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组织特异性自我免疫的发生，是由于机体T细胞识别了主要组织相容性复合物呈递的自身抗原，但为什么组织特异性的自身抗原能引发自我免疫，其机制仍不清楚。在非肥胖的糖尿病小鼠模型中，自发性的呈递胰岛素对自发免疫性的一型糖尿病的发生很关键。体内有一组CD4T细胞能特异性识别胰岛素β链上的12-20片段（β:12-20）。如果该抗原决定簇的序列偏移一位，变为β:13-21,T细胞就不会响应抗原呈递细胞呈递的该抗原决定簇。识别β: 12-20序列的CD4T细胞能够逃避胸腺的阴性选择，引发糖尿病，而识别β:13-21序列的CD4T细胞对自发免疫的作用很小。尽管β:12-20序列的呈递在胰岛中非常明显，但胰岛素特异的生发中心能在多种淋巴组织中形成，该现象提示胰岛素的呈递在机体内是广泛存在的。本文作者利用活体成像技术研究了被CD4T细胞识别的胰岛素在各种淋巴结中的分布。另外，作者在小鼠和人体中的β-细胞颗粒中都检测到了带有病原性抗原决定簇的胰岛素肽段片段。给予葡萄糖刺激后，这些片段被释放到血液循环中，被CD4T细胞识别，激活CD4T细胞，导致转录重编程，增强了罹患糖尿病的倾向。这些发现揭示了机体识别自身抗原的通路以及背后的机制。

本文研究中的所有多肽定性、非标记定量分析均采用Peaks Studio完成。

蛋白组学分析中，庞大的背景混杂离子常常干扰了低丰度肽段的鉴定和定量，这是限制蛋白组学分析深度的主要原因。为了降低这种限制，本文作者开发了一种新的高场非对称波形离子淌度质谱（high field asymmetric waveform ion mobility spectrometry, FAIMS）接口，可以和Orbitrap Tribrid 质谱仪进行对接。相比于早期的FAIMS，该新接口有以下优势：操作更简便，更稳定，离子传输效率更高。100次重复鉴定HEK293细胞蛋白裂解样品，离子流在长时间的检测中一直很稳定，且肽段鉴定一致，超过10000个特异性肽段被鉴定。对于复杂的胰酶酶解产物，将FAIMS与LC-MS/MS联合使用，能够将特异性肽段的鉴定率提高30%。灵敏度的提高，提升了低丰度肽段的鉴定，并且将检测线提高了近一个数量级。FAIMS的使用，能降低MS/MS谱图中的嵌合谱峰，从而提高TMT 10-plex标记定量时的肽段定量数目和准确性。作何进一步比较了利用同步母离子选择（synchronous precursor selection, SPS）和LC-FAIMS-MS/MS 对蛋白定量的差别。作者将HEK293细胞进行热休克处理，研究发现，相比于非FAIMS实验，利用FAIMS，其定量肽段的数量提升了2.5倍(FAIMS: 30848 个肽段，2646 个蛋白 vs. SPS: 12400 肽段，1229 蛋白)。新的FAIMS接口在离子传输效率以及duty cycle上的提高，延伸了蛋白组学分析的深度和复杂性，提高了定量的准确性。

通过引流淋巴结运输和清除组织来源的淋巴液对维持机体体液的稳态以及对自身蛋白组和非自身蛋白组进行免疫监督非常重要。然而淋巴结如何过滤淋巴液，对淋巴液中的蛋白组有何影响，目前还没有相关的定量蛋白组学数据。本文通过直接插管，收集了淋巴结过滤前和过滤后的样本，利用非标记定量和标记定量技术，定量分析了淋巴结过滤淋巴液中蛋白组的效率。另外，作者将荧光标记蛋白、细菌以及磁珠按生理性流速注射入前淋巴结收集器，通过收集淋巴结后套管中的样品，进一步定量了淋巴结的过滤效率。作者依据淋巴结前的蛋白浓度，分子质量，以及生理条件下，蛋白组进入的解剖学区域等标准，建立了线性模型。该发现对了解引流淋巴结的最大抗原承载量具有重要意义，可以促进研究者们了解抗原如何扩散、肿瘤如何经过淋巴结过滤发生转移，从而帮助研究者进一步设计相关的疫苗制品，开发免疫策略以及药物传递方式。