如往年一样 ASMS期间，Spectronaut 21 升级准时到来，可以概括为四个方向：
directDIA 结果提升
PTM 位点算法强化
免疫肽组 ISF 控制
大队列分析并发与文件体积优化
1. directDIA：识别深度与分析通量提升
Spectronaut21 再次升级directDIA、新一代 ML / AI 打分和自动 sub-sample runs，提高 library-free discovery DIA 的启动效率。
在蛋白组 discovery 场景中，directDIA 可减少额外建库依赖，使新样本类型、新方法或新队列尽早进入第一轮结果判断。对大队列项目，自动 sub-sample runs 可减少人工选择样本和重复配置带来的等待。
关键更新包括：
- 平均 protein group 提升约 10%。
实测数据：以我司demo数据Astral Zoom 293T 14min为例 
Spectronaut21（BGS Default，Swissprot Human） 
Spectronaut20（完全相同参数） 提升PG 8%，Precurosor 6% AI / ML scoring 增强 tryptic 与 unspecific peptides 预测 directDIA 自动抽样机制提升大队列分析周转效率 timsTOF directDIA 平均约 15% 加速
2. PTM：从修饰肽段进入位点层解释
在Spectronaut 21中，升级后的深度学习模型，让您能够自信地检测数据集中常见和罕见的修饰。同时，通过新一代评分系统，包括离子淌度指标，增强了位点定位可信度，为您提供更精确的精度和更全面的PTM图谱。
PTM site localization、site stoichiometry、PTM site report、PTM site-specific statistics 和 post-analysis 可视化能力增强。
图 2：PTM 新site report和结果图
图 3：PTM localization plot
3. 免疫肽组：识别提升与 ISF 误判控制
Spectronaut21 在 MHC I / II immunopeptides 数据中鉴定进一步提升，并增加 In-Source Fragmentation 相关判断，用于降低源内碎裂信号造成的误判。
ISF（InSourceFragmentation） 可能产生与 parent peptides 共洗脱、共享序列的 child peptides。若不加区分，这类信号可能被误认为独立内源肽段，导致 peptide count 虚高。
免疫肽组分析建议关注以下结果字段：
EG.InSourceFragmentationClass EG.InSourceFragmentationParentID EG.InSourceFragmentationParentQvalue EG.LikelyInSourceFragmentation
这些字段可用于区分真实候选肽段与源内碎裂相关信号，提升免疫肽组结果解释的可靠性。
4. 海量数据分析与文件管理：面向大队列交付
Spectronaut21 继续优化并发性能、experiment-level merging 和 SNE/XIC 文件体积。
对长期队列、多批次项目和跨团队交付来说，分析等待时间、文件传输、长期归档和报告复用会共同影响项目效率。Spectronaut21 的性能与文件管理更新，主要作用在这些平台化场景。
关键更新包括：
相同数据SN21下保存含XIC格式体积减少近一半 
并发分析继续提速 experiment-level merging 并行时最高约 30% 加速。 
分析文件体积减少约 15-50%。 保存 XIC 时 SNE 文件体积可减少约 50%。
图 4：Spectronaut21升级后的分析流程优化
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