多肽组学

应用领域

• 非抗体依赖，肽段检测无偏向性，通量更高； 

• 可同时进行肽段的序列鉴定及定量分析； 

• 基于高精度质谱，更高的分辨率、灵敏度和重复性； 

• De Novo方法既可以鉴定已知肽段，也可以检测未知肽段，寻找新的活性肽。

如无物种信息（或认为多肽来源不是蛋白水解产物，不来自于编码基因产物等），一般可以采用De Novo方法直接检测分析3-12AA长度的多肽，更长的多肽De Novo可信度大幅下降，不建议。

结果包括：

1. 质谱原始数据；

2. De Novo得到的多肽序列及其可信度；

3. 质谱信号强度（非多肽含量，仅为质谱中的信号，可以粗略反应含量高低）；

4. 质谱图；‍

如采用物种相应蛋白质组数据库分析

结果包括：

1. 质谱原始数据；

2. 多肽-蛋白匹配列表，得分，信号强度；
   

3. 无法匹配蛋白的谱图的De Novo多肽序列及其可信度，质谱信号强度；

4. 质谱图；

5. 多组样品分析可以进行非标记定量，检测差异表达的多肽种类

1. 首先需要明确检测多肽的分子量范围，一般建议关注3000Da以下，3000Da~10000Da。更大分子量的建议按照蛋白操作。另外质谱检测2-6个AA长度的肽段会产生较多的排列组合误判，难以降低假阳性，需要后续自行验证准确性。

2. 样品管上名称和信息单名称请务必保持一致，除名称以外，请勿将其他信息标记于管盖，以避免出现可能的识别错误。

3. 锡纸包装的组织样品，将样本名称写在标签纸上并和样品一起装入塑封袋中，避免低温冰冻造成的样本名称无法识别。

4. 非液体样品请采用1.5ml和2mlEP管送样，请勿使用PCR管、八连管、96孔板等异型管方式送样，一旦使用将影响项目周期。请不要送大体积样品，如样品浓度过稀，建议修改实验流程或浓缩到1.5ml内送样。

4.多肽样本送样要求：样本如为处理好的肽段，可以送肽段冻干粉（1mg以上）或浓度大于1ug/ul的肽段溶液，请告知肽段样本前处理方法及溶液buffer成分（不得含有NP40,Triton X-100等影响质谱的试剂）。如未除盐请提前告知。溶液样本需干冰寄送，冻干粉可冰袋运输。如样本需我们提取肽段，请预估样品中多肽含量50ug以上。

大多数内源多肽来自于蛋白水解产物，因此我们通常采用研究对象的蛋白质组数据库进行非特异性水解多肽序列进行分析，送样前须先确认是否要额外进行DNA或RNA测序以获取理论序列数据库还是可以直接采用公共蛋白质组数据库。

确认是否有可用的蛋白质组数据库方法如下：

请使用送样物种的准确拉丁文名称，如黄花鱼，则需要确定准确物种名称是大黄鱼（Larimichthys crocea）还是小黄鱼（Larimichthys polyactis），然后在www.uniprot.org/proteomes/ 中输入拉丁文物种名称搜索。可以发现目前可以直接用于组学分析的物种只有大黄鱼

其数据库中蛋白质种类有23960种，蛋白质组完整性close to standard，可以分析，而小黄鱼则没有蛋白质组数据库，请自行评估是否可以用大黄鱼这个较为同源的物种替代分析。

如泥鳅，Misgurnus anguillicaudatus，可以发现没有对应的蛋白质组数据库。在www.uniprot.org/taxonomy/ 全物种索引中搜索可以发现只有554条已知蛋白序列。

在这种情况下，建议首先送测RNA-seq，深度测序覆盖可以拿到研究对象该状态下可能表达的蛋白序列。如果不想测序的话，则可以尝试查找下其近源物种是否可以替代。

点击物种名称链接后，可以看到物种分类，可以预知的是鲤形目肯定有大量的蛋白质组信息，但毕竟和泥鳅所属的鳅亚目差的太多。所以我们先看下鳅亚目。

鳅亚目根据查找资料可以知道大约有1000多种物种，UniprotKB里有

35724种蛋白质，点击后可以看popular organisms下面的不同物种缩写名称后的数字，代表其包含蛋白序列数量，可以发现没有优势物种，也就是1000多种物种每种可能都只有几十到几百个蛋白，一共才35706种蛋白，非常不完整，因此如果不测序的话就只能用鳅亚目或者用斑马鱼、鲤鱼等检索了。