基于SpectroDive进行Method编辑的若干小技巧

这一节我们来分享怎么基于PRM预扫结果对方法进行优化，内容包括：

1. 怎么基于PRM预扫数据生成保留时间矫正曲线?

2. 怎么基于PRM预扫结果优化Panel?

3. 怎样基于PRM预扫的实际保留时间生成scheduled方法?

左边是数据树，以run-panel-precursor-fragment节点依次进行数据展示，可根据要查看的数据节点依次点击下拉按钮进行数据查看（结果会显示在右侧窗口）；

对于鉴定成功的肽段（默认Q value≤0.01），会默认显示为绿色的图标；

未鉴定成功的肽段则显示为红色图标。

支持从以下两个方面进行Panel优化：

2.1 IRT保留时间索引值--Refine iRT 

根据预实验的分析结果，如果个别离子的峰提取的有问题，可以通过人工校验，并且可以根据校验结果修定Panel中对应的iRT值。

操作流程如下：

Step1：将软件的积分区域（两条绿色虚线覆盖的区域）手动指定到特定的区域，可以将鼠标置于X轴的谱峰位置，待图标变为小手的形状时点击鼠标，可快速实现积分区域的移动；

Step5：点击“Refine”；

软件会自动将对应Panel中的iRT值进行修定。

如果需要将Panel恢复到初始设置，则在Prepare视图下，选择特定的Panel，右键选择“Revert to Factory Settings”即可。

2.2 Fragments碎片离子组成--Refine Assay Transitions

同上，Panel中的碎片离子也支持根据预实验的结果进行修定。

在Precursor节点右键选择“Refine Fragment Selection”会跳转出碎片离子组成窗口，其中碎片离子分成两部分：Panel Fragments（Panel中现有的碎片离子）和Theoretical Fragments（理论会碎裂出的碎片离子且不存在于现在的Panel中），如下图：

碎片离子可以通过勾选和反选来进行添加和去除，选定好后点击“Apply Selection”。此时对应的母离子图标上会出现一个手状图标。

在Project节点位置右键，选择“Panel Refinement”→ Refine Assay Transitions → 点击“Refine”，软件则会自动修定Panel中的碎片离子组成，并根据新的Panel进行峰提取。

如果需要将Panel恢复到初始设置，则在Prepare视图下，选择特定的Panel，右键选择“Revert to Factory Settings”即可。

由于Prepare界面导出方法时仅支持导出经保留时间校正曲线校正后的保留时间，因此与实际的保留时间会存在偏差，如果更倾向于用实际的保留时间去进行方法设置，可以参考以下tip：

打开分析结果视图Analysis，确保所有的峰提取结果都正确的前提下，在Report界面找到以下表头，生成Report模板导出列表，基于excel手动划分一下保留时间以及离子淌度窗口即可。