蛋白质组学研究的困难很多，但是办法总比困难多，前提是你的工具要与时俱进。以万事开头第一步来说，如果我接到一个新课题，一个我不熟悉的物种，那如何来指导质谱搜库呢？
如果您已经比较熟悉蛋白质组的分析流程了，自然立刻就想到了UniProt。
但UniProt还是没法做到大而全，总有些物种被它遗漏，那该如何是好呢？在当下AI满地跑的时候，我们自然想到了求助于AI，但AI其实也只能是帮你进行快速网络检索和挑选，所以对于这类数据或数据库寻找的工具还是类似于ChatGPT会更好使点（国内AI在检索国外数据库时还是有比较大劣势的）。不过众所周知的蛋白资源库是UniProt，而基因资源库则是NCBI以及Ensembl，ChatGPT据我观察默认似乎并不检索Ensembl，只能说各有各的优缺点吧。
今天我以最近遇到过的需求为例（还算挺典型的），后续还找不到资源的话要么的确没有，要么你学的不到位，亦可私聊我司。
大致分析阶段先总结如下：
确认准确物种科学命名
UniProt Proteome搜索：
c. NCBI，Ensembl基因组库寻找或求助AI
d. 基于AI的指导谨慎判断或寻找更准确资源，参见如下实践攻略：
今天举例5个物种，作为典型范例：
1.柠檬
2.火龙果
3.蚯蚓
4.芭乐
5.沙棘
万事第一步先明确想要做的物种的拉丁文名称，你可以百度百科，也可以Kimi，豆包之类的问：
当然不能完全信任AI，把结果输入UniProt Taxonomy https://www.uniprot.org/taxonomy查询确认：
比如柠檬就没啥问题，直接用Citrums Limon。
而火龙果就用了已经被退役的名称，需要更改为Selenicereus Undatus
而蚯蚓则经过确认后采用Lumbricus Terrestris。
当然，以上物种UniProt均暂未收入蛋白质组序列。（不要因为有的物种搜到个1000、2000个蛋白就用了，这个非常不全面，不建议）
正常情况下我们采用以下策略进行进一步检索：
1.Ensembl或NCBI基因组库查询是否有拼接蛋白序列（虽然还没被认可为Uniprot Proteome，但也能凑合过）
2.寻找相关专业数据库看是否有收入（您要是相关物种专业的，可能也不会来找我了）或者相对泛的，如https://portal.darwintreeoflife.org/ 搜索相应物种，找到protein 序列。
3.查询相关文献
以上方法都不简单，或者容易忘记。所以邪修大法就是用chatGPT。
首先看
(1)柠檬：
你就会得到参考结果：
点击推荐的链接
然后AI就不能信了，你得自力更生，点击左上角 Primary Assembly Details，再点击左上角新出来的Downloads，选择All proteins[FASTA format]即可。
Alternative assembly的也可以顺便下载下对比结果。
(2)火龙果
得稍微曲线救国下
找到文献，发现没提供文件。兜兜转转发现Kimi反而找到了，因为资源是国内的信息
(3)蚯蚓
找到这篇文献后连接到ensembl，发现就是来自Darwin Tree。兜兜转转后才找到最终资源：
(4)芭乐
我们首先去推荐的GCA_016432845.1项目下查看，发现并没有Protein 序列可以获取
但还好，NCBI Genome下搜索芭乐，发现GCA_023344035.1是有好人的，提供了拼接完成的蛋白序列，解决了我们的困扰。
所以AI虽然可以提供比较好的指导建议，但的确无法帮我们去验证是否一定能获取到信息。
(5)沙棘
而沙棘这种国内研究较多的物种则可以在国内AI里快速找到资源，CNBGdb上找到相应物种信息。
点击下载数据后可以找到pep下载。
