SpectroDive 内容结构

开头部分用于回答软件定位以及它支持哪些 targeted proteomics 工作流。

• SpectroDive at a glance：用于快速建立软件定位和课程开场框架。
• Scope of SpectroDive：要点是自动化方法导出、信号处理、靶向分析、即时可视化、定制报表和自动 QC。
• Release Features：13 版重点包括 Kuiper 加持的 unspecific panel generation、改进的 calibration curve plot、命令行激活选项、默认设置变化。
• Operating System Requirements / Post Installation Recommendations：与 Spectronaut 一样，需要本地高速盘、避免网络盘，并固定临时目录。
• Supported Mass Spectrometers / Acquisition Methods：覆盖 MRM、PRM、SureQuant、hybridDIA、prm-PASEF 与 FAIMS PRM。

这部分是 SpectroDive 的上手准备层。除了安装和激活外，它还把 ready-made assay panels、Biognosys kits 和 PQ500 引入到技术路径里。

• Installing / Activation：可直接整理成许可证分发和离线激活指引。
• Demo Data：可做成标准练习集，和 PRM / MRM 上机练习联动。
• Tips for Better Experience：重点是 tool tips、右键菜单、experiment tab 快捷入口。
• Ready-made Assay Panels：把 PQ500、reference kit 与自定义 panel 的区别讲明白。

SpectroDive 的学习难点不在界面复杂，而在每个 Perspective 承担的角色不同。Prepare 管 panel 和 method，Analysis 管 review 和 refinement，Post Analysis / Report / QC 承担解释与交付。

• Layout：左侧是 tree，右侧是 plots / report / summaries，Perspectives 是最高层级。
• Box 1 Data visualization：非常适合学习，因为几乎所有 plot 都支持交互、右键和导出。

这一章解释 targeted panel 的来源。panel 不是凭空列出肽段，而是基于 spectral library、搜索结果或经过明确规则的 in-silico 设计。

• Library Generation from Pulsar：支持 DDA、DIA、PRM with MS1，承担 panel 的高质量来源。
• Library Generation from External Search Engine Results：适合对接第三方搜索结果。
• Importing an External Spectral Library / Spectral Library Overview：适合 panel 复用和商业 panel 引入。
• Making a Labeled or a Spike-in Library：是理解带标签和 reference channel 工作流的基础。

这部分是整条学习线里最重要的章节。它定义了 SpectroDive 的核心价值：从 panel 设计到 scheduled method export 的一整套方法开发链。

• Generating Panels：可以从 spectral library、FASTA 或 sequence list 启动，决定 assay generation 的输入结构。
• Importing Assay Panels：必须掌握 plain text panel 与 column mapping 规则。
• Panel Information：Q1、Q3、iRT、RelativeFragmentIntensity、ModifiedSequence、ProteinId、CompensationVoltage、IonMobility 等字段是实操基础。
• Splitting Panels for Method Generation：大 panel 必须学会 split，并结合 concurrent transitions 评估调度负荷。
• Generating Modified Panels：适合 panel 优化、label channel 增补和 targeted workflow 迭代。
• RT Calibration：线性、非线性、library-based、DIA-based calibration 都被纳入这一部分。
• Exporting Method Files / SureQuant Introduction：从 prepare 过渡到 instrument method 的关键节点。

这一章讲的是“方法导出之后，怎么把真实数据变成可信结果”。如果不理解这一章，就很难真正学会 PRM / MRM 的验证逻辑。

• Set Up Targeted Analysis：raw file、panel、calibration curves、analysis schema 与 condition setup 的关系要一起学。
• Absolute Quantification using Calibration Curves：包括 calibrant run、workflow type、dilution factor、LLOQ / ULOQ 和 .ccs 文件。
• Reviewing an Analysis：要会 accept / reject / exclude / hide / delete 这些树操作的后果。
• Tree Filtering / Tree Grouping：帮助高效 review 大 panel 结果。
• Panel Refinement、Fragment Selection Refinement、iRT Refinement：这是方法开发最重要的训练内容。
• Quantitative Workflows Supported、Calibration Curves Revision、Saving Experiments：适合进阶学习和方法固化。

后半段把 targeted 项目从“方法能跑”推进到“结果可解释、可交付、可持续复用”。

• Post Analysis Perspective：Analysis Overview、Scoring Histograms、Differential Abundance 是结果解释的主入口。
• Report Perspective：Report Schemas、Normal Report、Run Pivot Report 决定交付结构。
• Quality Control Perspective：适合做靶向项目长期运行的标准化 QC。
• Databases Perspective：Protein Databases、modifications、table import 等是 panel 与分析一致性的底层保障。
• Pulsar Search Settings、Library Generation Settings、Global Settings、Command Line Mode：适合高级用户和平台化团队。

附录是整套内容里信息最密集的部分。真正想把 SpectroDive 纳入长期学习体系，这部分不能缺席。

• Appendix 1 Analysis Settings：适合写成 analysis schema 说明。
• Appendix 2 Pulsar Search Settings / Appendix 3 Library Generation Settings / Appendix 4 Global Settings：适合做进阶学习材料。
• Appendix 5 Analysis Perspective Plots / Appendix 7 Post Analysis Perspective Plots：适合做图形阅读训练。
• Appendix 6 Analysis Experiment Tab Options：把右键菜单、review 流程和 refinement 串起来。
• Appendix 8 Most Relevant Report Headers：需要对接报告模板和 LIMS / 数据库字段。
• Glossary：可与本门户术语系统互相映射。

SpectroDive 的报告不是简单导表，而是一个可反复设计和保存的 reporting system。它承担验证项目交付模板引擎的角色，而不是一次性的 Excel 导出窗口。

• Report Perspective 从左到右四块面板依次是 `Schema tree`、`Column chooser`、`Filters`、`Report preview`。中文可以分别理解为“报表模板树、列选择器、筛选条件、实时预览”。
• schema 可保存、复用、改列名，因此可为 discovery 转 targeted、绝对定量、方法评估和项目交付分别维护不同模板。
• `Normal Report` 是 long format，每一个事件一行，维度最完整，适合后续统计和数据库入库；绝大多数高级分析都建立在长表之上。
• `Run Pivot Report` 是 wide format，每个 run 成为一列，更适合肉眼浏览、快速审核或某些下游工具导入，但灵活性通常弱于 long format。
• 列树从 `Experiment -> Run -> Protein Group -> Peptide -> Elution Group -> Transition Group -> Transition` 逐层下钻，本质上是在帮助你理解“结果对象的粒度”。
• 搜索框的意义很大：字段非常多，不应该靠手工展开树找列，而应该学会按 `Qvalue`、`AbsoluteAmount`、`Cscore`、`CompensationVoltage` 这类关键词快速建表。

SpectroDive 的方法开发不仅发生在 Prepare / Analysis 页面，也发生在 settings schema 和 global defaults 里。默认环境如果没有前置管理，方法开发就无法稳定复制。

• `Analysis Settings` 负责 raw data extraction、打分、FDR、定量和 workflow type；也就是说，结果质量的很多底层规则在这里，而不是在 review 时临时决定。
• `Pulsar Search Settings` 和 `Library Generation Settings` 说明 SpectroDive 并非只能消费现成 panel，它也可以参与从搜索空间到 panel 来源的上游定义。
• `General` 里最重要的是 File Name Parsing Schema。文件名分段默认用 _，并可自动读取 conditions annotation，这对大批量验证项目特别关键。
• `Directories` 决定原始数据、共享路径和 kit 目录怎么管理；更改后要重启，说明这是软件级的工作环境设置。
• `Method Export` 不是小功能，而是把 panel 真正变成仪器方法的桥梁。它直接关系到 m/z 范围、instrument compatibility 和最终调度质量。
• `Panels` 里包含 RT calibration history、transition matching 比例和 panel kit 目录，说明 SpectroDive 的 panel 并不是静态文本，而是带历史和规则的可维护对象。
• `Plotting`、`Quality Control`、`Report`、`SureQuant` 这些全局设置，分别决定了看图习惯、QC 历史长度、报表预览行数和 SureQuant 默认触发阈值，适合纳入团队默认模板。
• 命令行可直接跑分析、可读取已保存实验导报告、还可合并多个 calibration curve 集合生成 `.ccs` 文件，因此 SpectroDive 同样可以进入标准化 pipeline。

Appendix 8 负责建立“报表读数训练”。这一模块要求同时判断 peak 质量、绝对定量边界和方法是否还需 refinement，而不是只盯着一个 quantity 列。

• Protein Group 层里 `PG.ProteinId`、`PG.ProteinDescriptions`、`PG.Quantity` 是最核心的交付字段，足够构成大多数验证报告的蛋白层摘要。
• `PEP.PrecursorCount` 表示这个 peptide 关联到多少前体命中；`PEP.IsProteotypic` 则说明它是不是只对应一个蛋白。proteotypic peptide 的概念需要与 biomarker 验证同时理解。
• `EG.Panel`、`EG.Workflow`、`EG.IsUserPeak`、`EG.Qvalue` 共同回答“这个结果来自哪个 panel、走了什么 workflow、有没有人工干预、识别置信度如何”。
• 绝对定量学习的核心字段集中在 `EG.AbsoluteAmount`、`EG.AbsoluteAmountRangeLimitted`、`EG.AbsoluteAmountUnit`、`EG.CoefficientOfVariationAtLLOQ`、`EG.CoefficientOfVariationLinearRange`、`EG.LinearRangeLocation`、`EG.LLOQ`、`EG.LOD`、`EG.ULOQ`。这些字段合在一起，才构成“这个数能不能信”。
• `EG.MeanApexRT`、`EG.MeanTailingFactor`、`EG.Verified`、`EG.Cscore` 是 review 和 refinement 的重点字段。对于新手来说，`MeanTailingFactor` 很适合拿来教峰型；`Cscore` 很适合拿来解释打分和手工验证的关系。
• Transition Group 层的 `TG.CompensationVoltage`、`TG.MS1MonoIsotopicHeight`、`TG.Quantity` 则把 FAIMS-PRM、MS1 辅助信息和最终定量串起来，适合做高级方法开发学习。

Glossary 不是附赠词汇表，而是 SpectroDive 入门最好的概念桥梁。它把 PRM/MRM 方法学真正需要掌握的名词压缩在两页里，特别适合转成门户词典和新人速查页。

• `SRM / MRM` 的定义强调三重四极杆按预设的 `Q1/Q3` transition 循环采集，是最经典、最稳健、最灵敏的靶向定量路线。
• `PRM / tMSMS / MRM-HR / pSRM` 强调在全扫描高分辨平台上，对预设 precursor 采完整 MS/MS 谱，因此选择性通常高于传统 MRM。
• `Scheduled MRM` 的重点不是“调度更高级”，而是为了在有限 cycle time 内监控更多 transition，所以需要给每个 transition 设置起止时间或 RT window。
• `tMRM` 的核心思想是先监控 primary transitions，超过阈值再触发 secondary transitions 做确认，从而在保持 throughput 的同时提高峰身份可信度。
• `Assay Panel` 条目其实就是 panel 设计课的摘要：mono-isotopic precursor m/z、charge、fragment m/z、RT window、unique peptide、无漏切、避免常见易修饰残基，这些都直接决定方法质量。
• `Dwell Time`、`Duty Cycle`、`Cycle Time` 三个词必须一起学。前者是单个 transition 的采集时间，中间是一个循环内总监测时间，后者则要与色谱峰宽匹配，确保一个峰洗脱时至少被采到足够多次。
• `BGS`、`RT`、`iRT` 也属于日常方法开发和校准的基础词，需要和前面的采集、panel、调度词群放在同一条学习线上。