请选择目录后执行文件检查。
TASK REGISTRY
后台任务索引
后台扫描根目录设置
用于“扫描项目目录恢复记录”。保存后，后台索引只从这些根目录恢复已分析并产出报告的项目；下方新项目导入目录仍需单独选择。
索引路径将在连接服务后显示。
| 生成时间 | 项目名称 | 状态 | 来源目录 | 报告链接 | 管理 |
|---|---|---|---|---|---|
| 尚未读取后台索引。 | |||||
Project selection and file precheck
项目选择及预检
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选择项目目录
Precheck
文件内容检查
Required exports and templates
Spectronaut 报告导出模板
主报告优先使用 SPonline.rs 导出的 Parquet。选择 SNE 读取方式时，请提供同一项目的 Spectronaut SNE、FASTA 和 RAW/.d 原始质谱数据。保存 SNE 时建议勾选 Store with XIC Data，用于保留软件内的 XIC 证据；当前在线报告的 XIC Viewer 仍需要在 Pipeline Mode 中勾选 Export All XICs，按 run 导出 SQLite 格式的 all-XIC DB。directDIA 项目建议同时勾选 Generate Library from directDIA，用于生成 KIT/谱图库并支持参考碎片谱图、谱图库浏览和更完整的碎片离子匹配。队列 QC 可按 mscohortQ 模板额外导出为 Parquet，用于补充 RT、score、q-value、DIA window 与定量使用状态图表。
SNE 保存设置检查
- Store with XIC Data：保存 SNE 时建议勾选。该选项会把 XIC 色谱轨迹随 SNE 保存，用于保留软件内峰形证据；当前在线报告如需展示 XIC Viewer，应同时导出 all-XIC DB。
- Generate Library from directDIA：directDIA 项目建议勾选。该选项会从 directDIA 结果生成 KIT/谱图库；缺失时主定量报告仍可生成，但参考碎片谱图和完整碎片匹配能力会受限。
- Export All XICs：需要在报告中展示 XIC Viewer 时需勾选。该选项会将 fragment 和 precursor XIC 以每个 run 一个 SQLite 数据库文件的形式导出，报告生成器会扫描项目目录及下级目录中的
*.xic.db并与主报告关联。
等待服务配置
模板字段将由服务返回，确保与当前报告生成器版本一致。
| 导出项 | 建议文件 / 格式 | 对应报告内容 | 缺失影响 |
|---|---|---|---|
| Spectronaut fragment-level report | 按 SPonline.rs 导出 Parquet；或从 SNE 生成 | 蛋白表、多肽表、QC 汇总、定量分布、matched-fragment MS/MS 图 | 没有合格 Parquet 且未提供 SNE/FASTA/RAW/.d 输入时，无法生成主报告。 |
| Spectronaut SNE（建议保存 XIC） | *.sne；建议保存时勾选 Store with XIC Data，并与 FASTA 和 RAW/.d 同项目提供 | 用于后台导出主报告数据，并保留 Spectronaut 软件内 XIC 证据 | 已有合格 Parquet 时可不提供；未保存 XIC 时仍可生成定量报告。在线 XIC Viewer 需要另行导出 all-XIC 数据库。 |
| directDIA 生成的 KIT/谱图库 | *.kit；建议在保存 SNE 时勾选 Generate Library from directDIA，也可直接提供 library TSV | 参考碎片谱图、谱图库浏览和谱图库来源的碎片离子匹配 | 可不提供；缺失时主报告仍可生成，但不能展示参考碎片谱图，也无法用谱图库补全完整碎片离子匹配。 |
| Queue QC report | 按 mscohortQ.rs 导出；保存格式选择 Parquet | RT、score/q-value、DIA window、precursor m/z、imputation 与定量使用状态 QC | 仍可生成主报告，但队列 QC 扩展图表会缺失。 |
| FASTA / protein database | .fasta / .fa / .faa | 蛋白 accession 映射、序列覆盖、肽段定位、修饰位点显示 | 无法构建序列覆盖图，蛋白注释和肽段定位信息减少。 |
| Analysis overview | *AnalysisOverview*.txt | 项目总体检索概览、FDR/识别规模、Methods 自动文本 | 报告中的分析概览和 Methods 自动填充会减少。 |
| Experiment setup overview | *ExperimentSetupOverview*.txt | 搜库参数、数据库、酶切、修饰、FDR 阈值、定量策略 | 搜库参数与 Methods 文本不完整。 |
| Analysis log | *AnalysisLog* / *analysis_log* | 运行过程、搜索空间、处理状态、异常信息追踪 | 报告无法展示处理日志摘要，问题追踪信息减少。 |
| Run summaries | *RunSummary* / *RunSummaries* | run 级别识别数量、定量覆盖、样品间 QC 对比 | run 级别 QC 汇总和样品间对比信息减少。 |
| Calibrations | *Calibration* | RT/iRT、质量校准、校准曲线或误差分布说明 | 校准相关 QC 图和校准说明会缺失或降级。 |
| all-XIC DB | Pipeline Mode 勾选 Export All XICs；按 run 导出的 *.xic.db | MS1/MS2 提取离子流色谱图 | 仍可生成定量报告，但不能展示 XIC Viewer、MS1 isotope trace 或 MS2 fragment trace。 |
| Spectral library export | Spectronaut library TSV；或由 KIT 自动转换 | library precursor 浏览、参考碎片谱图、谱图多来源叠加 | 不能展示参考碎片谱图，也无法用参考谱图库补全完整碎片离子匹配。 |
| 原始质谱数据 | Thermo RAW / Bruker timsTOF .d；后台自动转换 | RAW full MS2、TIC/BPC、全局 overlap 与 timsTOF IM 图 | 缺失时报告仍可基于 SNE/Parquet 生成，但不能展示 RAW full MS2、TIC/BPC、全局 overlap 或 IM 图。 |
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