Classification profile
Contaminants and marker protein reference panels
常见污染物及标志蛋白指南
按蛋白角色分为经典污染蛋白、研究场景标志蛋白和人源体液蛋白。PQ500 与 Thermo Scientific High-Select TOP14 均归入人源体液蛋白，并分别保留“血浆/血清靶向定量”和“高丰度蛋白去除评估”的来源与用途标签。
Local resource overview
本地资源概览
当前显示三类蛋白的合并范围；人源体液蛋白目前以 PQ500 和 TOP14 血浆/血清资源为主，筛选序列后本概览会同步切换。
同一蛋白可属于多个分类
Organisms
物种分布
Guided library builder
按分类生成 FASTA
先选择经典污染蛋白、研究场景标志蛋白或人源体液蛋白，再选择具体子类。相同本地 accession 会合并分类，FASTA 只保留一条完整序列。
Practical guide
筛选、搜库与结果解释指南
先根据样本和实验流程判断蛋白角色，再核对 PQ500、TOP14 等来源标签。筛选结果用于构建 FASTA 或辅助解释，不能仅凭所属集合判定污染、样本异常或删除结果。
先判断实验角色，再确认来源依据
一级分类回答“为什么在当前项目中关注这条蛋白”，来源标签回答“它来自哪套清单或产品定义”。同一蛋白可以同时带有多个标签，最终解释必须结合样本类型、空白对照、批次分布和定量强度。
- 经典污染蛋白：来自皮肤和毛发接触、血清或乳制品试剂、消化酶、校准物等常见实验来源，可作为搜库候选和背景监测对象。
- 研究场景标志蛋白：用于判断 EV 特征、溶血、血小板或白细胞残留、凝血等样本状态，不等同于外源污染，也不应自动排除。
- 人源体液蛋白：当前包括 PQ500 靶向蛋白和 TOP14 高丰度蛋白，主要用于血浆/血清覆盖度、高丰度背景和免疫去除效果评估。
- decoy：由搜索软件用于估计错误发现率，不属于以上任何蛋白分类。
01确定样本与流程组织、细胞、EV、血浆/血清及所用试剂
→
02选择一级分类污染蛋白、标志蛋白或体液蛋白
→
03核对来源用途确认清单、物种与是否已在目标 FASTA 中
→
04表格复核与下载保留分类、来源和完整 FASTA
三级信息各自回答不同问题
一级分类描述蛋白角色，二级分类描述具体应用，来源面板记录清单或产品定义。表格、FASTA header 和统计报告共同保留可追溯信息。
经典污染蛋白
按角蛋白、血清与体液来源、实验酶、乳制品和人工标准等二级分类定位可能的实验背景。
研究场景标志蛋白
按 EV、红细胞、血小板、白细胞和凝血等二级分类辅助判断样本组成与前处理状态。
人源体液蛋白
按靶向蛋白和高丰度蛋白区分用途；这些条目首先是人体血浆/血清蛋白，不默认标记为污染物。
PQ500 / TOP14
PQ500 与 TOP14 是来源和用途标签。它们帮助追溯清单依据，但不是新的物种或污染类别。
多标签条目如何解释
例如白蛋白（ALB）可能同时出现在经典污染物清单、血液相关标志分类、PQ500 和 TOP14 中。页面只保留一条 accession 序列并展示全部标签；组织样本中的异常白蛋白、血浆样本中的正常高丰度白蛋白和免疫去除后的残留白蛋白，解释并不相同。
下载时保留原始 FASTA header
该库以 UniProtKB header 为主，也包含 Biognosys iRT 自定义记录。下载已选序列时不会用 gene symbol 或蛋白名称替换 accession。
>sp|P00761|TRYP_PIG Trypsin OS=Sus scrofa OX=9823 GN=trypsin PE=1 SV=1
- sp
- Swiss-Prot 审核条目
- P00761
- 稳定 accession
- TRYP_PIG
- Entry name
- OS / OX
- 物种与 Taxon ID
- GN
- 基因名，部分条目可缺失
>Biognosys|iRT-Kit_WR_fusion|BiognosysIRT 11 tryptic iRT peptide OS=artificial OX=0
自定义 header 不应硬套 sp/tr 规则。入口页把来源、accession 与原 header 分开保存，便于不同搜索软件复核。
按现实来源增加候选
经典污染蛋白可与目标 Proteome 一起理论酶切并参与谱图竞争。任何已存在于目标 FASTA 的 accession 都不应重复追加；研究标志和体液蛋白可保留为结果分类标签。
FASTA 决定候选范围
预测库或直接搜索会从 FASTA 生成 precursor 候选。先按 accession 去重，再用本站分类标签解释命中，避免把体液蛋白误报为污染。
沿用建库时的数据库边界
实验谱库已携带建库时的蛋白—肽段映射。新增分类标签可用于结果解释；若要加入全新序列，通常需要重新建库、扩库或改用直接搜索。
按场景选择
组织或细胞：目标 Proteome + 实验中确有来源的经典污染蛋白。EV：目标 Proteome 已含人源序列时，标志蛋白主要用于结果筛选和质量解释。血浆/血清：PQ500 与 TOP14 主要用于靶向覆盖、高丰度背景和去除效果评估。下载前按 accession 去重，decoy 由搜索软件统一生成。
常与皮肤、毛发、衣物纤维或操作接触有关。比较样本、制备空白和批次时间，判断是普遍背景还是单批异常。
消化酶自切肽可稳定出现；异常升高可能与酶用量、批次、反应条件或数据库定义有关。
用于联合判断囊泡特征、溶血、血小板或白细胞残留。单个标志蛋白不能独立证明样本纯度，也不应自动删除。
表示该蛋白被纳入 PQ500 血浆/血清靶向面板。命中可用于覆盖度和定量能力评估，不代表污染或样本异常。
表示该蛋白属于高丰度去除靶标。去除前后应比较其肽段和强度变化，用于评估去除效率与残留背景。
同一体液蛋白可以同时属于两个来源面板。页面按 accession 合并序列，并同时保留两个用途标签。
结果解释必须先看一级分类，再结合空白、批次、重复间一致性和定量强度。经典污染蛋白用于评估实验背景；研究场景标志蛋白用于样本质量判断；人源体液蛋白用于靶向覆盖、高丰度背景或去除效率评估。任何分类都不能单独作为删除蛋白或剔除样本的依据。
- 保存目标 FASTA、实际选择的分类、下载报告、搜索参数和软件版本。
- 记录经典污染物版本、UniProt release、PQ500 清单版本和 TOP14 来源资料。
- 确认 accession 唯一，原 header 可追溯；重叠面板只合并序列，不丢失分类与来源标签。
- 在结果中分别标记经典污染蛋白、研究场景标志蛋白、人源体液蛋白和 decoy。
Sequence catalog
全部可选蛋白序列
表格先显示蛋白一级分类，再显示具体用途和来源面板。PQ500 与 TOP14 条目均归入人源体液蛋白；多个子类按并集筛选，跨页选择会持续保留。
Batch protein annotation
污染或 marker 蛋白匹配
粘贴 UniProt accession、Gene 或蛋白名称，系统会在本地整合库中标注蛋白角色、具体分类、来源面板和物种。
尚未提交蛋白列表。
匹配标注结果
精确匹配可作为筛选依据，仍应结合物种和来源标签复核；名称包含匹配会标为“近似”。
| 输入内容 | 匹配方式 | Accession | 蛋白信息 | 污染物 / 标志蛋白 / 体液蛋白标注 |
|---|
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蛋白分类与用途（可多选）
全部分类
| Accession | 蛋白名称 | 来源 | 物种 | 蛋白分类与来源面板 | 长度 | Gene | 操作 | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 正在读取序列索引... | ||||||||
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Sources and interpretation
来源、映射与体液蛋白面板解读
蛋白角色与数据来源分开记录。PQ500 和 TOP14 都归入人源体液蛋白，分别用于靶向定量参考和高丰度去除评估。
PQ500
血浆/血清靶向蛋白来源面板
PQ500 通过稳定同位素标准肽支持靶向定量和跨平台比较，不是污染物库。当前上传清单含 581 个唯一 UniProt ID，本地映射后形成 576 条 canonical FASTA 序列。
官方资料会随产品版本出现 581 或 582 个蛋白的记录；本站统计以当前上传清单和本地 2026_02 Proteome 的实际映射为准。
High-Select TOP14
血浆/血清高丰度蛋白来源面板
TOP14 指 14 个抗体去除靶标类别，而不是 14 条 FASTA。免疫球蛋白、轻链和纤维蛋白原会展开为多个 Gene；本站共映射为 26 条本地人源序列。
该产品针对人血清和血浆验证。TOP14 命中可用于评估去除效率或高丰度背景，不应直接解释为外源污染。
本地数据文件保留原清单、代表映射、完整序列和来源分类，便于复核与重建。
Evidence by collection
分类来源与文献
经典污染蛋白源自 MaxQuant contaminants sequence set；研究场景标志蛋白来自本地 UniProt Proteome；人源体液蛋白同时保留 PQ500 和 TOP14 来源标签。三类蛋白使用不同的解释规则。
小鼠、大鼠和牛标志蛋白按同 Gene 名称映射，仅作为候选序列。EV 标志物应联合判断；白蛋白和载脂蛋白属于常见共分离蛋白，不是通用 EV 阳性标志物。