Per-sample depth
Blood Cohort Quality Control
DIA quantitative consistency
血液队列 QC 蛋白质组
以 28 个 QC 样品评估定量深度、共同检出、重复性与缺失结构,并可继续浏览蛋白、多肽、precursor 和序列覆盖。
Quantification depth
队列定量深度
Protein group 与多肽两种层级使用同一组样品、原始 Condition 和 log2 计算规则。
Ranked Protein Groups
Protein group 丰度 Rank
按 28 个 QC 样品的中位 log2 PG.Quantity 从高到低排列全部 protein groups;搜索可高亮 accession、Gene、Protein ID 或蛋白名称。
Quantitative metrics
定量统计指标
正定量值统一进行 log2 转换。Feature 缺失率按未检出样品比例计算;CV、归一化、相关性和丰度分箱使用同一层级的定量矩阵。
Feature missingness
蛋白缺失率分布
CV threshold
QC 蛋白 log2 CV<20%
CV distribution
蛋白 log2 CV 分布
CVs Below X
Protein group CV 阈值累计比例
Normalization
样品中位 log2 定量校正量
Binned Identifications
单样品检出 Protein groups 分箱
Binned CV
丰度分箱与 Protein group CV
Sample Correlation
Protein group 样品相关性
Quantitative Heatmap
Protein group 整体定量热图
横轴为样品,纵轴为当前层级的全部 features;颜色表示实际 log2 定量,浅灰色表示未检出。
Original groups & batch effect
原始分组与 PCA 批次校正
按原始 Condition 对 28 个样品分类。两张 PCA 的 PC1 与 PC2 均固定为 −100~100;校正后逐蛋白减去组内均值并回加总体均值。
Before correction
批次校正前
After correction
批次校正后
Sample-level review
样品 QC 表
样品按编号升序显示;筛选和排序只作用于当前表格,不改变项目级统计。
| 样品 | 原始组 | 定量 protein groups | 中位 log2 PG.Quantity |
|---|
Protein evidence browser
蛋白、多肽与序列覆盖
从 protein group 查看多肽和 precursor 明细;选择蛋白后查看 UniProt 序列及肽段位置覆盖。
Search parameters
搜库参数
软件版本、序列库、酶切、修饰、鉴定阈值与定量方法。
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