Spectronaut 图谱

Spectronaut 全量图注与界面图谱

本页收录 Figure 1-108 全部界面图、图谱与示意图，按模块分组，用于操作定位、结果判读、字段回查和附录复核。

图组

安装与运行环境

软件定位、目录规划、CPU 与本地资源设置。

图 001 安装与运行环境

Spectronaut 图 001 — Figure 1. Change the default location of Local Search Archives and Temporary Directories to local

重点：用于固定本地路径、CPU 使用范围和稳定运行环境。

图 002 安装与运行环境

Spectronaut 图 002 — Figure 2. Designate the CPUs that Spectronaut can use.

重点：用于固定本地路径、CPU 使用范围和稳定运行环境。

图 003 安装与运行环境

Spectronaut 图 003 — Figure 3. Spectronaut general layout structure.

重点：用于界面定位、参数理解或模块功能回查。

图 004 安装与运行环境

Spectronaut 图 004 — Figure 4. Spectronaut contains nonobvious tips and menus when you hover over some elements or right-click

重点：用于界面定位、参数理解或模块功能回查。

图 005 安装与运行环境

Spectronaut 图 005 — Figure 5. The analysis and library log shows messages, warnings, and errors in separate tabs. One or more

重点：用于谱库构建、外部结果导入和 Search Archive 复用。

图 006 安装与运行环境

Spectronaut 图 006 — Figure 6. Library Generation with Pulsar. In the Library Perspective, Spectral Library tab click " Generate

重点：用于谱库构建、外部结果导入和 Search Archive 复用。

图组

谱库与建库

Pulsar、外部谱库导入、Search Archive 与 QC kit。

图 007 谱库与建库

Spectronaut 图 007 — Figure 7. Library Generation from external search engines. In the Library Perspective, Spectral Library tab,

重点：用于谱库构建、外部结果导入和 Search Archive 复用。

图 008 谱库与建库

Spectronaut 图 008 — Figure 8. Importing an external library. The " Import Spectral Library… " dialog only applies to formats different

重点：用于谱库构建、外部结果导入和 Search Archive 复用。

图 009 谱库与建库

Spectronaut 图 009 — Figure 9. Modification assignment during import of an external library. Add the synonym from the database

重点：用于谱库构建、外部结果导入和 Search Archive 复用。

图 010 谱库与建库

Spectronaut 图 010 — Figure 10. Spectral library overview. Several plots can be selected from the drop-down menus. In this

重点：用于谱库构建、外部结果导入和 Search Archive 复用。

图 011 谱库与建库

Spectronaut 图 011 — Figure 11. Right-clicking on a Library opens a context menu with several options, such as generating a

重点：用于谱库构建、外部结果导入和 Search Archive 复用。

图 012 谱库与建库

Spectronaut 图 012 — Figure 12. Setting up a library-based DIA analysis. After selecting your run files, a wizard will guide you

重点：用于谱库构建、外部结果导入和 Search Archive 复用。

图 013 谱库与建库

Spectronaut 图 013 — Figure 13. Summary of the analysis set-up. Click " Finish " to proceed with the calculations.

重点：用于选择 workflow、配置条件并执行分析复核。

图 014 谱库与建库

Spectronaut 图 014 — Figure 14. Starting a directDIA analysis. After selecting your run files, a wizard will guide you through the

重点：用于选择 workflow、配置条件并执行分析复核。

图 015 谱库与建库

Spectronaut 图 015 — Figure 15. The Method Evaluation workflow allows for direct comparison of different DIA methods within one

重点：用于界面定位、参数理解或模块功能回查。

图 016 谱库与建库

Spectronaut 图 016 — Figure 16. The workflow option for directDIA+ allows you to prioritize speed over depth.

重点：用于选择 workflow、配置条件并执行分析复核。

图 017 谱库与建库

Spectronaut 图 017 — Figure 17. Condition Setup panel during DIA Analysis set-up. You can manually adjust your conditions on

重点：用于选择 workflow、配置条件并执行分析复核。

图组

Analysis 工作流

library-based DIA、directDIA、PTM probing 与条件设计。

图 018 Analysis 工作流

Spectronaut 图 018 — Figure 18. Example 1, run condition with four biological replicates and a single channel set.

重点：用于选择 workflow、配置条件并执行分析复核。

图 019 Analysis 工作流

Spectronaut 图 019 — Figure 19. Example 1, channel set condition 0 with 3 different channels representing three experimental

重点：用于选择 workflow、配置条件并执行分析复核。

图 020 Analysis 工作流

Spectronaut 图 020 — Figure 20. Example 2, run conditions with three biological replicates and three channel sets.

重点：用于选择 workflow、配置条件并执行分析复核。

图 021 Analysis 工作流

Spectronaut 图 021 — Figure 21. Example 2, channel set condition 0 which is used for biological replicate number 1. All channel

重点：用于选择 workflow、配置条件并执行分析复核。

图 022 Analysis 工作流

Spectronaut 图 022 — Figure 22. Example of quantitative site collapse of phosphorylated parent peptides, performed according to

重点：用于界面定位、参数理解或模块功能回查。

图 023 Analysis 工作流

Spectronaut 图 023 — Figure 23. The Grid View is a protein centric view of the analysis and shows differentially abundant proteins

重点：用于选择 workflow、配置条件并执行分析复核。

图 024 Analysis 工作流

Spectronaut 图 024 — Figure 24. The analysis Tree View. The data tree is displayed on the left side. Plots and summaries are on

重点：用于选择 workflow、配置条件并执行分析复核。

图 025 Analysis 工作流

Spectronaut 图 025 — Figure 25. Filtering the tree in the Analysis Perspective. Check the box for a filter and give the corresponding

重点：用于选择 workflow、配置条件并执行分析复核。

图 026 Analysis 工作流

Spectronaut 图 026 — Figure 26. Visualization of several plots simultaneously on one or many monitors with the floating plotting

重点：用于界面定位、参数理解或模块功能回查。

图 027 Analysis 工作流

Spectronaut 图 027 — Figure 27. Perspectives can be detached and visualized simultaneously.

重点：用于界面定位、参数理解或模块功能回查。

图 028 Analysis 工作流

Spectronaut 图 028 — Figure 28. Saving your *.sne file with or without ion traces (XICs).

重点：用于结果判读、图谱阅读和差异分析复核。

图 029 Analysis 工作流

Spectronaut 图 029 — Figure 29. Reviewing Spectronaut peak picking. Integration boundaries can be modified by dragging them.

重点：用于选择 workflow、配置条件并执行分析复核。

图 030 Analysis 工作流

Spectronaut 图 030 — Figure 30. Reviewing Spectronaut peak picking. Precursors can be manually accepted or rejected by right-

重点：用于选择 workflow、配置条件并执行分析复核。

图 031 Analysis 工作流

Spectronaut 图 031 — Figure 31. Manually define interfering fragment ions or manually accept fragment ions for quantitation that

重点：用于界面定位、参数理解或模块功能回查。

图 032 Analysis 工作流

Spectronaut 图 032 — Figure 32. Refine your library while reviewing your analysis. You can, for example, use different ion series

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图 033 Analysis 工作流

Spectronaut 图 033 — Figure 33. Post Analysis Perspective. Several summaries, tables, and plots are available as you navigate

重点：用于选择 workflow、配置条件并执行分析复核。

图 034 Analysis 工作流

Spectronaut 图 034 — Figure 34 The Principal Component Analysis plot shows clustering of the samples based on

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图组

报表、QC 与数据库与版本管理

报表结构、QC 模块、数据库与修饰规则管理。

图 035 报表、QC 与数据库与版本管理

Spectronaut 图 035 — Figure 35. GO term enrichment result. Similar to the Candidates table, each column can be filtered according

重点：用于结果判读、图谱阅读和差异分析复核。

图 036 报表、QC 与数据库与版本管理

Spectronaut 图 036 — Figure 36. Heatmap with clustering in both rows and columns. The heatmap is built using the set of

重点：用于结果判读、图谱阅读和差异分析复核。

图 037 报表、QC 与数据库与版本管理

Spectronaut 图 037 — Figure 37. The Volcano Plot shows the candidates in red. This plot is updated when you modify the

重点：用于结果判读、图谱阅读和差异分析复核。

图 038 报表、QC 与数据库与版本管理

Spectronaut 图 038 — Figure 38. Modification Enrichment plot shows the percentage of all the precursors carrying given

重点：用于报表导出、QC 监控、数据库与字段管理。

图 039 报表、QC 与数据库与版本管理

Spectronaut 图 039 — Figure 39. PTM vs Protein Fold Changes plot shows log2 ratio of the protein groups plotted against Log2

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图 040 报表、QC 与数据库与版本管理

Spectronaut 图 040 — Figure 40. Report Perspective. The figure shows the process of customizing a Normal Report schema and

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图 041 报表、QC 与数据库与版本管理

Spectronaut 图 041 — Figure 41. Run Pivot Report. This report is in wide format and contains one column per run (sample). The

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图 042 报表、QC 与数据库与版本管理

Spectronaut 图 042 — Figure 42. PTM site report. The report is available for the experiments analyzed with PTM workflow.

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图 043 报表、QC 与数据库与版本管理

Spectronaut 图 043 — Figure 43. QC Perspective. Runs in which the QC panel is detected are saved in the History tree. You can

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图 044 报表、QC 与数据库与版本管理

Spectronaut 图 044 — Figure 44. Pipeline Perspective. Queue DIA analyses so Spectronaut can process them sequentially.

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图 045 报表、QC 与数据库与版本管理

Spectronaut 图 045 — Figure 45. The SNE Combine Wizard guides through the parameters that are recalculated during multiple

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图 046 报表、QC 与数据库与版本管理

Spectronaut 图 046 — Figure 46. DIA Analysis Pipeline Mode Settings. Define which results from the Pipeline Perspective should

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图 047 报表、QC 与数据库与版本管理

Spectronaut 图 047 — Figure 47. Importing a new FASTA file into Spectronaut. Your new database will appear in the Databases

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图 048 报表、QC 与数据库与版本管理

Spectronaut 图 048 — Figure 48. Adding a new modification to the database.

重点：用于报表导出、QC 监控、数据库与字段管理。

图 049 报表、QC 与数据库与版本管理

Spectronaut 图 049 — Figure 49. Define a new Cleavage Rule. The Cleavage Rule editor will allow the generation of new cleavages

重点：用于报表导出、QC 监控、数据库与字段管理。

图 050 报表、QC 与数据库与版本管理

Spectronaut 图 050 — Figure 50. Make a custom schema for your analysis. The new schemas will be available during the

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图 051 报表、QC 与数据库与版本管理

Spectronaut 图 051 — Figure 51. Parsing Rule Editor in the General Settings of the Global Settings page. Setting this rule properly

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图 052 报表、QC 与数据库与版本管理

Spectronaut 图 052 — Figure 52. The new HTRMS converter with multiple tasks added to the task-list and monitoring a local

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图组

后分析与图谱判读

Candidates、PCA、heatmap、volcano、coverage 与 XIC。

图 053 后分析与图谱判读

Spectronaut 图 053 — Figure 53. iRT Calibration Chart showing the non-linear transformation from library iRT to actual predicted

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图 054 后分析与图谱判读

Spectronaut 图 054 — Figure 54. The XIC Extraction Width plot gives insight into your gradient stability and the overall accuracy of

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图 055 后分析与图谱判读

Spectronaut 图 055 — Figure 55. The Ion Mobility Calibration plot shows the empirical ion mobility as a function of the ion mobility

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图 056 后分析与图谱判读

Spectronaut 图 056 — Figure 56. The Ion Mobility Extraction Width plot shows the difference between predicted and measured ion

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图 057 后分析与图谱判读

Spectronaut 图 057 — Figure 57. The MS1 TIC chromatogram shows the total ion current of a run, giving insight into the amount of

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图 058 后分析与图谱判读

Spectronaut 图 058 — Figure 58. The analysis log with detailed information about the analysis processes in Spectronaut.

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图 059 后分析与图谱判读

Spectronaut 图 059 — Figure 59. The DIA Acquisition Method Overview shows details on how the DIA acquisition method was

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图 060 后分析与图谱判读

Spectronaut 图 060 — Figure 60. The Ion Mobility Overview plot shows the ion mobility dimension in function of m/z values. The red

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图 061 后分析与图谱判读

Spectronaut 图 061 — Figure 61. The Identifications Per Cycle plot shows the Precursor IDs at Apex RT (blue) and Precursor IDs

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图 062 后分析与图谱判读

Spectronaut 图 062 — Figure 62. The mass error histogram at MS2 and MS1 levels can be used for data quality control and mass

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图 063 后分析与图谱判读

Spectronaut 图 063 — Figure 63. XIC chromatogram for the peptide MPEMNIK++. The color coding of the fragments indicates an

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图 064 后分析与图谱判读

Spectronaut 图 064 — Figure 64. The MS2 XIC Sum plot of the peptide MPEMNIK++. The interference highlighted in the MS2 XIC

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图 065 后分析与图谱判读

Spectronaut 图 065 — Figure 65. The MS2 Intensity Correlation plot for a given peptide precursor. The plot indicates a very good

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图 066 后分析与图谱判读

Spectronaut 图 066 — Figure 66. The envelope correlation plot for two fragments with very high correlation with respect to the

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图 067 后分析与图谱判读

Spectronaut 图 067 — Figure 67. The MS1 XIC chromatogram for the precursor IILDLISESPIK++ as extracted by Spectronaut. The

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图 068 后分析与图谱判读

Spectronaut 图 068 — Figure 68.The ion mobilogram for visualization and peak re-integration in the ion mobility dimension.

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图 069 后分析与图谱判读

Spectronaut 图 069 — Figure 69. The new PTM localization plot shows the different possible modified versions of a peptide assay,

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图 070 后分析与图谱判读

Spectronaut 图 070 — Figure 70. MS1 spectrum at apex for the peptide IILDLISESPIK++ showing the monoisotopic precursor plus

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图 071 后分析与图谱判读

Spectronaut 图 071 — Figure 71. MS2 Spectrum at Apex for the peptide ILLDLISESPIK++. The option "Show All Theoretical

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图 072 后分析与图谱判读

Spectronaut 图 072 — Figure 72. Peptide Data Match (PDM) plot for the precursor SHGQDYLVGNK+++. At the top-right panel you

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图 073 后分析与图谱判读

Spectronaut 图 073 — Figure 73. The MS2 XIC Alignment across runs. The x-axis is automatically changed to iRT to reduce

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图 074 后分析与图谱判读

Spectronaut 图 074 — Figure 74. The XIC graph for one peptide over the 24 run files analyzed. The upper row shows the MS2 XIC.

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图 075 后分析与图谱判读

Spectronaut 图 075 — Figure 75. The iRT XIC Sum Overlay chart for the peptide IILDLISESPIK++. The 4 XICs correspond to the

重点：用于结果判读、图谱阅读和差异分析复核。

图 076 后分析与图谱判读

Spectronaut 图 076 — Figure 76. The MS2 Intensity alignment for a peptide containing 8 fragment ions. Each fragment ions relative

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图 077 后分析与图谱判读

Spectronaut 图 077 — Figure 77. Comparison of a given precursor quantity to the corresponding protein group quantity across all

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图 078 后分析与图谱判读

Spectronaut 图 078 — Figure 78. The Cross Run RT Accuracy plot for a peptide measured in 4 different runs. The multi-colored

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图 079 后分析与图谱判读

Spectronaut 图 079 — Figure 79. Protein coverage plot. The protein sequence coverage can be displayed at run- and experiment

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图 080 后分析与图谱判读

Spectronaut 图 080 — Figure 80. The Condition Box Plot in the Grid View shows the conditions average log2-transformed quantities.

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图组

附录、字段与 XIC 导出

Appendix 图谱、字段解释、XIC 数据库与导出结构。

图 081 附录、字段与 XIC 导出

Spectronaut 图 081 — Figure 81. The upper-panel plot under the "Run Identifications" node shows the number of precursors per

重点：用于界面定位、参数理解或模块功能回查。

图 082 附录、字段与 XIC 导出

Spectronaut 图 082 — Figure 82. The lower-panel table under the "Run Identifications" node shows the number of precursors per

重点：用于界面定位、参数理解或模块功能回查。

图 083 附录、字段与 XIC 导出

Spectronaut 图 083 — Figure 83. The upper plot under the "Data Completeness" node shows number of cumulative full profiles.

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图 084 附录、字段与 XIC 导出

Spectronaut 图 084 — Figure 84. The lower plot under the "Data Completeness" node shows the histogram of missing values. In

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图 085 附录、字段与 XIC 导出

Spectronaut 图 085 — Figure 85. The Ranked Protein Groups plot shows all the identified protein groups ranked according to

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图 086 附录、字段与 XIC 导出

Spectronaut 图 086 — Figure 86. The Digestion Efficiency plot shows the distributions of identified peptides by digestion type.

重点：用于界面定位、参数理解或模块功能回查。

图 087 附录、字段与 XIC 导出

Spectronaut 图 087 — Figure 87. The CVs below X plot shows the number of precursors that were below either 20% or 10% CVs.

重点：用于界面定位、参数理解或模块功能回查。

图 088 附录、字段与 XIC 导出

Spectronaut 图 088 — Figure 88. The "Normalization" node shows details about the normalization status of the experiment. The left

重点：用于界面定位、参数理解或模块功能回查。

图 089 附录、字段与 XIC 导出

Spectronaut 图 089 — Figure 89. The TIC Overlay Plot shows an overlay of the total ion chromatogram for each run included in the

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图 090 附录、字段与 XIC 导出

Spectronaut 图 090 — Figure 90. The Peptide Length Distribution is available for each condition showing the number of unique

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图 091 附录、字段与 XIC 导出

Spectronaut 图 091 — Figure 91. A stacked bar plot showing the charge distribution per peptide length can be visualized by right

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图 092 附录、字段与 XIC 导出

Spectronaut 图 092 — Figure 92. The charge distribution per peptide length can also be shown as relative.

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图 093 附录、字段与 XIC 导出

Spectronaut 图 093 — Figure 93. The Peptide Motifs node plots the frequency of amino acids at each position for all identified

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图 094 附录、字段与 XIC 导出

Spectronaut 图 094 — Figure 94. The Detected Modifications plot shows the number of precursors identified containing each

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图 095 附录、字段与 XIC 导出

Spectronaut 图 095 — Figure 95. Coefficients of Variation plot shows distribution of coefficients of variation in each of the

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图 096 附录、字段与 XIC 导出

Spectronaut 图 096 — Figure 96. Datapoints per Peak plot shows the data points per peak in each condition as well as their

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图 097 附录、字段与 XIC 导出

Spectronaut 图 097 — Figure 97. Binned Identification plot shows relative ID plotted for Retention Time buckets, Log10 Quantity

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图 098 附录、字段与 XIC 导出

Spectronaut 图 098 — Figure 98. Binned Identification plot shows relative ID plotted for Retention Time buckets, Log10 Quantity

重点：用于界面定位、参数理解或模块功能回查。

图 099 附录、字段与 XIC 导出

Spectronaut 图 099 — Figure 99. The LFQBench plot for mixed proteomes of three organisms. The Y-axis (log2Ratio) shows the

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图 100 附录、字段与 XIC 导出

Spectronaut 图 100 — Figure 100. H/L ratios for pSILAC-DIA data.

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图 101 附录、字段与 XIC 导出

Spectronaut 图 101 — Figure 101. Principal Component Analysis plot shows clustering of the samples based on their protein

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图 102 附录、字段与 XIC 导出

Spectronaut 图 102 — Figure 102. Volcano plot showing the potential candidates of an experiment containing 3 conditions to each

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图 103 附录、字段与 XIC 导出

Spectronaut 图 103 — Figure 103. Heatmap showing the clustering of 9 runs from 3 conditions. Runs within the same condition

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图 104 附录、字段与 XIC 导出

Spectronaut 图 104 — Figure 104. Principal Component Analysis plot shows clustering of the samples based on their modification

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图 105 附录、字段与 XIC 导出

Spectronaut 图 105 — Figure 105. Volcano Plot of the PTM analysis shows -Log10 P value plotted against Log 2 Fold change of

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图 106 附录、字段与 XIC 导出

Spectronaut 图 106 — Figure 106. PTM vs Protein Fold Changes plot shows log2 ratio of the protein groups plotted against Log2

重点：用于选择 workflow、配置条件并执行分析复核。

图 107 附录、字段与 XIC 导出

Spectronaut 图 107 — Figure 107. Example of the Modification Enrichment plot showing the percentage of the identified

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图 108 附录、字段与 XIC 导出

Spectronaut 图 108 — Figure 108 XIC export database schema. The XIC db can be exported on a per-experiment basis. The

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