第三期课程回顾&预告 | 2026年第一届蛋白质组学理论与实践公益暑研班

本次系列分享涵盖蛋白质组学质谱分析技术、类器官与器官芯片前沿技术、神经退行性疾病蛋白组学临床转化等多个板块内容，多位老师围绕技术痛点、实操规范、创新算法、前沿应用及临床转化展开系统培训与成果分享，厘清多项技术误区、建立标准化实验流程、推介新型科研方法，为相关领域科研实验规范化、技术创新落地、临床研究转化提供了关键指导与支撑。现将各讲师分享核心内容汇总如下：

一、培训课程

沈诚频博士围绕 UniProt 数据库应用展开培训，针对蛋白质组学质谱搜库数据库选择混乱、非模式生物检索难等痛点，系统讲解了规范的数据库选型组合、版本溯源记录方法，介绍了可检索中文物种名、匹配近缘物种的非模式生物检索技巧，并厘清了搜库冗余、序列指标判定等误区，完善了搜库全流程质量控制标准，为规范开展质谱搜库实验、保障数据可重复性提供了重要指导。

沈诚频博士详细讲解了 DIA 质谱的采集原理与定量优势，对比了传统建库搜库与当下主流的无库 Direct DIA 搜库思路，介绍了多款主流分析软件的适用场景，并系统讲解了多层级 FDR 质控规则、Protein Group 判定逻辑及搜库参数设置原则，纠正了数据分析中的常见误区，规范了 DIA 数据处理与结果解读流程。

王玲老师聚焦神经退行性疾病临床转化研究，讲解分层递进的临床队列设计规范，分享体液蛋白标志物挖掘、机器学习筛选与临床效能验证整套方案，同时介绍组织、空间、单细胞蛋白组联用策略，通过组织与体液联合分析同步挖掘疾病机制与无创诊断标志物。

二、前沿学术报告分享

主讲人：何崔同  北京大学黄超兰教授课题组博士、海军军医大学讲师

报告主题：《Precise discovery of novel proteoforms beyond the limitations of proteogenomics and de novo sequencing》

何崔同博士聚焦蛋白质暗物质与未知蛋白变体鉴定难题，分享了基于半从头测序的全新研究路径，重点介绍了 SPICE-Novo、NovoSeek 两款自研算法，有效解决了传统测序低信噪比误差高、新变体难以基因组溯源等问题。同时他针对算法参数阈值、普适性、筛选逻辑等关键问题进行答疑，明确了算法的最优使用条件与适用范围，为未知蛋白质新变体的精准鉴定提供了先进技术方法。

主讲人：曹勇 北京生命科学研究所董梦秋实验室项目科学家

报告主题：《To cleave or not to cleave: a systemic evaluation of DSS versus DSSO for cross-linking mass spectrometry analysis》

曹勇博士聚焦交联质谱实验策略，通过多梯度样本对比，明确了低复杂度样品适合 DSS、高复杂度样品适合 DSSO的选用原则，并从交联臂长度、碎裂效率等角度解释了两种交联剂的性能差异，同时针对低赖氨酸蛋白、膜蛋白等特殊底物的实验难点给出了对应的试剂选择与实操方案，为交联质谱实验优化提供了明确标准。

主讲人：张雪 St. Jude Children’s Research Hospital 彭隽敏实验组博士后

报告主题：《Decoding Neurodegeneration Through Cell Type-Resolved and Spatial Proteomics》

张雪博士围绕阿尔茨海默症开展细胞分辨率蛋白组学研究，借助细胞分选结合高深度蛋白组技术构建多病程、多脑细胞类型的蛋白图谱，发现疾病相关小胶质细胞亚型显著蛋白重塑，阐明星形胶质细胞分泌的 PTN 可介导小胶质炎症与突触改变，并解答了 PTN 转运、细胞蛋白表达差异、转基因模型干扰因素及 AD 靶点相关问题。

三、企业专场

本次沈阳汇佰专场围绕类器官全产业链技术、质控体系、前沿衍生模型三大方向展开系统分享，三位专家分别从产业宏观、标准化质控、前沿芯片技术逐层拆解，完整覆盖基础研究到产业化落地全链

刘韬老师系统介绍了类器官技术的发展历程、技术优势与行业政策背景，阐明了类器官相较于传统二维细胞模型和动物模型的技术优势，结合国内外最新法规变革，讲解了动物实验替代技术的国家战略布局与产业转型趋势，明确了类器官在疾病机制研究、药物研发与个体化医疗中的重要应用价值。

 韩青老师重点讲解了类器官培养的质控难点与标准化检测方案，针对类器官形态不均一、批次差异大、功能难评估等痛点，介绍了基于微流控、浮力沉降的高通量无标记定量质控技术，可精准检测类器官密度、均匀性等核心指标，为提升类器官实验稳定性、药物筛选可靠性提供了量化标准。

李东伟老师聚焦器官芯片、神经模型构建与高精度电生理检测技术，讲解了器官芯片的设计原理及与类器官的互补关系，展示了血脑屏障芯片、神经元分区芯片的应用优势，并介绍了 3D 生物打印血管化技术与高密度微电极阵列检测方法，实现了复杂脑类器官模型构建与单细胞级神经电生理功能精准分析。