判断 1
发现与验证的任务边界
当问题是样本整体变化、差异比较和 discovery 候选生成时，对应 Spectronaut；当问题已经收缩到候选蛋白或肽段的稳定复测和绝对定量时，对应 SpectroDive。
分析软件
蛋白质组学分析软件与配套平台
Spectronaut 与 SpectroDive 分别承接 discovery 分析和 targeted verification，并与 QC、云端分析、上游分离配套和结果交付共同构成软件工作流。
软件定位
发现与靶向验证软件分工
Spectronaut 对应 discovery DIA 分析，SpectroDive 对应靶向定量、panel 设计和方法开发。两款软件分别落在发现端与验证端，对应的项目阶段、输入数据、结果形式和定量层级并不相同。
判断 2
输入结构
Spectronaut 关心 DIA raw、library、FASTA、条件与 QC 结构；SpectroDive 则更依赖 panel、iRT、method export 规则和 calibration curve 设计。软件差异本质上是输入数据和数据库结构不同。
判断 3
输出类型与交付形式
当目标是候选发现、差异分析和通路解释时，输出以 discovery 报告为主；当目标转入验证、复测和转化时，输出则需要进一步固化为 panel、调度方法和定量范围。
Full-DIA
从源头减少缺失值
Full-DIA 把全局 FDR、深度学习打分和碎片离子强度校正纳入单细胞矩阵构建，可与 FDR、DIA 和 单细胞 页面交叉阅读。
| 维度 | Spectronaut | SpectroDive |
|---|---|---|
| 核心定位 | DIA discovery / library-based / directDIA / PTM-DIA / plexDIA | PRM / MRM / SureQuant / hybridDIA / 绝对定量 |
| 对应问题 | 谁发生了变化、哪些蛋白和位点可作为 discovery 候选 | 候选指标的精准验证、绝对定量与例行化检测 |
| 核心模块 | Library、Analysis、Post Analysis、Report、QC、Pipeline | Library、Prepare、Analysis、Calibration Curve、Report、QC |
| 典型输入 | DIA 原始文件、谱图库、FASTA、GO 注释、Search Archive | 面板、谱图库、PRM/MRM 原始文件、RT 校准、校准曲线 |
| 对应配套流程 | 样本处理 / 自动化 / DIA 分析 / 云端结果整理 | 发现、验证和交付可分别衔接前处理、自动化平台与报告输出流程 |
软件能力雷达图
从发现深度、靶向特异性、绝对定量、方法开发和队列扩展几个角度对比两条软件主线。
问题到软件的对应关系
生物学问题、样本类型和采集模式决定 discovery、plexDIA、verification、结果解析与定量报告的对应软件路径。
仪器平台
Orbitrap 平台与软件工作流
Q Exactive 将高分辨率、高质量精度的 discovery 与 PRM 推向常规 bench-top 工作流；Exploris 继续强化大队列 discovery、routine 运行和长期 QC；Astral 则把高速高灵敏 MS/MS 带进低输入、单细胞和超短梯度 discovery。这些平台差异直接对应 Spectronaut、SpectroDive、IonOpticks 和 OmicsCloud 的配套结构。
Q Exactive对应常规 discovery DIA、PRM、PTM 和中等规模大队列，是 Spectronaut 与 SpectroDive 最典型的高分辨率底座之一。
Exploris对应高通量 discovery、routine 运行和长期 QC，是 Auto、IonOpticks、Spectronaut 与 OmicsCloud 的常见整链配置。
Astral把高速高灵敏 MS/MS 接入 Orbitrap Full MS，低输入、单细胞、plexDIA 和超短梯度 discovery 的边界因此明显外扩。
| 平台语境 | 常见软件主线 | 易算配套模块 | 对应页面 |
|---|---|---|---|
| Q Exactive | Spectronaut discovery、SpectroDive PRM、PTM 与常规 report/QC | 易肽通用 / Phos、Auto、Aurora、Spectronaut、SpectroDive、OmicsCloud | Orbitrap 专题 / Spectronaut |
| Exploris | 高通量 discovery、routine QC、短梯度与长期运行 | Auto、IonOpticks Frontier / Ultimate、HeatSync、Spectronaut、OmicsCloud | IonOpticks / 产品方案 |
| Astral | 低输入 discovery、单细胞、plexDIA、turnover 与超高速 MS/MS | 易肽极微量 / 单细胞、赛鹰、Aurora Rapid、Spectronaut、OmicsCloud | 单细胞 / plexDIA |
| Orbitrap HRAM targeted | PRM、SureQuant、SISCAPA 与绝对定量 | SIS / SISCAPA、SpectroDive、OmicsCloud | SpectroDive / SISCAPA |
公司平台
OmicSolution 官网分析软件与数据分析平台
公司官网将相关能力拆分为分析软件和数据分析平台两层。前者承接 discovery 与靶向验证，后者承接云端分析、统一管理、专题算法模块和协作交付。
Spectronaut对应 discovery DIA、directDIA、PTM probing 与后分析。
SpectroDive对应 PRM、SureQuant、SISCAPA 与绝对定量。
Spectronaut 20强化搜索空间、FDR 控制和自动化交付相关能力。
OmicsCloud承接云端分析、结果共享、报告查看与项目交付。
悟空云提供在线分析入口与结果整理支撑。
EasyDIA作为 DIA 专题分析模块，可与主软件与云平台共同使用。
分析软件
Spectronaut 与 SpectroDive
- Spectronaut：discovery DIA、directDIA、PTM probing
- SpectroDive：PRM、SureQuant、SISCAPA、绝对定量
- 两者分别承接发现端与验证端
OmicsCloud
云端分析与项目交付
- 云端分析与统一管理
- 项目留痕、共享查看、远程复核
- 对应大队列管理和报告交付
悟空云
在线数据分析入口
- 面向在线分析与结果整理
- 对应在线分析入口与结果整理
- 与项目交付链配合使用
专题分析模块
EasyDIA 与 GlycAP
- EasyDIA：DIA 数据分析模块
- GlycAP：糖蛋白相关分析模块
- 与主软件、云端平台形成专题分析补充
上游分离配套
IonOpticks 色谱柱、Trap 与温控系统
软件分析结果的稳定性依赖前端分离系统。IonOpticks 产品线覆盖 Aurora Series、NanoShield Trap Columns 与 HeatSync 温控系统，可与 discovery、低输入、复杂基质和长期运行场景直接配套。
Aurora Series对应 deep coverage discovery、低输入与高稳定分离场景。
NanoShield Trap对应复杂基质、trap 工作流和高通量上样。
HeatSync对应 retention time 稳定性、温控控制和长期运行。
Aurora Series
Rapid、Frontier 与 Ultimate
- Rapid：高通量、低输入与 routine proteomics
- Frontier：deep coverage 与长梯度分离
- Ultimate：高分离效率与稳定 retention performance
NanoShield
Trap 富集与复杂基质上样
- 对应 plasma、复杂基质和高通量上样
- 强化样本净化、上样稳健性与长期一致性
- 与 discovery 工作流和低丰度场景直接配套
HeatSync
温控稳定性与长期运行
- 对应 retention time 稳定性与长批次运行
- 技术支持资料覆盖装机、兼容性和待机条件
- 对应平台建设、运维和标准化运行场景
配套模块
软件、QC、标准品与云平台的配套关系
软件本体与 QC、标准品、云平台和上游分离模块共同构成交付链，对应分析流程、共享查看、远程复核和报告输出。
DIA
Spectronaut
- 旗舰级 DIA 分析软件
- library-based 与 directDIA 双主线
- 支持 major vendor 和多种 DIA 方法
Targeted
SpectroDive
- PRM / MRM / SureQuant / SISCAPA / hybridDIA
- panel、RT calibration、method export、refinement
- 绝对定量与长期方法开发
DDA
SpectroMine
- vendor-neutral DDA 软件
- label-free / labeled quantification
- PTM discovery 与 nonspecific / open searches
QC
QuiC + iRT Kit
- 近实时 LC-MS 质量控制
- iRT 连接 retention prediction 与 targeted throughput
- 面向 facility 级别的日常监控
Cloud
OmicsCloud
- 云端分析、项目管理与结果汇总
- 对应大队列数据的远程协作与报告交付
- 承接 discovery、verification 与长期项目管理
Platform
悟空云、EasyDIA 与 GlycAP
- 悟空云：在线分析入口
- EasyDIA：DIA 专题分析模块
- GlycAP：糖蛋白相关分析模块
| 生态层 | 配套模块 | 当前内容重点 | 本站对应模块 |
|---|---|---|---|
| Discovery | Spectronaut / DDA 配套工具 | discovery 深度、覆盖度、批量稳定性和条件统计。 | Spectronaut 专题 / 方法与 QC |
| Targeted | SpectroDive | panel 结构、调度窗口、线性区间和方法复用。 | SpectroDive 专题 / 产品与方案 |
| Facility QC | QuiC、iRT 与相关标准品 | retention time 标准化、系统稳定性监控和跨批次健康度。 | 方法与 QC / 文献与案例 |
| Cloud | OmicsCloud | 大队列项目的云端分析、统一管理、协作复核与报告交付。 | 产品与方案 / 文献与案例 |
| Upstream LC | IonOpticks Aurora、NanoShield 与 HeatSync | 分离效率、上样稳健性、温控稳定性与长期运行条件。 | IonOpticks 产品页 / IonOpticks 资源中心 |
| Result sharing | OmicsCloud / report delivery | 结果交付包含共享、复核、项目留痕和阶段汇总。 | 文献与案例 / 产品与方案 |
软件模块
软件模块与专题结构
Spectronaut 聚焦 discovery DIA 的分析主线、条件结构、结果解析与报表体系；SpectroDive 聚焦 panel、方法导出、校准曲线、结果复核与绝对定量。两条软件线分别对应发现端与验证端的核心任务。
Spectronaut 模块
覆盖 discovery DIA 的数据准备、分析主线、结果解析、报表、QC、设置、附录图谱与 XIC 接口，对应 tissue、biofluid、PTM 与大队列分析。
SpectroDive 模块
覆盖 panel、RT calibration、method export、calibration curve、结果复核、报表与绝对定量，对应 PRM、SureQuant、SISCAPA 与例行化验证。
检索与排错
检索中心、练习题与排错页负责字段回查、设置定位、报错处理和结果复核，可与各软件模块并行使用。
DIA Discovery
Spectronaut 模块结构
- 软件范围、20.0 版本要点、系统需求、安装后优化
- Library Perspective：Pulsar 建库、外部搜索引擎建库、导入外部库、修饰解析
- Analysis Perspective：经典 DIA、directDIA、PTM probing、directDIA+、条件设置
- Post Analysis / Report / QC / Pipeline / Databases / Settings / Command Line
- 附录：分析设置、directDIA 设置、图形说明、报表头字段
Targeted Verification
SpectroDive 模块结构
- 软件范围、版本要点、操作系统要求、支持仪器与采集模式
- Library Perspective：Pulsar 建库、外部结果导入、标记/Spike-in library
- Prepare Perspective：面板生成、面板拆分、RT 校准、方法导出、SureQuant
- Analysis Perspective：靶向分析、校准曲线、面板精修、iRT refinement
- Post Analysis / Report / QC / Databases / Settings / Glossary
配套流程
软件、标准品、质控与云端交付
软件并不孤立存在，而是与 discovery、validation、structural proteomics、标准品、QC 和云平台共同构成交付链。软件能力需要与服务、标准品、质量控制和云协作共同理解。
| 服务或方案层 | 背后的软件能力 | 项目表达 | 对应配套流程 |
|---|---|---|---|
| Discovery screening | Spectronaut + large-cohort DIA analysis | 覆盖、CV、缺失值、条件设计和候选筛选。 | 易肽系列前处理 + Auto 自动化 + Spectronaut + OmicsCloud 报告。 |
| Targeted verification | SpectroDive + panel design + scheduled export | panel、proteotypic peptide、schedule 风险和验证边界。 | 发现端候选进入 SpectroDive，进一步配合 targeted 试剂和验证流程。 |
| Absolute quantification | Calibration curves + LOD / LLOQ / ULOQ | 线性范围、定量上下限与报告边界。 | 方法学固化后可与临床样本路线、药效评价和标准化报表结合。 |
| Ultra-sensitive targeted readout | SISCAPA immuno-enrichment + SpectroDive absolute quant | 复杂基质、低丰度靶标、免疫富集、pg/mL 级定量和抗体富集后的报告边界。 | 把 TrueSignature 从常规 PRM 验证延伸到 CSF / plasma / gene therapy 等超高灵敏场景。 |
| Facility governance | QuiC + iRT + settings governance | 系统健康度、RT 稳定性、质量漂移与方法维护。 | 把软件能力延伸到平台建设、例行质控和多批次项目管理。 |
| Cloud delivery | OmicsCloud / collaboration / report delivery | 云端分析、结果共享、远程复核、项目管理和报告交付。 | 把一次分析升级为可复核、可展示、可协作的交付链条。 |
TrueDiscovery 与 Spectronaut
TrueDiscovery 代表 unbiased biological insights，底层是 HRM / DIA 路线，强调 tissue / biofluid discovery、proteoforms、large-scale reproducibility 和可向临床 assay 转移的数据质量。
TrueSignature 与 SpectroDive
TrueSignature 代表 custom panels for absolute protein quantification，核心方法是 PRM、SureQuant 与 SISCAPA。它同时覆盖常规 targeted verification 与基于免疫富集的超高灵敏 readout，对应 pharmacodynamic biomarkers、clinical biomarker panels 和复杂体液场景。
SISCAPA 与超高灵敏 targeted verification
SISCAPA 把 SIS、酶解、抗肽抗体免疫富集与 LC-PRM 连成一条完整路线，覆盖 direct PRM 难以稳定覆盖的低丰度 biomarker、膜蛋白和 CSF / plasma readout。
TrueTarget 与 LiP-MS
TrueTarget 代表结构蛋白组学与 target deconvolution / validation。其核心技术是 LiP-MS 与 HR-LiP，强调结构变化、binding site 和 label-free drug target deconvolution。
OmicsCloud
OmicsCloud 承接云端分析、统一管理、共享查看、远程复核和报告交付，对应 discovery 与 validation 结果的长期项目归档。
任务主线
软件任务主线
下面这条路径把软件、实验问题、项目目标和报告输出连接成同一条工作链，便于把 discovery、verification、绝对定量和云端交付放到同一套项目结构里理解。
Discovery 分析链
Spectronaut 负责 DIA discovery、条件比较、结果解析、QC 和候选输出，是 tissue、biofluid、PTM 和大队列分析的主软件。
候选验证链
SpectroDive 负责 panel、method export、RT calibration、schedule 控制和 targeted verification，是 discovery 结果进入验证阶段后的主软件。
绝对定量链
Calibration curve、LLOQ / ULOQ、reference channel、review 与 refinement 一起定义绝对定量是否成立，以及结果能否进入临床或药效判断。
云端交付链
OmicsCloud 负责结果汇总、共享查看、远程复核、项目留痕和报告交付，对应 discovery 与 validation 结果的长期项目管理。
Sources
技术资料与文献支持
软件内容以站内模块结构和专题模块为主，方法学部分再结合综述、经典论文和官方教程补充。
Spectronaut 内容结构
覆盖 Analysis、directDIA、QC、Report 和 Settings 等关键模块。
SpectroDive 内容结构
覆盖 panel generation、RT calibration、method export 和 calibration curve 等关键模块。
Nature 2025 蛋白质组学综述
对应 discovery、单细胞、临床转化与软件能力在当前蛋白质组学技术版图中的位置。
PRM 奠基论文
对应高分辨率、高质量靶向定量工作流的理论起点。
SISCAPA targeted proteomics services
集中覆盖 SIS、抗体富集、complex matrices、off-the-shelf assays 与 low-abundance targeted verification 这条技术线。
练习与排错页
汇总操作题、路径题和常见报错/误区，对应字段回查和结果复核。
Biognosys 官方软件生态
Spectronaut、SpectroDive、SpectroMine 和 QuiC 处于同一软件体系内，可与本站软件模块交叉对照。
OmicsCloud
对应统一管理、共享查看、远程复核、云端分析、项目协同与 discovery、verification、报告交付。
iRT Kit 与 QuiC
集中覆盖 retention time 标准化、targeted throughput 和 facility-level QC 这条知识线。