EasyDIA，即使封城也可以让你的蛋白质组实验高枕无忧

    连续监控5个月质控数据，期间还经历封城2个月、空调失灵1个月、更换3根色谱柱，还能做大队列蛋白质组么？这个问题不好解答，因为目前没有公认标准，那我们只能实打实的把数据都可视化出来，让您自行评判了。

    上海这突然封城的2个多月，对于要求高精度、高稳定性的蛋白质组质谱来说，简直是地狱模式。尤其是对我们这种小小公司，没干啥呢就被关了禁闭，实在太难了。。。为了那点渺茫的希望，我硬扛着没关机，对着监控摄像头祈祷明天会更好。

封城前一周：

虽然我对封城有所预料，但迟迟不发货的试剂以及突然赶人走的物业只能让人无奈感叹；

封城第一周：

空调坏了一路，只剩一台小的艰难支撑，不过还好气温不高，还能扛，但后面要是不解封，这环境温度不敢相信，不过样品盘里也就只有Hela了，顺便跑一针吧；

封城第二周：

流动相没了，订的Fisher4个月了，还没到，彻底歇菜；

封城第3、4、5、6周：
温度忽高忽低，又觉得可能会解封，一直舍不得彻底停机，就这么苟延残喘

，

封城第7周：

反正不指望Fisher了，那就祭出屈臣氏大法，团购了一大堆。

封城第8周：

终于可以进人了，把流动相补足，顶着失灵的空调下33度的室温，颤抖的上了几针Hela。

100ng Hela 30min DIA noMBR 1%Precursor 1%Protein FDR

     基于极高灵敏度的nano-LC-MS体系，我们必须对每一个环节精益求精，才能尽可能保证出现不可控意外时产出的蛋白质组数据依然稳健可用。

     因此，我们采用了iST试剂盒处理的Hela->ionopticks Aurora nano色谱柱>30分钟梯度 DIAPASEF（timsTOF Pro2）作为EasyDIA开发体系。每周采集一次数据，更换色谱柱采集一次数据用于评估色谱质谱状态，当然，拜疫情所赐，顺便检验了巨大的温度波动+更换流动相规格+无人维护的压力测试。那么肯定有客户会问了，搜个库做个鉴定就是质控了么？当然不是，10年前我们用蛋白定性数据质控，10年后还这样如何紧跟目前大队列定量的要求？

    也有人说nano系统不稳定，还是改用micro或者常规流速体系适合大队列蛋白质组，不过我还是头铁，想要挑战挑战超高压（>650bar）体系下nano-LC-MS系统的长久稳定性。谁让我们心心念念着一小时上万呢？

    因此，我们必须全方位的考察我们的系统能否经得起大队列的压力考验。那需要考虑的因素就包括液相系统、质谱系统，定性结果，定量结果等多个方面了。这种情况下的质控实操可就麻烦了，不过为了满足质控的要求，我们开发了EasyDIA平台，能方便的提供全自动质控分析。部署EasyDIA后，只需要把原始质谱数据保存到对应目录，过一会儿质控结果即刻展示。

体验网址：

ttps://project.omicsolution.com/EasyDIA/?time_series_qc 或点击文末的阅读全文

点击红色箭头所指的圆圈拖动显示日期范围。蓝色箭头初显示该日期范围内有多少个QC样品，点击任意一个可以去除不用于QC。点击refresh后即可等待QC分析。几分钟后显示所有结果。

这次复工QC，去掉4、5月间流动相干涸的断档，一共纳入13个QC，涵盖3根不同批次色谱柱。

• 即插即用，性能卓越 Ionopticks色谱柱值得拥有

QC结果我们分4个模块分别展示和查看。

LC

监控指标包括：

在有效信号出峰7、8分钟后，可以看到信号基本一致。

5个月间半峰宽稳定2.5秒，显示出色谱柱性能优异稳定

DIA MS/MS定量数据点稳定在5，确保高效、准确定量。

战高温的RT偏移和年初比的确有所偏差。

MS

监控指标包括：

可以看到整个运行期间，无论MS1还是MS2的质量精度均保持在5ppm内，和室温没有相关性。

信号强度一致性自始至终的稳定，这是长时间大队列精确定量的基本保证。

鉴定

    监控指标包括：

整个半年质控期间30分钟的定量蛋白数量保持在6100-6500个PG间，波动没有超过10%。而我们的iST流程制备的Hela则全程保持10%漏切（多批次制备）。

• iST试剂盒处理微量样品，方法及结果比较

  

蛋白水平实现了5个月内85%的定性一致性，不过暂时没有看到文献做过类似分析，不确定这个指标算好还是差。

定量

监控指标包括：

显而易见，最难的且最需要关切的是定量的稳定性和准确性。

所有样品的定量缺失值比例在1X%，无MBR。

归一化前后的信号差异基本不变

定量相关性图可以看到蛋白水平的相关性都在0.9以上，而未填缺失值和mbr的母离子水平的相关性略差 0.85以上。和连续进样的大队列相比还是略有缺憾。

我们的DIA数据分析及展示平台 https://project.omicsolution.com/EasyDIA 目前涵盖了两大功能。

小鼠17种器官和血液蛋白质组在线浏览查询模块

这里我们内置了采用timstof Pro 60分钟DIAPASEF采集到的蛋白、多肽定量数据，共覆盖了约12500种小鼠蛋白的DIA定量及iBAQ定量值信息，您可以随意进行浏览、查询、下载。方便您在进行自己的实验前初步确认感兴趣的蛋白表达情况。

在线QC模块

目前我们为DIA分析搭建了在线提交的QC功能。

您只要拥有Spectronaut 15及以上版本，下载schema文件后导入其中的qc.rs模板后导出对应report，打包（7z或zip）上传到我们网站，等待十来分钟即可敬请查看你的数据质量了。

未来我们会进一步拓展DDA定性，TMT定量等分析类型的QC模块。

您对我们的平台感兴趣的话可以通过在电脑上访问我们公众号，点击菜单服务支持，EasyDIA进入后选择在浏览器打开即可。

https://project.omicsolution.com/EasyDIA

其中的time-series QC是展示我司demo实验室质谱稳定性的可视化结果，我们会每周更新数据方便大家了解的长时间运行稳定性。

demo reports是我们收集了一些典型数据方便大家了解不同类型实验不同QC形式，后续会陆续放出在线自行分析功能。

    我们架设的这套EasyDIA实验加数据分析QC流程经受了疫情封城和空调失灵、试剂断货的考验，虽然和1月初的数据有所偏差，但总来说比我想象中的结果一致性还是好上不少的。

    尤其是在无人值守的4、5月，顶着30多度的室温还能岿然不动，复工后第一时间满血复活，是让我大感欣慰的。

    我们开发的在线QC模块也因此得到了大量的数据进行充分开发和调试。也欢迎您的测试和建议。

    我们的愿景是能把蛋白质组结果随时随地的重复出来，这样蛋白质组学领域才能不再小众，不再受到质疑。