看一组对话。
客户：
这个网络，我想换几个基因做一下。
销售：
老师，麻烦您写一下具体的需求，我跟我们技术讨论一下。
技术：
需求怎么老是变来变去？你到底跟客户沟通清楚了没有？排期吧。
是不是很熟悉。
很多人有一个烦恼：如何才能不麻烦别人（分析师+项目管理+销售来回传话来催）的前提下，自己调整分析网络？
听好了，方法就是用iPathwayGuide。 点击下方视频，三分钟就可以学会制作网络。
1 、网络布局
不管你是GO、通路分析，还是已经做完一批单独的网络分析，网络图形将自动显示，当然除了自动显示，还可以有不同的布局方式。
网络图概览
都有哪些布局方式呢？
“Subnetworks”：基因之间如果有一个或多个相互作用，这些作用将基因连接形成簇，簇就是（subnetworks），所有相互作用形成的线会保留。选择Subnetworks是对簇进行展示。
subnetworks
“Mechanisms”在基因相互作用网络中，冗余边被消除(如果同一两个节点之间同类相互作用有好几条线，Mechanisms则只显示一条线)。
Mechanisms
“Hub Genes”将具有更多连接的基因放在靠近图形中心的位置。所有相互作用形成的线会保留。
Hub Genes
“Gatekeepers”重点是找基因簇之间的“守门人”。因为当信息传递的时候，从一个基因簇进入另外一个基因簇得通过某些基因，它们可以阻止信号流入。这些基因是“守门人”的角色。
Gatekeepers
“Interactions”使相互作用基因的差异表达的比较变得容易。查看相互作用的基因是否具有类似的差异表达水平。节点从12点开始顺时排序，按照log2 FC的绝对值排序。
Interactions
“Regulators”强调基因调控的层级。
Regulators
还可以调整么？可以。
2 、网络调整
图形可以调整为：
“Hide isolated nodes”去除未连接的节点
“Show Coherent Cascades”以强调与已知基因相互作用一致的差异表达模式（有关更多详细信息，请参阅通路分析模块。）
“Lock Zoom”以启用/禁用图形内的缩放
“Show Legend”将图例添加到图形中。
3 、如何保存
保存图标允许用户保存图形和所有参数设置。通过 “Reload saved network”操作，可以轻松加载曾经保存的图形。
我们建议您在保存网络之前确认图形具有正确的参数设置，并单击“Build Network”（如下）。
下载图标（向下箭头）允许用户下载三种格式（Cytoscape、PNG 和 SVG）的图形。
单击“i”图标可查看图形中当前显示的基因数量和相互作用数量。
在图形的左上角：
使用罗盘图标在图形上向左、向右、向上或向下导航。
使用对角箭头图标将图形居中。
使用滑块或直接单击滑块图形上的 + 和 – 图标放大和缩小
4 、One more thing
其他更为灵活的功能还有哪些？
单击一个基因以选择该基因
Shift 并单击多个基因或 shift 并移动鼠标以选择多个基因
右键单击所选基因以“选择所有节点（select all nodes）”、“选择邻居（select neighbors）”、“锁定所选（lock selected）”、“解锁所选（unlock selected）”、“隐藏（hide）”、“隐藏所选（hide selected）”或“仅显示所选（show selected only）
右键单击未选择的基因以“选择邻居（select neighbors）”、“隐藏（hide）”或“隐藏选定的（hide selected）
是不是觉得功能很多需要自己动手摸索呢？
欢迎跟我们联系，顺便带上你的组学数据。
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