在上个月举行的ASMS2025年会上，Biognosys发布了核心产品Spectronaut20，今天我们借着发布会录屏为大家再次回顾下SP20的主要更新内容。
全新搜索引擎扩展Kuiper：作为Pulsar引擎的辅助算法，Kuiper已集成到SP20的搜索流程中，Kuiper专为解决非特异性搜索空间随肽链长度增加而扩大导致搜索时间大幅增加的问题而打造，采用新颖的双索引概念
Kuiper的工作流程：与Pulser协同工作，Pulser 获取MS/MS扫描数据后发送至Kuiper，Kuiper进行基于双索引的扫描分析，返回建议肽列表，这些肽在Pulser中重新枚举并评分，过程高效且内存占用极低，还能利用新增的针对免疫病理组学数据子集的特定评分方法。
Kuiper在搜索时间上的提升：对于I类MHC搜索空间（7-12长度），搜索时间减少约70%，每个文件约需8分钟；II类MHC肽搜索时间减少70%以上，降至87%以下，每个原始文件约需10分钟。
Kuiper在数据质量上的表现：相比Spectronaut19，I类MHC肽鉴定量增加75%，II类MHC肽鉴定增加18%；通过双物种测试和10倍库验证策略等评估错误发现率，所有数据集和重复实验的错误发现率均明显低于预期的控制水平。
Kuiper作为开放型修饰搜索引擎的特点：能处理天文数字级的搜索空间，在人类细胞ID等情况下，相比Spectronaut19的非特异性封闭搜索，Spectronaut20的封闭搜索时间大幅缩短，且鉴定数量显著提升；支持非特异性开放修饰搜索，预设35种常见修饰，用户可自行调整，还能显示样本中常见修饰的分布情况。
新增的修饰及相关分析图：新增几种主要针对MHC数据的修饰，包括motif分析图、肽长度分布图以及淌度下鉴定结果分布叠加图，可查看识别结果所属的电荷状态和数据检测区域。
Spectronaut 20在免疫基因组学识别能力的提升及验证：显著提升了免疫基因组学的识别能力，为验证新识别肽段的质量和生物学相关性，从免疫肽的产生过程、特征等方面进行分析，免疫肽由细胞内源性蛋白消化产生，具有特定基序和长度分布，可通过特定工具预测其结合能力。
单一细胞模型分析结果：使用已发表的免疫肽数据集，在Spectronaut20中以单次搜索模式分析，Spectronaut的鉴定数量几乎翻倍，且符合预期图景，重叠肽段少，意外肽段占比符合1%运行级FDR估算。
多种细胞系数据集分析结果：无库分析识别数量多于谱图库依赖搜索，且两者结果高度一致，motif与预期等位基因特征高度吻合，肽长度分布无显著差异，能重现相同生物学特征，定量分析拟合效果好。
患者样本分析结果：11名患者样本中，不同患者识别数量差异大，但无库分析表现优于谱图库和DDA分析，可靠结合物比例在不同搜索间接近，比率和肽段长度分布在不同搜索间无显著差异，能在单次搜索中分析不同患者样本并获得有意义的生物学结果。