各位用户、客户、甲方、小伙伴们，国庆快乐、中秋团圆。

在此先给大家带来9月更新，助大家节日期间科研更上一层楼 

  1. 新增方差敏感性软聚类分析（VSClust）模块（该模块相比较于传统的模糊聚类（Mfuzz），聚类的准确度更高，当你使用Mfuzz聚类得不到理想的结果时，可以考虑使用该方法试试，参考文献：doi, 10.1093/bioinformatics/bty224）：


  2. 新增决策曲线分析模块（相比较ROC分析，该模块主要利用（净）获益值（Net Benefit, NB）来评价病人治疗后的获益情况，也可以理解为评价模型（或者指标）的好坏。这里默认使用的是Logistic Regression模型对数据进行分析。参考文献：doi, 10.1177/0272989X06295361）：

  3. 决策曲线分析模块新增帮助文档：

  4. 新增批量提取fasta中蛋白质序列模块（该模块可以帮助用户快速提取整个fasta文件中某些指定的蛋白质序列）：

  5. 优化软聚类分析（MFUZZ）模块（新增“处理后数据”结果展示部分，当上传的数据有生物学重复时，可以自动求取每组的均值）：

  6. 优化tsne模块（解决网页打开报错的问题）：

  7. 优化motifeR模块（优化自构建背景数据库时出现重名的报错）：

  8. 优化带边缘密度的散点图模块（新增调节点大小和边缘概率密度透明度的参数）：


想要更多了解悟空云的，也可以参考我们的往期推文：

1. 悟空云数据分析交流_第一期

2. 悟空云数据分析交流第二期之组缺失值填充NAGuideR工具

3. 悟空云数据分析交流第三期 之假设检验

4. 悟空云4周年，Nucleic Acids Research发表NAguideR缺失值填充评价工具


目前基于悟空平台开发的分析工具已发表以下文章：

NAguideR模块：

(2020) Shisheng Wang , Wenxue Li, Liqiang Hu, Jingqiu Cheng, Hao Yang, Yansheng Liu, NAguideR: performing and prioritizing missing value imputations for consistent bottom-up proteomic analyses, Nucleic Acids Research, gkaa498. (IF: 11). 

motifeR模块：

(2019) Shisheng Wang , Yue Cai, Jingqiu Cheng, Wenxue Li, Yansheng Liu and Hao Yang. motifeR: An Integrated Web Software for Identification and Visualization of Protein Post‐Translational Modification Motifs. Proteomics: 201900245. (IF: 3). 

pseudoQC模块：

(2019) Shisheng Wang and Hao Yang. pseudoQC: A Regression‐Based Simulation Software for Correction and Normalization of Complex Metabolomics and Proteomics Datasets. Proteomics: 1900264. (IF: 3). 

MetaboGroupS模块：

(2018) Shisheng Wang , ..., and Meng Gong. MetaboGroupS: A Group Entropy-Based Web Platform for Evaluating Normalization Methods in Blood Metabolomics Data from Maintenance Hemodialysis Patients. Anal Chem 90, 11124-11130. (IF: 6). 

MixProTool模块：

(2018) Shisheng Wang , ..., and Hao Yang. MixProTool: A Powerful and Comprehensive Web Tool for Analyzing and Visualizing Multigroup Proteomics Data. Journal of computational biology : a journal of computational molecular cell biology 25, 1123-1127. (IF: 1). 
同时悟空平台整合上百个分析模块，包括且远不止以下功能

而围绕上游质谱数据解析和下游组学应用，我们近期也发表了多篇文章：
(2020)Yi Yang, ..., and Liang Qiao In silico spectral libraries by deep learning facilitate data-independent acquisition proteomics. Nature Communications
https://doi.org/10.1038/s41467-019-13866-z (IF:13) 
(2020）Shuping Long, ..., Liang Qiao Metaproteomics characterizes human gut microbiome function in colorectal cancer. npj Biofilms and Microbiomes 
https://doi.org/10.1038/s41522-020-0123-4  (IF: 18)
(2020) Rutan Zhang, ..., Liang Qiao Proteomic and Metabolic Elucidation of Solar-Powered Biomanufacturing by Bio-Abiotic Hybrid System. 
https://doi.org/10.1016/j.chempr.2019.11.002 (IF:5)

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