适用版本：v3.3 (Windows x64)
Spectronaut_Pipeline_v33
1. 安装与环境准备
1. 软件依赖：确保本机已安装 Biognosys Spectronaut (v20.3+)，并且你有对应的License。
2. 运行程序：双击 `OmicSolution_Pipeline_v33.exe`。
注意：首次运行可能会弹窗询问 Spectronaut.dll 位置，通常位于 `C:\Program Files x86\Biognosys\Spectronaut\bin\Spectronaut.dll`。*
2. 界面概览
软件分为四个主要标签页：
●Configuration: 设置路径和参数（由此开始）。
●Step 1: Library: 构建谱图库流程。
●Step 2: DIA Analysis: DIA定量分析流程。
●Analysis Summary: 数据质量统计表。
底部为 Log Panel（日志面板），实时显示系统状态和正在运行的任务。
3. 快速上手流程
OmicSolution-2025-VIP
第一步：项目配置 (Configuration)
1. Raw Dir: 点击Browse选择存放 `.raw` 或 `.htrms` 文件的文件夹。
2. Out Dir: 选择结果输出的根目录。建议新建一个空文件夹。
3. Exp Name: 输入实验名称（将用于最终结果文件的命名）。
4. Input Files:
* Fasta: 添加参考基因组数据库。
* Settings: 加载Spectronaut的 `.prop` 配置文件（如无，使用默认）。
* Schema: 加载结果导出格式 `.rs` 文件。
5. 点击 Validate & Initialize。
系统会自动扫描目录。如果是旧项目，会弹出“恢复向导”；如果是新项目，将解锁 Step 1 标签页。*
第二步：库构建 (Step 1)
进入 "Step 1: Library" 标签页。建议按顺序点击，或直接点击 >>> RUN ALL STEP 1 <<< 一键全自动运行。
●1.1 Database Search: 对每个Raw文件进行脉冲搜索。
●1.2 QSP Generation: 生成优化的搜索参数。
●1.3 Batch Processing: 基于QSP进行精细化处理。
●1.4 Library Generation: 合并生成最终谱图库 (.kit)。
第三步：DIA分析 (Step 2)
当 Step 1 完成（生成.kit文件）后，"Step 2" 标签页解锁。
1. 点击 2.1 DIA Analysis：对每个样本进行DIA定量。
2. 选择合并模式：
* Merge: 标准流程，生成一个合并的SNE文件。
* Combine: 适用于超大规模数据，扁平化处理。
3. 点击 2.2 Execute Merge：生成最终报表。
第四步：查看结果与清洗
● 切换到 Analysis Summary 标签页，点击 Refresh，查看各样本的蛋白鉴定数。
● 点击 2.3 View Results (在Step 2页面) 打开数据清洗器：
* 检查是否有重复运行产生的冗余文件。
* 一键清理 Log 和 Temp 文件，打包归档。
4. 常见问题 (FAQ)
Q: 程序运行中途崩溃或我手动关掉了，怎么办？
A: 直接重新打开程序，加载相同的 Out Dir。Resume Wizard 会自动弹出，显示哪些步骤已完成（打钩✅），哪些未完成。点击 "Resume Project"，程序会自动跳过已完成的文件，只处理剩下的。
Q: 为什么日志里显示 "Skipped"？
A: 这是正常的。因为该样本在目标文件夹中已经存在结果文件，为了节省时间，程序自动跳过了它。如果您想重跑，请手动去文件夹删除对应的结果文件，或者使用工具自带的 Data Cleaner 删除。
Q: 能够同时处理多少个样本？
A: 在 Configuration 页面可以设置 Parallel Tasks。程序会根据您的CPU和内存自动推荐数值（通常为4-8个）。设置过高可能导致内存溢出报错。
Q: 如何强制停止？
A: 点击任何一个标签页底部的红色 STOP ALL 按钮。这会强制杀死后台所有的Spectronaut进程。请注意，正在写入的文件可能会损坏，下次运行时建议删除受影响的文件。