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今天我们聊聊基于质谱的血液蛋白定量和其他技术的异同
基于质谱的蛋白质组技术在最近几年发展迅猛。质谱利用前置的液相色谱对多肽、蛋白进行分离，然后检测进入质谱的多肽碎片的质荷比来对蛋白进行定性和定量。
基于亲和作用的蛋白质组方法只能靶向检测预设的蛋白，而质谱则可以检测样品中所有可测的对象。基于质谱方法可以找到真正全新的标志物，而不是从已有的各种常见靶标中进行筛选。
新一代基于质谱的检测方法相对于亲和蛋白质组方法实现了高通量、低成本的深度蛋白质组覆盖。
相对于亲和方法，质谱可以检测到蛋白的不同位置的多个多肽序列，既避免了位点突变导致的定量缺失，也大大增加了结果数据量和可信度。基于深度覆盖和无偏的DIA技术，我们不仅在血液中可以定量最多3000种蛋白质，在组织中的定量深度也突破到了近13000种。
亲和检测技术主要利用抗体结合或者配体结合进行靶向定性和定量。基于此原理的方法都只能检测预先设计好的目标蛋白的特定序列区域，因此无法发现全新的标志物。
亲和检测技术的准确性依赖于所设计的panel的目标结合区域，在方法设计合理的情况下，无论是抗体还是配体方法都能够实现高特异性检测定量。
目前基于双配体结合的新技术能够大大提高特异性并避免交叉污染。不过当蛋白构型发生变化或者产生多聚体的时候，该方法就无法正确识别目标蛋白了。
另外基于质谱的方法可以实现目标蛋白绝对定量，而亲和方法则只能进行相对定量。
在需要检测蛋白isoform，PTM的实验中，质谱方法可以检测研究者所感兴趣的此类信息，而亲和方法则完全无法识别以上信息。
亲和检测的panel只能依赖于厂商订制或者高价设计，同时产出的结果缺乏原始数据的再分析能力，而质谱结果则更容易分享、重分析和质控。
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