新建任务
从 Analysis、QC Only、Library Generation、Export / Re-export、Transform 或 Existing Project 选择任务大类。
Spectronaut 分支培训资料
SPP指南：OmicSolution Pipeline Pro 操作入门
SPP 用于管理 Spectronaut 相关项目的任务创建、队列调度、结果回看、QC 检查、参数复用和集群运行。它不替代 Spectronaut 的搜索引擎，而是把多项目、多版本和多节点运行组织成可追溯的生产流程。
基本功能
SPP 把 Spectronaut 项目管理拆成六类动作
日常使用时不需要记住全部按钮。先把任务类型、参数输入、队列执行、结果诊断、QC 检查和运行环境分清，绝大多数项目都可以按同一条路径完成。
参数与资源
集中配置 raw/.d、FASTA/BGSFASTA、Spectronaut 版本、PROP、RS、Condition 和输出目录。
队列调度
在 Task Queue 中启动、暂停、终止、重试、删除或保存任务，并按项目输出目录查看运行状态。
结果诊断
用 Results Summary 查看 Step 1.1、1.3、2.1、Final Result、AGS group 完整性和失败样品。
QC 回看
用 QC Viewer 读取 TIC/BPC、TIMS IM QC、方法信息和批量导出结果，判断原始数据质量。
运行环境
通过 Global Settings 与 Cluster Manager 管理默认目录、Spectronaut 版本、worker 节点和并发策略。
操作流程
从默认项目到可复核结果的推荐路径
准备
确认项目根目录、raw/.d、FASTA、PROP、RS、Condition
建任务
New Task 选择任务大类，Analysis 项目进入流程说明与参数页
入队列
Add to Queue 后回到 Task Queue，检查状态、SP Version 与输出目录
执行
Start Queue 或 Start Selected，按本机、Advanced 或 Cluster 策略运行
回看
View Results / QC Viewer 判断结果完整性、缺失样品和原始数据质量
重提
Modify Project、Retry Missing、Recover Existing Output 复用已有项目结果
先建立概念
SPP 管的是项目生命周期，不只是调用一次 Spectronaut
如果已经熟悉 Spectronaut，可以把 SPP 理解为一个围绕 Spectronaut CLI 的生产层。它负责把输入、参数、队列、日志、中间结果、失败样品和集群节点统一记录下来，让同一个项目可以暂停、恢复、重分析、补缺失样品和二次导出。
Project
一次实验或一次输出目录。Project Root 通常来自原始数据目录，Output Dir 是 SPP 生成 `intermediate`、`results`、日志和配置的地方。迁移项目时，SPP 会尽量使用相对路径和配置记录重新定位。
Task
队列中的一条可执行任务，例如 Analysis、QC Only、Export / Re-export 或 Existing Project。Task 有状态、优先级、当前 Step、样品数量、创建时间和输出目录。
Family
同一个项目派生出的任务组。Modify Project、Retry Missing 或从某一步重跑时会保留与原任务的关系。删除单个 Task 不应删除整个 Family，除非用户明确执行项目组级操作。
Step
Analysis 内部的执行节点。1.1、1.3、2.1 是样本级并行节点；1.2、1.4、2.2 是汇总节点。选择从任意 Step 重分析前，SPP 会检查上游必要产物是否存在。
Worker
Cluster 中执行子任务的程序。Worker 通过 Master API 获取任务、路径映射、版本要求和可用 Spectronaut 版本。Worker 可以自动检查并抓取主控端提供的新版本。
Registry / DB
运行状态会持续写入本地状态库和项目配置，减少每次启动都全量扫描目录。它用于判断任务卡死、产物是否真实存在、哪些样品应重试，以及恢复队列时应从哪里继续。
首次配置
第一次启动先把 Settings 配好
SPP 需要知道 Spectronaut 安装在哪里、默认 raw 和输出目录在哪里、FASTA 库在哪里、APUQUANT 是否可用，以及更新服务地址是否能访问。若启动时没有扫描到任何 Spectronaut DLL，程序会要求先进入 Settings 完成版本配置。
扫描 Spectronaut 版本
在 Spectronaut Runtime Registry 中设置 Biognosys 父目录，点击 Scan Versions。SPP 按 DLL 实际版本识别 20.5、20.6、21 等版本，不只依赖目录名称。默认版本决定新任务优先调用哪个 `Spectronaut.dll`。
确认默认目录
Default Raw Directory 是选择数据时的起点；Default Output Root 是结果默认写入位置。若启用相对目录，选择 Project Root 后会自动推导 RAW 和 Search Result 目录，适合统一项目结构。
维护内置资源
内置 FASTA/BGSFASTA、默认 JSON/PROP、RS 模板和 PTM RS 都在 Settings 或对应管理器中维护。Spectronaut 20 与 21 的默认配置可并存，任务会按选定版本选择对应 Profile。
配置更新与服务地址
SPP 更新、Spectronaut 更新和 UniProt 在线服务都应使用可稳定访问的服务地址，并在项目开始前完成连通性检查。
维护建议：不要覆盖旧 Spectronaut 安装目录。安装新版本时使用类似 `Spectronaut210`、`Spectronaut206` 的独立目录，便于旧项目复现和新项目升级。
界面识别
主界面和新建任务向导
SPP 的主界面不是单个分析表单，而是项目队列。新建任务只负责把一个可执行任务规范化，真正的执行和回看都回到队列完成。当前新建任务第一页先显示任务大类，Analysis 是全宽重点入口；QC Only 与 Library Generation 位于第二行；Export / Re-export、Transform 与 Existing Project 位于第三行。
Analysis 节点
Analysis 不是两步，而是 1.1 到 2.2 的完整链路
SPP 把 Spectronaut 主分析拆成六个可追踪节点。单样本节点适合并行运行，汇总节点需要在同一节点上完成整合。排查失败任务时，先判断失败发生在哪个节点，再决定是补单个样品、补汇总节点，还是从 DIA 分析重新开始。
1.1Database Search可并行
逐个 raw/.d 调用 Pulsar 进行数据库搜索，生成每个样品的初始搜索档案。
- 输入：原始文件、FASTA/BGSFASTA、PROP 或默认搜索参数。
- 产物：`step1.1` 中的样本级 PSAR 与日志。
- 检查：缺失样品通常先看原始文件路径、FASTA、Spectronaut 版本和日志结尾。
1.2QSP Generation汇总节点
汇总 Step 1.1 的搜索档案，生成后续批量处理使用的 QSP 或优化模型。
- 输入：`step1.1` 目录中的样本级搜索结果。
- 产物：`step1.2` 中的 QSP 文件与全局统计。
- 检查：如果 QSP 不存在，后续 1.3 无法继续；优先回看 1.1 是否完整。
1.3Batch Processing可并行
用 Step 1.2 的模型回到每个样品，生成更完整的样本级最终 PSAR。
- 输入：每个样品的 1.1 PSAR 和 1.2 QSP。
- 产物：`step1.3` 中的 `*-final.psar` 与样本日志。
- 检查：某个样品 1.3 缺失时，多数情况下只需要补该样品相关节点。
1.4Library Generation汇总节点
把 Step 1.3 的样本级档案整合成项目可用的 Spectronaut library。
- 输入：`step1.3` 目录中的最终 PSAR 集合。
- 产物：`step1.4` 中的 `.kit` 谱库。
- 检查：没有 `.kit` 时，2.1 无法用项目内建库继续；可改用外部库或补 1.4。
2.1DIA Analysis可并行
用 `.kit` 或外部 library 对每个 raw/.d 进行 DIA 分析，形成样本级 SNE 或中间结果。
- 输入：原始文件、library、PROP 或分析设置。
- 产物：`step2.1` 中的样本级 DIA 结果。
- 检查：若只有少数样品失败，可优先补 2.1；若库文件错误，需要回到 1.4 或更早节点。
2.2Final Merge汇总节点
整合 Step 2.1 的样本级结果，按 merge、combine、noMBR 或 AGS 规则生成最终项目结果。
- 输入：`step2.1` 结果、RS、Condition 和输出规则。
- 产物：Final SNE、report、AGS group 结果或交付表。
- 检查：如果 2.1 已完整但 Final Result 缺失，通常从 2.2 重提更合适。
使用外部 library 的项目可以从 2.1 进入 DIA 分析；只改 Condition、RS 或导出表时，通常不需要回到 1.1。Modify Project 会根据已存在的中间结果提示更合适的重提节点。
任务类型
选择任务大类时先看目标输出
New Task 中的功能大类覆盖从主分析、原始数据 QC、实时监控、谱库构建到已有结果再利用的完整路径。不同大类的差异不在按钮名称，而在是否重新搜索、是否读取已有 SNE、是否只做质量控制，以及最终要交付哪类文件。
新建 Spectronaut 主分析任务，覆盖 merge、combine、noMBR、AGS、directDIA 等模式，是从 raw/.d 到最终结果的主入口。
只读取原始数据做 TIC/BPC、TIMS IM 和方法信息检查，不生成 Spectronaut 主分析结果。
从 PSAR、directDIA 结果或原始文件构建可复用的 KIT/TSV library，用于后续 DIA 分析或项目复用。
基于已有 SNE 或 manageSNE/combine 结果重新导出 report、Parquet、XIC DB 或其他结果文件，不重复执行完整搜索。
把 normal report、SNE+RS 或导出表转换为后续统计、PTM、pivot、交付模板所需的结构化表格。
把已有输出目录重新加载到队列中，用于 View Results、Modify Project、Retry Missing 或派生兼容任务。
| 任务大类 | 适用场景 | 关键输入 | 输出与后续动作 |
|---|---|---|---|
| Analysis | 常规 merge、combine、noMBR、AGS、directDIA 主分析 | raw/.d、FASTA/BGSFASTA、PROP、RS、Condition、输出目录 | 生成中间结果、SNE、report 和可回看的项目摘要 |
| QC Only | 只检查原始数据质量，不启动 Spectronaut 主分析 | Thermo RAW 或 Bruker .d；队列任务通常至少需要两个文件，QC Viewer 可用于单文件曲线回看 | TIC/BPC、TIMS IM QC、批量 PNG 和 QC 报告 |
| Library Generation | 从 PSAR/directDIA 或 RAW/.d 构建 KIT/TSV 谱库 | PSAR/directDIA 结果或原始文件、FASTA、PROP | 生成可用于后续分析的库文件 |
| Export / Re-export | 从已有 SNE 重新导出 report、Parquet 或 XIC DB | SNE、RS、PROP、输出目录 | 输出 report、manageSNE/combine 结果或二次分析数据 |
| Transform | 把 Normal report 或 SNE+RS 输出转换为后续分析表格 | Normal report、SNE、RS、转换规则 | long-to-wide、pivot、PTM 或客户交付表 |
| Existing Project | 已有输出目录仍在，需要恢复队列记录或重新接管项目 | 完整输出目录中的 analysis_config、results 和中间目录 | 恢复为 Recovered 任务，可继续 View Results、Modify 或 Retry |
Analysis 模式
同样是 Analysis，模式决定重分析边界
选择 Analysis 后，SPP 会进入模式选择和参数页。不同模式复用同一套队列机制，但中间产物、Condition 作用方式和最终合并策略不同。
| 模式 | 适合场景 | SPP 处理重点 | 常见重分析起点 |
|---|---|---|---|
| merge | 常规批量搜库，最终按项目合并 | 逐样品搜索与 DIA 分析，最后用 2.2 合并 report / SNE | 只改 RS/Condition 时从 2.2；库或 DIA 参数变化从 2.1；搜索参数变化从 1.1 |
| combine | 大项目或分批项目最终统一 combine | 优先保证每批中间结果完整，再在最终节点统一 combine | 已有各批 SNE 时可从 Export / Re-export 或 2.2 |
| noMBR | 每个样品独立分析，不做跨样本匹配 | 减少跨样本依赖，适合失败样品补跑和保守定量 | 单样品失败通常补 2.1；参数变化按 1.1 或 2.1 判断 |
| AGS | 按 Condition 自动分组，生成多组结果 | 检查 group 与 reference 的完整性，分别生成 group 输出 | 修改 Condition group 时多从 2.2；缺少 group 结果时补对应 Final Result |
| directDIA | 已有 raw/.d，希望直接进入 DIA 搜索或实时结果 | 兼容 analysis 的 merge、combine、AGS、noMBR 结果链路，不走传统 1.1-2.2 分布式搜库全流程 | 通常从 2.1 或直接重导出；根据是否需要重建库决定是否回到前序步骤 |
| cohortDIA | 目录持续进样，先积累 cohort 再统一分析 | 监控数据稳定性、达到阈值后进入批量流程 | 按 cohort 当前完成度决定补 raw、补 1.1 或进入 2.1/2.2 |
FASTA 与 UniProt
FASTA 管理器负责从在线检索到本地 BGSFASTA 的全链路
Spectronaut 能读 FASTA，但生产项目更需要可复用、可审查、可重命名的数据库库。SPP 的 FASTA 管理器把源 FASTA、去冗余 FASTA、BGSFASTA、解析规则、蛋白条目数量和来源信息作为同一个 Family 管理。
在线搜索
打开 FASTA 管理，进入 UniProt 在线面板。可以按 proteome_id、tax_id、物种名、中文别名或 superkingdom 搜索。搜索结果支持分页浏览，单页可选 20、50、100 条。
预览与下载
选择结果后，右侧会自动预读取可下载 FASTA 列表和元数据。下载前可预览 FASTA；未获取到文件列表时下载按钮不应可用。下载文件会写入 UniProt 子目录并同步刷新主列表。
确认解析规则
转换前进入 FASTA parsing 规则确认页。UniProt FASTA 通常自动匹配 UniProt FASTA 规则；RNA/DNA FASTA 可选择先翻译为 protein，再按翻译后的 FASTA 规则转换。
重命名与建库
下载到本地后，SPP 会保留源库关键字，例如 release、proteome_id、tax_id、species_name、common_names_cn。重命名框下方可点击关键字快速组成更短、更清楚的库名，并避免 `fasta.fasta` 这类重复后缀。
源 FASTA
原始下载或导入的 FASTA。它用于重新识别解析规则、重命名、去冗余或重新生成 BGSFASTA。大型 FASTA 会跳过耗时的 UI 全量扫描，避免界面冻结。
去冗余 FASTA
当用户启用序列去冗余时，SPP 会生成 deduplicated FASTA，并记录来源、规则和蛋白条目数量。它不是必须输入，但有助于降低数据库冗余。
BGSFASTA
Spectronaut 建库或搜索常用的转换结果。若 FASTA 是由 SPP 转换生成，管理器会记录源 FASTA 路径、解析规则、蛋白条目数量和更新时间。
经验规则：参数页中完成 FASTA 转换后，应只保留转换得到的 BGSFASTA 进入任务，不应同时把源 FASTA 和 BGSFASTA 一起传给分析流程。
参数与 Condition
SPP 把 Spectronaut 参数拆成 Profile、PROP、RS 和 Condition
Spectronaut 用户习惯在软件内保存设置；SPP 更强调“任务可复现”。因此每个任务都要明确当前使用的 Spectronaut 版本、搜索或分析 Profile、PROP/JSON、RS、Condition 和导出策略。
JSON / PROP Profile
JSON Settings 与 PROP 都可以作为分析参数来源。Spectronaut 20 与 21 的导出配置存在版本差异，SPP 内置 20/21 的 default 与 phospho PTM 配置，选择版本后应检查 Profile 名称和实际文件路径。
RS 模板
RS 决定 report schema、Parquet、pivot、PTM 或 APUQUANT 同步导出的字段。Schema Compatibility 用于标记 direct export、export then transform 或 manual review，避免误用不兼容 RS。
Condition Setup
Condition 决定样品分组、reference、AGS group 和最终报告结构。若设置完 Condition 后发现少加文件，回退到 Runs 页时应允许补充文件，并提示哪些 raw 不在 Condition 中，而不是强制删除。
Parquet / XIC DB
Export / Re-export 支持按 RS 或 PROP 输出 Parquet，并为后续自动运算预留路径。XIC DB 当前更依赖 Spectronaut 本体保存策略；若命令行支持增强，SPP 可继续接入。
APUQUANT
Settings 中配置 APUQUANT 程序目录并扫描 `apuquant.exe`、`apurt.exe`。APUQUANT 当前只支持 raw，不支持 `.d`；选择 `.d` 时应自动隐藏相关选项。并发默认按 CPU 核心数 / 4，最高不超过 16，bin 默认 7。
大队列放大
Analysis 的 Runs 页状态栏右侧可设置大队列放大倍率，用少量输入模拟 `n * X` 的大队列。当前仅用于 Analysis / Spectronaut engine，适合 merge、combine、noMBR 测试；流程会先执行 htrms convert，并跟踪 htrms 在 1.1、1.3、2.1 等需要原始输入的 Step 中的复用与改名。
结果与 QC
完成任务后先看完整性，再看生物学解释
SPP 的结果回看重点是运行状态和交付完整性：Step 1.1/1.3 是否形成样本级中间结果，Step 2.1 与 Final Result 是否齐全，哪些 group 缺失，哪些样品失败，原始数据 TIC/BPC 是否异常。只有这些检查通过后，结果才适合进入后续统计和报告。
重分析与恢复
Modify Project 的核心是继承已有结果，而不是从头重算
生产项目经常发生“新增 200 个 run”“只改 Condition”“某几个样品失败”“旧项目迁移到新盘符”等情况。SPP 的重分析流程会检查当前选择 Step 之前的必要数据完整性，并允许用户从任意 Step 开始重提。
先识别旧结果
打开 Modify Project 时，SPP 会读取 `analysis_config`、状态库、`intermediate` 和 `results` 中的产物，判断每个样品的 1.1、1.3、2.1、Final Result 是否真实存在。不能只看旧状态标记为 Completed。
再决定重提起点
如果只改 Condition 或 RS，通常建议从 2.2；如果改 library 或 DIA 参数，通常从 2.1；如果修改 1.1 参数或把建库样品从部分数据改成全量数据，则从 1.1，但应继承已完成且参数兼容的旧 1.1 结果。
列出有效与缺失
当 1.3 只有部分 PSAR 可用时，1.4 不应简单阻止。应清楚列出有效 PSAR 数量、有效列表、缺失列表，并让用户确认是否用小于项目总数的数据继续构建 KIT。
只补失败样品
如果个别样品 1.1、1.3 或 2.1 失败，不应影响其他样品进入后续分析。Retry Missing 会保留当前 Condition，只补缺失或失败样品，避免重复计算已完成数据。
| 用户改动 | 推荐起点 | 继承逻辑 | 需要提示用户 |
|---|---|---|---|
| 新增 raw/.d，但旧样品参数不变 | 1.1 或对应缺失 Step | 旧样品已完成且产物存在时继承，只计算新增样品 | 新增样品数量、旧样品继承数量、仍缺失数量 |
| 只修改 Condition | 2.2 | 复用已有 2.1 和 SNE，刷新最终合并与报告 | Condition 中缺少或多出的样品名 |
| 只修改 RS / report schema | 2.2 或 Export / Re-export | 复用 SNE，不重复搜索 | RS 与 Spectronaut 版本、report 类型是否兼容 |
| 删除部分 1.3 PSAR 后重跑 1.4 | 1.4 | 读取当前存在的有效 PSAR，缺失样品列为风险 | 有效列表、缺失列表、是否继续构建 KIT |
| 项目迁移到新盘符或共享盘 | Existing Project / Recover | 按配置和相对路径重新定位结果，不把盘符变化误判为失败 | 哪些路径已映射，哪些外部路径仍不可访问 |
运行环境
默认目录、版本和 worker 状态决定队列能否稳定运行
Cluster / Worker
Cluster 让样本级 Step 分发，汇总 Step 可指定节点
Cluster 由 Master 和 Worker 组成。Master 通常运行在主控端，负责队列、任务拆分、状态记录和结果汇总；Worker 运行在计算节点，负责接收子任务并调用本机 Spectronaut。共享路径和版本一致性比单机运行更重要。
在 Master 端准备共享目录
把包含原始数据和输出结果的上级目录设置为 Windows 局域网共享目录，例如 \\server\Data。共享目录需要给 Worker 端 Windows 用户读取原始数据、写入 2.Search Result、创建 intermediate、results 和日志文件的权限。
在 Master 端打开 Cluster Manager
点击 Cluster / Cluster Manager，确认 Master API 已启动。若界面提示配置防火墙，点击后等待 Windows UAC 弹窗并确认；如果没有 UAC 或端口仍不通，先用 `ip:port` 测试 8000 端口是否能从 Worker 机器访问。
在 Worker 端连接 Master
启动 OmicWorker，打开“连接到 Master Node”。填写 Master 节点的 IP 和端口，例如 192.168.x.x、8000，点击“检查并获取配置”。成功后 Worker 会读取 Master 共享路径、路径映射要求、版本要求和可用任务策略。
设置本机挂载点
如果 Master 共享路径是 \\server\Data，Worker 端可以直接使用 UNC 路径，也可以映射为本地盘符，例如 T:\ 或 X:\。在 Worker 的路径映射验证区域选择“本机挂载点”，让 Worker 知道 Master 路径在本机对应到哪个位置。
验证路径映射
点击路径映射验证。SPP 会检查 Worker 是否能看到项目根目录、原始数据目录、输出目录和必要的中间目录。通过后再提交 Cluster 任务；未通过时不要强行运行，否则远端子任务可能拿到 Master 端盘符但在 Worker 端无法打开。
理解盘符不一致
Master 上的 E:\project\2.Search Result\human，在 Worker 上可能显示为 X:\project\2.Search Result\human 或 \\server\Data\project\2.Search Result\human。只要路径映射能互相转换并且文件可读写，这不是错误。
| 界面位置 | 需要填写 / 检查 | 判断标准 |
|---|---|---|
| Master Cluster Manager | Master IP、API port、Windows 防火墙规则、共享根目录 | Worker 机器能连通 `http://MasterIP:8000`，并能访问共享目录 |
| Worker 连接窗口 | Master IP、Port、“检查并获取配置” | 能返回 Master 共享路径、版本要求和任务配置，而不是 connection timeout |
| Worker 路径映射验证 | Master 共享路径、本机挂载点、验证状态 | 项目根目录、raw/.d、输出目录都能在 Worker 端打开 |
| Settings / Spectronaut Runtime Registry | Worker 本机 Spectronaut DLL 版本 | Cluster Manager 中 SP Match 正常，默认 SP Version 与任务要求兼容 |
连接与防火墙
Master 启动 API 后会检查 Windows 防火墙规则。需要管理员权限时应弹出 UAC，让用户确认开放端口。若 Worker 连接失败，先用 IP:Port 测试 TCP 是否能连通，再看共享路径映射。
Worker 自动更新
Worker 与 Master 通讯后可以获取主控端发布的 Worker 更新。下载文件应保留真实版本名，例如 `OmicWorker_v260621_fix6.exe`，避免旧 fix1 文件名误导用户。
路径映射
远端服务器看到的盘符可能与主控端不同。SPP 需要按共享根目录映射路径，不应因为本机盘符不一致就判断项目错误。排查时优先确认原始数据、输出目录和 Spectronaut 安装路径在 Worker 端可访问。
并发与负载
Worker 可按 CPU 和内存状态限制分发。平均负载比瞬时峰值更可靠；当内存占用超过“总内存 / 并发数 + 10GB”阈值时，可暂缓分发直到平均内存下降。
固定汇总节点
高级选项可指定 1.2、1.4、2.2 分别由哪台服务器计算。这样可以把汇总节点固定在内存更大、磁盘更快或路径最稳定的机器上。
Htrms convert
htrms converter 可以分布式计算。放大队列或 TIMS/RAW 预处理时，转换任务应像搜索任务一样进入状态监控，避免只在主控端串行执行。
Cluster 中显示“暂缓”通常表示节点在线但当前不适合继续派发新任务，常见原因包括内存负载过高、并发已满、版本或路径检查暂未通过。
状态监控
日志监控要区分“启动后无响应”和“正在正常慢速运行”
SPP 会定期检查各 Step 日志和产物，但不能因为大型任务长时间没有完成就误杀进程。正确逻辑是：启动后长时间没有任何有效日志或进程响应，才判定可能卡死；只要日志持续产生处理记录，即使速度慢也应继续等待。
5 分钟巡检
每隔约 5 分钟检查活跃任务日志、子进程、产物时间戳和状态库。巡检结果写入项目状态，供界面和恢复逻辑读取。
30 分钟启动超时
如果命令启动后 30 分钟仍没有有效响应，可 kill 并重启该子任务。连续 3 次无法启动时，应把该样品标记为问题样品，而不是阻塞整个项目。
慢任务保护
如果日志已经有处理记录，说明任务在工作。大型 1.2、1.4 或 2.2 可能长时间运行，SPP 不应因为没有立即完成而中断。
重启前报告
停止项目后再次启动时，界面应列出当前完成比例、已完成样品、缺失样品、失败原因和建议下一步，让用户确认是重试失败样品还是进入后续 Step。
更新与维护
SPP、Worker 与 Spectronaut 更新分开管理
SPP 可以查看自身更新、Worker 更新和 Spectronaut 安装包列表。更新页面会显示当前版本、可下载版本和更新说明。Spectronaut 下载前必须提醒用户：SPP 无法知道 license / 维保到期时间，请确认目标版本在维保期内，否则 Spectronaut 可能无法启动或无法激活。
| 更新对象 | SPP 做什么 | 用户要注意什么 |
|---|---|---|
| SPP 主程序 | 检查 `OmicSolution_Pipeline_Pro_Internal_vYYMMDD_fixN.exe`，下载后移动到当前运行 exe 同目录，提示用户重启使用新版本。 | 下载完成后不要覆盖仍在运行的 exe；保留旧版本可用于回退。 |
| OmicWorker | 检查 `OmicWorker_vYYMMDD_fixN.exe`，可由 Master 发布给 Worker，也可由用户下载后自行部署。 | Worker 版本应与 Master 兼容，任务栏和标题栏图标应能区分 Worker 与主程序。 |
| Spectronaut | 读取下载目录、显示可用版本、识别本机已安装 DLL 版本，并提供安装建议目录。 | 建议安装到独立目录，例如 `Spectronaut210`，不要覆盖旧版本。 |
常见问题
先按症状定位，再决定是否重跑
任务从错误 Step 恢复
检查 `analysis_config`、状态库和产物目录是否一致。若旧状态显示完成但产物缺失，应以实际产物为准，并要求补缺失 Step。
只有一个子线程活跃
检查任务并发是否被样品数量、状态库、已完成标记、Cluster 暂缓、htrms convert 串行化或固定汇总节点限制。样本级 Step 才应看到多个活跃日志。
QC 看不到有效信息
QC Only 详情页应显示 QC 做了什么、读取了哪些原始文件、TIC/BPC 是否生成、TIMS 统计是否完成和日志摘要，而不是只显示搜库相关信息。
FASTA 页面卡死
大型 FASTA 应采用分步扫描、预览前 100 行、记录条目数量，并允许用户跳过耗时的 accession 精简或序列去冗余。
更新列表无法刷新
若出现 DNS 或 Could not resolve host，先测试更新源地址。网络不可达时保留已有缓存，并向用户明确提示网络连接失败。
界面语言混杂
默认界面应为中文，支持运行时切换英文。Spectronaut、FASTA、BGSFASTA、RS、PROP、SNE、PSAR、KIT、Cluster 等核心术语可保留英文。
运行前检查
提交任务前按这张清单确认
数据与路径
- Thermo 数据使用 `.raw` 文件；Bruker 数据使用完整 `.d` 目录。
- Bruker `.d` 目录应包含 `analysis.tdf` 和 `analysis.tdf_bin`。
- 输出目录不要与旧项目冲突；需要复用旧项目时优先使用 Existing Project 或 Modify Project。
- Cluster 任务应确认 Master 共享目录、Worker 本机挂载点和路径映射验证均通过。
分析资源
- FASTA/BGSFASTA、PROP 和 RS 与当前任务类型匹配。
- Condition 中的样品名与 raw/.d 文件名能够正确对应。
- PTM、AGS、combine、noMBR 等分支任务使用对应的 report schema 和参数设置。
运行环境
- Global Settings 中默认 Spectronaut 版本已经扫描并可用。
- 本机或 worker 节点内存、磁盘和临时目录足够。
- Cluster 运行前确认 worker 在线、App Version 一致、SP Match 正常。
完成后复核
- Results Summary 中 Step 1.1、Step 1.3、Step 2.1 与 Final Result 没有异常缺口。
- AGS group、reference group 和样品数与实验设计一致。
- QC Viewer 的 TIC/BPC、总强度和方法信息支持该批数据继续进入报告。