说明

该模块分析差异蛋白可能的上游调控因子,分析原理如下图:

结果内容

l结果表格

l转录调控网络图

l相应网络文献判别证据及其文献总结

l转录因子互作网络图


1.3 结果表格

l参数说明

Upstream Regulator是IPA预测的可能调控提交数据集中那些发生变化分子的上游调节子,Fold change显示该调节子如果同样在本数据集中有发现,其变化倍数值;Molecule Type是该调节子的分子类型;Predicted Activation State为IPA预测的该调节子可能的活性;Activation z-score衡量了该现象发生的可能性,该值的绝对值越大表明可能性越高,也就是说明下游基因表达变化和该调节子可能的调控关系越一致;p-value表明提交数据集中的分子可能被上游调节子调控的随机匹配的概率,越低表明概率越小,此值不考虑上下调信息一致性,只考虑该基因是否与该上游调节子相关;Target molecules列出数据集中的相关分子;mechanistic network用于预测转录调控子互作。

l从表格中可以获得的信息

l最主要信息是A列,预测可能调控本实验差异蛋白的上游信号源,D列,快速查看相关调控子可能的调控活性;C列可以筛选需要分析的上游调节子分子类型。

转录调控网络图(手动)

IPA提供各个转录调控子的调控网络图,如AGT调控网络


相应网络文献判别证据及其文献总结(手动)

在进一步对感兴趣的调控因子进行讨论和验证前,我们可以参考IPA给出的文献依据进行确认。和功能网络文献总结类似,我们可以看到AGT调控的本实验中差异表达的21个蛋白,其中17个的变化趋势与INSR失活后可能导致的变化一致,4个蛋白不一致。同样最右列的数字链接可以获取其支持文献信息。

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