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Spectronaut DIA Report Generator

DIA 全功能可视化报告生成工具

先按报告模块准备 Spectronaut report、FASTA、library、XIC 与原始质谱数据，再选择项目目录生成可离线分发的交互式结果报告。文件越完整，报告中可追踪的蛋白、肽段、precursor、碎片谱图、TIC/BPC 与 XIC 证据越完整。

查看文件准备清单 打开导入系统

完整报告能力取决于输入文件

  1. 主报告 Parquet 决定蛋白、肽段、precursor 与定量矩阵。
  2. FASTA 与 library 决定序列覆盖、参考碎片谱图和谱图库浏览。
  3. XIC DB 与 RAW / .d 决定色谱图、TIC/BPC、RAW MS2 与 IM 可视化。
  4. setup / log / condition 文件决定方法参数、分组分析与问题追踪。

Function background and parameter database

Spectronaut 结果怎么读

按“总览判断 → 样品 QC → 蛋白下钻 → 原始证据”阅读，不从一张总表里猜结果。

Reading path

一条证据链

  1. 1规模样品、PG、肽段、precursor。
  2. 2稳定PCA、相关性、缺失率、CV。
  3. 3下钻蛋白、肽段、precursor。
  4. 4证据TIC/BPC、MS2、XIC。
项目 样品 Protein group Peptide Precursor Fragment / RAW

Parameter database

功能背景参数数据库

每个模块只显示它真正依赖的数据来源。

Report定量矩阵、q-value、RT、m/z。
FASTA序列、肽段定位、蛋白背景。
Library参考碎片和 MS2 标注。
RAW / .d样品 TIC/BPC 和原始谱图。
XIC DB峰形、保留时间、提取离子流。
Condition分组、重复、PCA、相关性。

Full-function data checklist

全功能可视化文件准备指导

如果只提供主报告 Parquet，报告可以展示核心定量结果；如果同时提供 FASTA、library、XIC、RAW/.d、setup overview、analysis log 和 condition 文件，报告才能把“样品 → protein group → protein → peptide → precursor → fragment → 原始谱图证据”完整串起来。

Minimum required

最低可生成报告

用于快速打开项目概览、Run 定量概览、蛋白表、多肽表和基本 QC。

  • SPonline 主报告 Parquet：按 SPonline.rs 导出，必须保留 fragment-level 字段。
  • 项目名称与任务记录：用于报告索引、链接恢复和后续重建。

Recommended

推荐完整输入

用于补全序列、分组、谱图库、XIC 和 RAW 证据链。

  • FASTA：蛋白序列、肽段定位、序列覆盖图。
  • ConditionSetup.tsv：分组 PCA、组内/组间相关性和分组可视化。
  • KIT / library TSV：参考谱图、library 浏览和碎片离子匹配。
  • all-XIC DB：MS1/MS2 XIC Viewer 和色谱证据。

Raw evidence

原始谱图增强

用于高阶 QC 和谱图追溯；可在主报告生成后继续补齐。

  • Thermo RAW：TIC/BPC、RAW full MS2、全局 overlap。
  • Bruker timsTOF .d：兼容 tims 数据并补充 IM 可视化。
  • RAW MS2 索引：建议使用高性能存储，避免重复转换。

Visualization coverage

可视化模块与所需文件

查看详细导出模板
项目概览 / Run 定量概览 主报告 Parquet、Run summaries、condition 文件。
PCA / 相关性 / 分组分析 主报告 Parquet + ConditionSetup.tsv；NA 时默认单组但仍计算组内相关性。
蛋白表 / 肽段表 / 序列覆盖 主报告 Parquet + FASTA；缺 FASTA 时降级为 accession 和定量浏览。
MS/MS 与谱图库 KIT / library TSV + RAW MS2 索引；用于参考谱图与实测碎片匹配。
TIC/BPC / RAW chromatogram Thermo RAW 或 Bruker .d + RAW 谱图索引；可在主报告生成后继续补齐。
XIC Viewer / 峰形证据 Pipeline Mode 导出的 all-XIC DB；SNE 内置 XIC 不能替代在线 XIC DB。
搜库参数 / Methods ExperimentSetupOverview、AnalysisOverview、AnalysisLog。
异常追踪 / 重建报告 任务索引、源目录、raw 列表确认和可排除样品记录。
1 先确认 RAW / .d 列表

所有 run 匹配、TIC/BPC、RAW MS2、IM 和后续删除异常样品，都以这一步为基准。

2 导出主报告 Parquet

使用 SPonline.rs，保存格式选择 Parquet，避免 TSV 大文件拖慢导入。

3 补齐证据文件

FASTA、library、XIC、setup/log/condition 可以逐步补齐；缺失模块会明确标注。

4 生成报告与补充 RAW 证据

主报告可先生成查看，RAW 谱图索引完成后刷新页面即可查看完整原始谱图证据。

Import system 导入系统 选择项目目录、确认原始数据和导出文件，并生成交互式报告。

Report history

报告记录

统一账号 正在检查登录状态... 登录 / 权限管理
索引路径将在连接服务后显示。
生成时间 项目名称 状态 来源项目 报告链接 管理
尚未读取报告记录。

Required exports and templates

Spectronaut 报告导出模板

主报告优先使用 SPonline.rs 导出的 Parquet。选择 SNE 读取方式时，请提供同一项目的 Spectronaut SNE、FASTA 和 RAW/.d 原始质谱数据。保存 SNE 时建议勾选 Store with XIC Data，用于保留软件内的 XIC 证据；当前在线报告的 XIC Viewer 仍需要在 Pipeline Mode 中勾选 Export All XICs，按 run 导出 SQLite 格式的 all-XIC DB。directDIA 项目建议同时勾选 Generate Library from directDIA，用于生成 KIT/谱图库并支持参考碎片谱图、谱图库浏览和更完整的碎片离子匹配。队列 QC 可按 mscohortQ 模板额外导出为 Parquet，用于补充 RT、score、q-value、DIA window 与定量使用状态图表。

SNE 保存设置检查

  • Store with XIC Data：保存 SNE 时建议勾选。该选项会把 XIC 色谱轨迹随 SNE 保存，用于保留软件内峰形证据；当前在线报告如需展示 XIC Viewer，应同时导出 all-XIC DB。
  • Generate Library from directDIA：directDIA 项目建议勾选。该选项会从 directDIA 结果生成 KIT/谱图库；缺失时主定量报告仍可生成，但参考碎片谱图和完整碎片匹配能力会受限。
  • Export All XICs：需要在报告中展示 XIC Viewer 时需勾选。该选项会将 fragment 和 precursor XIC 以每个 run 一个 SQLite 数据库文件的形式导出，报告生成器会扫描项目目录及下级目录中的 *.xic.db 并与主报告关联。

等待服务配置

模板字段将由服务返回，确保与当前报告生成器版本一致。

导出项 建议文件 / 格式 对应报告内容 缺失影响
Spectronaut fragment-level report 按 SPonline.rs 导出 Parquet；或从 SNE 生成 蛋白表、多肽表、QC 汇总、定量分布、matched-fragment MS/MS 图 没有合格 Parquet 且未提供 SNE/FASTA/RAW/.d 输入时，无法生成主报告。
Spectronaut SNE（建议保存 XIC） *.sne；建议保存时勾选 Store with XIC Data，并与 FASTA 和 RAW/.d 同项目提供 用于生成主报告数据，并保留 Spectronaut 软件内 XIC 证据 已有合格 Parquet 时可不提供；未保存 XIC 时仍可生成定量报告。在线 XIC Viewer 需要另行导出 all-XIC 数据库。
directDIA 生成的 KIT/谱图库 *.kit；建议在保存 SNE 时勾选 Generate Library from directDIA，也可直接提供 library TSV 参考碎片谱图、谱图库浏览和谱图库来源的碎片离子匹配 可不提供；缺失时主报告仍可生成，但不能展示参考碎片谱图，也无法用谱图库补全完整碎片离子匹配。
Queue QC report 按 mscohortQ.rs 导出；保存格式选择 Parquet RT、score/q-value、DIA window、precursor m/z、imputation 与定量使用状态 QC 仍可生成主报告，但队列 QC 扩展图表会缺失。
FASTA / protein database .fasta / .fa / .faa 蛋白 accession 映射、序列覆盖、肽段定位、修饰位点显示 无法构建序列覆盖图，蛋白注释和肽段定位信息减少。
Analysis overview *AnalysisOverview*.txt 项目总体检索概览、FDR/识别规模、Methods 自动文本 报告中的分析概览和 Methods 自动填充会减少。
Experiment setup overview *ExperimentSetupOverview*.txt 搜库参数、数据库、酶切、修饰、FDR 阈值、定量策略 搜库参数与 Methods 文本不完整。
Analysis log *AnalysisLog* / *analysis_log* 运行过程、搜索空间、处理状态、异常信息追踪 报告无法展示处理日志摘要，问题追踪信息减少。
Run summaries *RunSummary* / *RunSummaries* run 级别识别数量、定量覆盖、样品间 QC 对比 run 级别 QC 汇总和样品间对比信息减少。
Calibrations *Calibration* RT/iRT、质量校准、校准曲线或误差分布说明 校准相关 QC 图和校准说明会缺失或降级。
all-XIC DB Pipeline Mode 勾选 Export All XICs；按 run 导出的 *.xic.db MS1/MS2 提取离子流色谱图 仍可生成定量报告，但不能展示 XIC Viewer、MS1 isotope trace 或 MS2 fragment trace。
Spectral library export Spectronaut library TSV；或由 KIT 自动转换 library precursor 浏览、参考碎片谱图、谱图多来源叠加 不能展示参考碎片谱图，也无法用参考谱图库补全完整碎片离子匹配。
原始质谱数据 Thermo RAW / Bruker timsTOF .d；用于生成 RAW 谱图索引 RAW full MS2、TIC/BPC、全局 overlap 与 timsTOF IM 图 缺失时报告仍可基于 SNE/Parquet 生成，但不能展示 RAW full MS2、TIC/BPC、全局 overlap 或 IM 图。

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