在前几天的HUPO Connect会议上，Biognosys的SpectroMine分析软件推出全新2.0版本，在新版本中，我们带来了无与伦比的DDA蛋白质组数据分析性能、速度并支持各类全新采集技术。SpectroMine整合了Spectronuat中使用的Pulsar搜索引擎，完整支持离子淌度技术并整合了深度学习算法，带来更多更好的鉴定数量。以下是SpectroMine介绍视频（油管自动翻译）。
SpectroMine 2 新特性
无与伦比的表现 - 实现前所未有的蛋白质组序列覆盖深度
支持同位素标记定量 - 用户高度友好的导向式分析流程，支持各类等重同位素标记定量方法，包括最新的TMTpro
支持离子淌度 - 完整支持各类离子淌度采集方法
谱图库搜索 - 即使是DDA数据也能通过谱图库搜索获得高覆盖的分析结果
改进修饰检索性能 - 全新碎片离子索引方法能够快速搜索大量修饰信息
更多可视化 - 新改进的可视化内容和Spectronaut更为贴近
SpectroMine Viewer - 免费浏览他人分析完毕的谱图和结果
最强大的搜索引擎
SpectroMine将Spectronaut的搜索引擎Pulsar带入DDA分析领域，给您前所未有的分析速度和覆盖深度体验。
在基于indexed retention time (iRT)和碎片预测的先进深度学习模型加持下，SpectroMine实现了前所未有的蛋白质组序列覆盖度。
我们测试了一系列相同分析参数、蛋白组装、FDR下的不同数据集。无论是标记还是非标记数据集，SpectroMine均实现了最多的鉴定量和最快的处理速度。（见下图）
SpectroMine也完整支持了最新的数据采集模式，包括FAIMS Pro和PASEF离子淌度技术，并实现了最先进的鉴定表现和分析速度。
SpectroMine提供了高度直观的可视化分析界面并能够通过免费的Viewer分享给其他人。FDR通过peptide-spectrum match (PSM), peptide和protein水平严格控制，QC模块提供了类似于Spectronaut的一系列质控参数。软件内也基于search archives模块让您组织管理所有分析过的数据。
以上分析数据相关参数
共9套数据集:
8*个是已发表文献 1, 2, 3, 4, 5-6, 7-8
梯度从90-180分钟
7 套标记数据 (TMT, TMTpro)
2 套为MS2定量
5 套为MS3定量
10 - 24 fractions
2 套非标记数据
*1. https://doi.org/10.1038/s41592-020-0781-4
2.https://doi.org/10.1038/s41586-020-2563-7
3.https://doi.org/10.1002/pmic.201700326
4.https://doi.org/10.1016/j.molcel.2020.08.006
5-6. https://doi.org/10.1021/acs.jproteome.8b00016
7-8. https://doi.org/10.1021/acs.jproteome.8b00898
9. #8的数据用MS2方法重新采集定量
轻松进行等重同位素标记定量
SpectroMine提供了等重同位素标记定量的完整分析流程。支持所有主流标记方式，并保持最新更新。
DDA 采集结合isobaric labeling quantification (ILQ)是非常经典的蛋白质组学分析流程，使您可以在单次质谱检测中分析多个生物学样本的定量信息(见上图)。ILQ能够实现高精度且可重复的深度蛋白质组覆盖定量。[Muntel, 2019 http://doi.org/10.1021/acs.jproteome.8b00898].
ILQ的数据分析可以通过简单几步快速有效完成(见下图)。SpectroMine多种自动化矫正和智能识别参数使您的分析流程参数设置工作减到最低。
对于样本数量大于标记通道数的实验，可以进行多套标机。SpectroMine提供了以整个实验范畴下的归一化处理。同时，标记效率评估流程可以让您快速分析样品制备上出现的任何问题。
SpectroMine可以直观的查看各方面定量结果并可以定制化导出进行下游分析,同时兼容诸如MSstatsTMT （https://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/html/MSstatsTMT.html）这类扩展工具所需的格式。
SpectroMine支持的定量方式包括:
TMT (TMT (6-plex, 10-plex 和11-plex)
TMTpro (16-plex)
iTRAQ (4-plex and 8-plex)
EASI-tag (6-plex)
完整支持离子淌度DDA
离子淌度技术能够提升蛋白质组覆盖深度。SpectroMine 2 已完整支持PASEF (Bruker) 和FAIMS Pro (Thermo Scientific) 的DDA数据分析，包括标记定量。
近年来，离子淌度技术已经日臻完善并应用到了多款商用化质谱中，其提供的额外维度分离能够有效的提高蛋白质组实验的灵敏度。
PASEF支持:
SpectroMine 可以分析PASEF 非标记和标记定量数据。Pulsar引擎针对PASEF进行了专门的优化，保证快速分析的同时实现了深度蛋白质组学覆盖。为了测试SpectroMine的表现，我们采用一篇公开文献中的数据进行了不同软件的测试。[Yu, 2020，https://www.mcponline.org/content/early/2020/07/02/mcp.TIR120.002048] 在四针Hela样品重复进样的测试中，SpectroMine比任何其他软件都多鉴定了至少10%的肽段。
FAIMS 支持:
FAIMS DDA方法通常采用两种策略： 单补偿电压(CV) 和多补偿电压。两种方法均在SpectroMine中完美支持，包括ILQ和label-free。
最近一篇文献[Schweppe, 2020, https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC6996458/], TMT10plex 标记的小鼠样品采用SL-TMT方法进行了磷酸化肽富集[Navarette-Perea, 2018，https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC5994137/] 并采用FAIMS Pro™ 方法进行了数据采集。
文中对不同的多补偿电压和无补偿电压方法进行了比较，用于优化最佳的磷酸化肽检测方式。我们采用SpectroMine重新分析了该数据(Thermo Fusion Lumos instrument (HCD fragmentation))并得到了相同的最佳多补偿电压结果。
利用谱图库检索得到更深度覆盖蛋白质组结果
利用谱图库可以使DDA数据相比常规fasta检索得到更深度覆盖的定性结果并大大提高分析速度。
SpectroMine不仅仅能够构建谱图库用于Spectronaut分析，同时也可以将其用于DDA谱图库的标记和非标记定量数据分析。该策略能够有效提高DDA实验的蛋白质组覆盖深度[Lam, 2008，https://www.nature.com/articles/nmeth.1254]并在难以进行分级的实验中特别有用。比如样品量不够的单细胞蛋白质组实验。
作为方法验证测试，我们用Hela样品分级20份并构建了一个DDA谱图库(8360 Protein Groups)。然后在3次单针进样(90分钟梯度)数据上对比了直接Fasta检索和谱图库检索的效果。谱图库检索能够提升18%的蛋白鉴定量。
综上：
SpectroMine的DDA分析功能+Spectronaut的DIA分析工+SpectroDive的PRM/MRM分析功能为您蛋白质组研究带来全方位无死角、性能卓越的解决方案。