SpectroDive Workshop / 上机实操页

每个任务都需要说明三件事：输入是什么，改变的是哪一层对象，最终输出的是什么。Task 2 的输出是可继续 split、calibrate、export 的 assay panel；Task 5 的输出是带线性范围解释的 absolute quantification 结果。

只要这三层结构明确，整条靶向验证流程就能被重新组织出来。

• 确认运行环境符合本地磁盘空间、RAM、Temporary Directory 与 Local Search Archives 的基本要求。
• 确认 raw files、search archives、panel kit files 和结果目录尽量都放在本地盘，而不是不稳定的网络盘或虚拟机共享盘。
• 确认这次项目的输入属于哪一类：现成 panel、需要从库生成 panel、还是需要先准备 FASTA / sequence list。
• 如果项目涉及绝对定量，提前确认 calibrant runs、dilution factors 和标准品信息是否齐全。

可抽取 1 条 precursor、2-3 条 transitions 做字段拆解。Q1 / Q3 对应采集和提取的 m/z 坐标；iRT 对应 scheduling 与分析速度；RelativeFragmentIntensity 会影响 detection sensitivity；ModifiedSequence 与 ProteinId 则把靶点身份绑定到后续 scoring 和 reporting 上。如果有绝对定量需求，还要额外检查 response factor、protein scaling factor 和单位字段是否完备。

这一步常见的偏差，是把 panel 当成“导入成功就行”的表格。更准确的标准是：能够拿出任意一行，说明它如何影响采集、识别、定量和报表。

这一任务的产出是可解释的方法文件。需要能够说明是否需要 split panel、每个 split 的 transitions 数量、scheduled window 的来源，以及当前 workflow 是否启用了 SureQuant 或其他触发逻辑。

同时需要能够区分 unscheduled、scheduled 与更高阶 workflow 的方法设计差异。

• 当前 analysis 用的 panel 是什么，它和前面 method export 用的是不是同一个定义版本。
• analysis schema 中哪些默认设置会影响 scoring、quantification 和后分析。
• conditions、replicates、fractions 和 correction factors 是否已经准确录入。
• iRT kit 是否被正确检测到，以及这是否影响后续的 processing speed、specificity 与 automated QC。

合格标准包含三部分。第一，能够指出哪些 calibrant points 用于建立线性区间，哪些点因低于 LOD 或超出范围而不进入正式定量。第二，能够说明当前 experiment type 属于 label-free、labeled、spike-in 或 inverted spike-in 中的哪一类，以及参考通道是谁。第三，能够判断何时应在报告中优先使用 AbsoluteAmountRangeLimitted，而不是直接输出 AbsoluteAmount。

这一步要区分 3 类动作：一类只影响显示，例如 hide；一类影响 quantification / reporting，例如 exclude；一类会改变 panel 定义，例如 delete 和 refinement。完成 review 之后，还要知道什么时候需要 Process Pending Changes，什么时候需要 Refine Assay Transitions，以及从 SPE 加载的 SureQuant / HybridDIA 何时还要先 re-extract raw data。

• 能说明当前项目更适合导出 Normal Report 还是 Run Pivot Report，以及原因。
• 能解释 QC history 对长期平台运行的价值，而不把它视作“额外图表”。
• 知道 command line 至少支持哪三类动作：运行分析、加载保存实验输出报告、合并 calibration curve sets。
• 能把 report fields 与 glossary 里的概念对应起来，例如 q-value、Cscore、AbsoluteAmountRangeLimitted、dwell time、cycle time 等。