UniProt 2026_03 已成为易算知识库中数据库中心的默认查询版本。本轮更新不仅涉及参考蛋白组及序列集合，也新增了连接分子动力学数据的入口。对蛋白质组学用户而言，值得关注的是：能查询什么、搜库文件变了什么，以及怎样保证新旧结果可以追溯。
本站上线核验：2026 年 9 月 15 日
当前默认：2026_03；2026_02 保留为历史版本。
01 / 官方更新
从蛋白条目，连接分子动力学数据
UniProt 本轮发布说明明确列出两项新增交叉引用：MDposit（Molecular Dynamics Data Bank）和 MDRepo（蛋白质分子动力学模拟开放仓库）。官方示例分别为 P00918 和 O29777。
这些链接让用户能够从相关 UniProtKB 条目进一步查找分子动力学资源。对研究构象变化、柔性区域或相互作用机制的人来说，这是从蛋白身份进入动态研究资料的一个入口。
交叉引用提供的是资源连接，并不意味着每个蛋白都有数据，也不意味着模拟结果可以直接替代实验验证。本文所说的 MDposit / MDRepo 是 UniProt 官方新增关联。
02 / 本站实测
新增注释能否在本站本地查询？
目前需要区分：2026_03 参考蛋白组、FASTA 和已导入的蛋白注释可以在本站查询与浏览；本轮官方新增的 MDposit、MDRepo 交叉引用，尚未接入本站本地注释查询与展示。
本次核验中，官方示例蛋白 P00918、O29777 均可在本站本地查询，但返回结果不包含这两类新增字段。需要查看对应关联时，请前往 UniProt 官网的相关条目，再进入外部数据库。本站当前也不提供分子动力学轨迹播放或模拟计算。数据库版本升级，不等于全部新增外部注释能力已经同步开放。
蛋白组增加了，序列总量却不是单向增长
我们将本站保存的 2026_02 与 2026_03 参考蛋白组索引进行同口径比较。变化如下：
参考蛋白组
2026_02：36,466
2026_03：37,190
净增 724（约 1.99%）
canonical 序列
2026_02：138,154,580
2026_03：138,450,790
增加 296,210
additional / isoform 序列
2026_02：8,978,977
2026_03：8,864,094
减少 114,883
按 Proteome ID 比较，03 版新进入本站参考集合的有 744 个，从该集合移出的有 20 个。移出参考集合不等于相关物种消失，也不能据此断言其所有蛋白记录被删除。具体变化仍需回到相应 Proteome 和条目核对。
canonical 与 additional 两部分合计，由 147,133,557 增至 147,314,884，净增 181,327。这说明更新既有补充，也有调整；“蛋白组更多”不等于每个物种、每类序列都更多。
03 / 对搜库的影响
版本更新会改变序列集合
在搜库分析中，FASTA 决定可以匹配到哪些候选蛋白序列。参考蛋白组与 additional 序列集合发生变化后，候选肽段、共享肽段归属和蛋白推断结果可能随之变化；是否影响某个项目，需要以实际搜库结果验证。
新项目：先确认物种和 Proteome ID，再确定使用 canonical 还是包含 additional / isoform 的序列范围，随后保存对应版本的 FASTA。
正在进行的项目：同一比较批次尽量沿用统一的数据库版本和序列范围。确需升级时，记录变更，并在一致的分析设置下重新评估，避免直接拼接不同搜库背景的结果。
历史结果复现：继续选择原项目使用的 2026_02，保存原 FASTA、校验值和搜索参数。本站继续保留2026_02和2025_04版本，随时可以追溯。
04 / 现在可以怎么用
在易算SUPPORT网站获取带版本信息的 FASTA
进入本站“UniProt 浏览与 FASTA 获取”，确认 Release 为 2026_03。可使用 Proteome ID、Taxon ID、物种中文名、拉丁名或蛋白标识符检索；下载前核对物种、蛋白组和文件类型。
1. 输入 9606 或 UP000005640，定位人类参考蛋白组。
2. 查看蛋白组详情和文件列表，按项目需要选择 canonical 或 additional / isoform 相关文件。
3. 使用 P04637 等 accession 查看蛋白条目，结合功能与来源信息进行复核。
4. 将 release、Proteome ID、序列范围、下载日期和 FASTA 校验值与项目记录一同保存。
批量输入、结果分享、序列工具和中英文界面仍可继续使用。旧链接若显式带有 release=2026_02，会继续打开 02 版；需要新版时，在 Release 下拉框选择 2026_03，或通过本文“阅读原文”进入。
03 版参考蛋白组源文件、注释库和预计算检索索引已就绪；默认版本接口、03 状态接口及 P04637 本地查询已返回成功。本站保留 02 版供历史查询使用。
开始使用 UniProt 2026_03
点击文末「阅读原文」，进入易算support知识库页面 新版数据库检索。
先确认版本，再选择序列范围，让每一次搜库都有可追溯的起点。
[1] UniProt release 2026_03，官方 News，2026-09-02；ftp.uniprot.org / current_release / news.html。
[2] UniProt Release 2026_03，官方 relnotes.txt 与 Reference Proteomes README。
[3] 易算知识库网站 2026_02 / 2026_03 版本索引对比及 2026-09-15 上线接口核验。
文中对搜库和复现的建议为方法学解读；版本变化不等于性能提升承诺。