户更快从数据走向结论。
核心能力
directDIA：无需建库，直接进入蛋白鉴定与定量
Spectronaut 的 directDIA 是其标志性的 library-free workflow，可直接针对 FASTA 库完成 DIA 数据搜索与提取。对于样本有限、时间紧张或不希望增加 DDA 建库成本的项目，directDIA 提供了更高效率的替代方案。相对于其他基于谱图预测的软件，directDIA流程更加灵活，无关fasta格式、大小、修饰种类、漏切、非特异性酶切等信息，完全统一处理。
library-based：适合需要固定谱图库策略的标准化项目
如果项目更适合使用谱图库，Spectronaut 同样支持基于 DDA、DIA 或二者结合的 hybrid library 生成与导入，也支持外部搜索结果与外部谱图库的接入。
hybrid workflow：兼顾灵活性与项目深度
在需要兼顾既有 谱图库与 library-free 扩展能力的场景中，Spectronaut 可将 DDA/DIA谱图库数据与 directDIA 结果结合，帮助团队更高效地扩展搜索空间，同时控制 FDR 并适配不同色谱条件。
从原始数据到生物学解释的一体化体验
Spectronaut 覆盖经验搜索空间生成、肽段/蛋白鉴定、定量提取、后分析可视化、差异分析与报告导出，减少跨软件协同成本，提升整体分析效率。
灵活的分析策略
适用场景
发现型蛋白质组学
适用于需要大规模、可重复、高精度定量的 discovery proteomics 项目。
Immunopeptidomics
针对 HLA 结合肽等复杂、非特异搜索空间场景，提供更高深度和更高效率的分析能力。
PTM 研究与开放式搜索
支持多种 PTM、非特异酶切以及开放式 PTM probing，帮助用户更系统地探索蛋白修饰事件。
大规模队列与核心平台
支持 Linux、cloud 与 HPC 并行处理，适合核心设施、高通量平台与多团队共享部署。
同位素标记定量工作流
兼容SILAC、二甲基化标记等方法，适用于新生蛋白或高精度定量蛋白质组学场景。
界面与结果探索
快速搭建与分析回看
通过向导式设置快速启动分析；原始数据与结果可在分析中或分析后查看，支持多种质量控制与信号检查视图。
结果探索更直观
可通过交互式浏览器查看 protein coverage、相对丰度、样本间变化与关键候选分子表现，便于研究人员快速锁定值得深入研究的目标。
报告导出更灵活
从蛋白到前体、片段离子与 PTM 定位，均可按需自定义导出；预设 report schema 也便于与外部分析软件衔接。
版本 20 亮点
2025年最新版本v20
Spectronaut 20 以全新 Kuiper 搜索引擎为核心，针对大搜索空间下的 library-free directDIA 进行了重新优化，尤其适用于 immunopeptidomics、unspecific digestion 与 PTM discovery 等高复杂度场景。官方资料显示，相比 Spectronaut 19，HLA Class I 免疫肽鉴定平均可提升 75%，运行时间平均可缩短 70%；在非特异/半特异 directDIA 搜索中，速度最高可提升 85%，MHC Class I 与 II 鉴定数量分别最高可提升 80% 和 30%。再配合增强的 FDR 控制、timsTOF 定量优化，以及全新的 motif、length、charge 可视化，Spectronaut 20 让 DIA 分析更快、更深，也更值得信赖。
亮点拆解
全新 Kuiper 搜索引擎，专为大搜索空间下的 unspecific directDIA 设计 支持 PTM Probing Search，加快潜在修饰位点探索 增强 FDR 与 precursor FDR 控制，提高复杂场景下的结果可信度 优化 timsTOF 数据离子淌度维度处理，提升定量准确性 新增 peptide motif、peptide length 与 precursor charge 等 post-analysis 可视化 支持更灵活的命令行与大规模并行分析能力，便于 cloud/HPC 部署 更加严谨的DIA FDR控制策略 支持分布/分步式搜索策略