新的一年，DIA技术深入人心，得到了广泛的应用，让我们来看看各个领域的专家们是如何应用我们的产品产出新的科学成果的吧。


Mapping Protein Carboxymethylation Sites Provides Insights into their Role in Proteostasis and Cell Proliferation

Di Sanzo S. et al., Nature Communications 2021

文章链接：https://www.nature.com/articles/s41467-021-26982-6

晚期糖基化终产物(AGEs)是蛋白质非酶促糖基化的产物，它改变了蛋白质的结构和功能。N(6)-羧甲基赖氨酸(CML)是最丰富的AGEs之一，伴随着年龄增长积累在人体组织中，因此它被归类为衰老的生物标志物。为了表征CML靶向蛋白质和通路，Di Sanzo和同事开发了一个工作流程来富集CML修饰的肽，并使用SpectroMine和Spectronaut寻找羧甲基化位点，然后他们还利用SpectroDive进行生物标志物验证。如果您想了解更多关于这项研究的信息，请点击这里查看我们的SpectroDive介绍。


MhcVizPipe: A Quality Control Software for Rapid Assessment of Small- to Large-Scale Immunopeptidome Data Sets

Kovalchik K.A. et al., MCP 2021

文章链接：https://www.mcponline.org/article/S1535-9476(21)00150-X/fulltext

基于质谱(MS)的免疫肽组学是一种具有快速发展、自动化和高通量特性的技术，它可生成从小到大不同规模的临床相关MHC I类和II类关联肽数据集。这项技术需要开发软件工具来对大型临床免疫肽组学研究进行快速、同步的质量控制。Biognosys的研究人员通过国际合作开发了MhcVizPipe，这是一种半自动、快速的后采集工具，他通过强大的数据可视化和报告对样本质量和MHC特异性进行评估。


Reproducible Determination of High-Density Lipoprotein Proteotypes

Goetze S. et al., Journal of Proteome Research 2021

文章链接：https://pubs.acs.org/doi/10.1021/acs.jproteome.1c00429

高密度脂蛋白(HDL)颗粒是一种多分子复合物，它因为将胆固醇从外周组织运送回肝脏以维持胆固醇稳态方面的有益作用而闻名。高密度脂蛋白蛋白质组具有复杂性和异质性，不同的蛋白质形态可以影响各种生物过程，例如脂质代谢和急性炎症。Goetze和同事在Spectronaut上使用296个蛋白质组谱图库进行DIA分析，对患者队列进行了稳健的HDL蛋白分型。


DIA-Based Proteome Profiling of Nasopharyngeal Swabs from COVID-19 Patients

Mun D. et al., Journal of Proteome Research 2021

文章链接：https://pubs.acs.org/doi/10.1021/acs.jproteome.1c00506

在这项研究中，Biognosys的研发团队与威斯康星大学麦迪逊分校的研究人员合作开发了一种DIA方法并对其进行了基准测试，以量化细胞蛋白质组中的乙酰化化学计量。这种改进的DIA方法克服了DDA的局限性，允许对轻和重乙酰赖氨酸碎片离子进行准确和可重复的定量。该方法以预知了乙酰化化学计量的同步培养的细胞系为基准，提供了一个跨细胞区隔的位点特异性乙酰化动力学的详细图景。



Molecular Characterization of Hematopoietic Stem Cells after in Vitro Amplification on Biomimetic 3D PDMS Cell Culture Scaffolds

Marx-Blümel L. et al., Scientific Reports 2021

文章链接：https://www.nature.com/articles/s41598-021-00619-6

造血干细胞 (HSC) 移植的功效可能会因供体细胞数量不足而受损，并且它们在体外培养系统中的增殖会导致其多能性丧失。 Marx-Blümel 和同事开发了一种 3D 聚二甲基硅氧烷 (PDMS) 离体细胞培养系统，用于培养 HSC 并防止其分化。其采用DIA技术表征细胞培养物的蛋白质组学，并使用了 Spectronaut 的混合库方法，证明了不同的蛋白质组特征，并强调了多能 HSC 增殖和维持中的关键信号通路。



Unravelling the Ubiquitination of Circadian Clock Proteins with Spectronaut

Fynn M. Hansen F.M. et al., Nature Communications 2021

文章链接：https://www.nature.com/articles/s41467-020-20509-1
泛素化在调节哺乳动物的生物钟中起着至关重要的作用。 内源性泛素化的低化学计量和不同的泛素链拓扑结构导致对其进行综合分析具有挑战性。 这里作者开发了一种灵敏的工作流程，它可以把 diGly 抗体的富集、优化DIA 的采集和 Spectronaut 分析与包含超过 90,000 种 diGly 肽的谱图库相结合。 该工作流程在单次实验中实现了深入的 diGly 蛋白质组覆盖，并在整个昼夜节律周期中发现了数百个循环泛素化位点。


Deep Characterization of the HLA Immunopeptidome with Spectronaut

Pak S. et al., MCP 2021

文章链接：https://www.mcponline.org/article/S1535-9476(21)00053-0/fulltext

T 细胞能够识别由肿瘤细胞上人类白细胞抗原 (HLA) 分子呈现的长度为 8-11 个氨基酸的短肽抗原。HLA 免疫肽组的深入表征可以促进抗癌疗法的发展。由于从临床样本中洗脱的 HLA 肽数量有限，因此在 Spectronaut 中建立了一个全面的多种类HLA 库用于 DIA 分析。使用该复合HLA谱图库（其中包括样本特异性库和结合多达 40 种不同免疫肽组学样本的库）可以在不影响特异性的情况下提高灵敏度。



Potential Targets to Treat Drug-resistant Tumors Uncovered with Spectronaut’s directDIA Phosphoproteomics Workflow

Franciosa G. et al., Nature Communications 2021

文章链接：https://www.nature.com/articles/s41467-021-22787-9

Notch 信号通路的失调对多种癌症类型具有广泛的影响。γ-分泌酶抑制剂 (GSI) 是一种阻止 Notch 裂解和随后激活的小分子，由于耐药肿瘤的出现，其临床疗效受到限制。这项工作使用 Spectronaut 的 directDIA 工作流程，通过 DIA 磷酸蛋白质组学系统地比较了 GSI 抗性和敏感性肿瘤细胞。这项工作的结果强调了 Notch 抑制后信号网络重配，并确定了癌症中的药物通路，可用于联合治疗以克服耐药性。



Investigating Age-dependent Changes in Muscle Stem Cell Functionality with Spectronaut and SpectroDive

Schüler S.C. et al., Cell Reports 2021

文章链接：https://www.cell.com/cell-reports/fulltext/S2211-1247(21)00574-X?_returnURL=https%3A%2F%2Flinkinghub.elsevier.com%2Fretrieve%2Fpii%2FS221112472100574X%3Fshowall%3Dtrue

肌肉干细胞 (MuSCs) 赋予骨骼肌显著的再生能力，然而，由于 MuSCs 数量和功能的减少，骨骼肌在衰老过程中会下降。由于 MuSCs 与干细胞生态位的相互作用对于为提供自我更新的适当线索至关重要，研究人员研究了衰老如何改变 MuSCs 与其生态位之间的交流。Spectronaut 中的深度蛋白质组 DIA 分析和 SpectroDive 中的 PRM分析揭示了受衰老影响的信号轴，并表明分泌蛋白 Smoc2 的积累有助于它们在衰老过程中对 MuSC 的扰动。


Multi-omics Investigation of Daily Exercise Performance with SpectroMine

Maier G. et al., The Journal of Physiology 2021

文章链接：https://physoc.onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1113/JP281535

肌肉活动被认为受生物钟调节，同时作为上游 Zeitgeber 同步肌肉和其他外周组织的生理和分子反应。这里作者采用多组学方法来研究耐力表现的昼夜节律调节和运动对昼夜节律钟的控制。作者在 SpectroMine 中对带有TMT 标签标记的磷酸化和总蛋白质组进行定量分析。这项研究为识别和验证运动表现的标志物提供了一个起点，可能有助于个性化的训练设计和患者护理。


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