推荐输入
蛋白组层面用于评估报告中最终蛋白定量表现；母离子层面用于定位干扰、缺失和肽段级别不稳定来源。
Spectronaut LFQ Benchmark
DIA 非标记定量准确性评估
上传 Spectronaut 导出的蛋白组或母离子定量表，按已知混合比例或自定义参照组计算识别覆盖、缺失率、重复精密度、fold change 准确性和自动结论。稀释线性、动态范围和 QC 重复策略作为方法库给出解释；LFQ 统计和图表计算在浏览器本地完成，识别到 UniProt accession 时自动补全本地注释。结果可下载为表格、JSON 和 HTML 摘要。
选择评估数据
可随时切换两套 Demo，或返回上传自己的 Spectronaut 结果。
Result reading path
先确认数据可用，再解释定量差异
已知比例策略检验结果能否恢复真实变化；微量物种 QC 策略检验弱信号是否在正确样品中出现并保持重复稳定。两类策略最终都要给出可使用的丰度范围、需要复核的对象和不应外推的边界。
图表风格全局定制
标题、图例、坐标轴和图内说明样式会同步到交互图、HTML 报告、离线报告包和导出的 PDF/PNG 图；悬浮提示仅用于在线交互图。
图表风格预览
预览当前图表标题、图例、坐标轴、图内标注和说明文字的显示效果；悬浮提示仅影响在线图表。
Input
上传 Spectronaut 输出结果
支持包含 PG.ProteinGroups、PG.Organisms、EG.PrecursorId 和 Quantity 字段的 TSV。大表只进入计算层，页面预览按分页展示。
上传自己的 Spectronaut 结果
选择文件后先核对字段预览，再完成字段映射、分组和评估参数设定。页面顶部可随时切换 Demo。
缺失值处理
NaN、Filtered、空值和非正数不会被填补。准确性指标只用两组都有有效值的蛋白组 / 母离子；覆盖率和缺失率单独报告。
本地计算与结果保存
原始文件本身不上传。计算在浏览器完成；生成专属链接时会保存结果明细、分析参数和必要的列级数据，用于后续复核。无需站点保存时可直接下载离线报告。
字段预览
尚未载入文件。
--
Mapping
字段映射与分析层级
自动识别 Spectronaut 常用字段后仍允许手动修正。蛋白组和母离子的结论应分开查看，避免把肽段层面的不稳定误解为最终蛋白结果。
分析层级
同一文件同时包含归一化前后列时，只选择一个阶段进入准确性、精密度和相关性计算；两个阶段会在稳定性页单独对照，不混入同一次 fold change。
载入数据后会列出可识别组别，例如 G1 和 G2。
纳入分析的物种 / spike-in
载入数据后可选择哪些分类进入分析。
每行格式为“定量列名=组别”。真实 Spectronaut 表头如果不含 G1/G2，可在这里把多个样品定量列合并为同一个组；预期 log2(B/A) 中 B 为比较组，A 为参照组。
样品情况设定
载入数据后可按日期、掺比方式和重复关系建立样品分组。
日期映射
载入数据后可设置日期映射。
尚未按当前掺比更新预期差异
应用后会同步更新预期 log2 fold change、误差分类、图表和下载结果。
定量列
可按 Ctrl 或 Shift 多选定量列。
分组
定量列识别预览
载入数据后显示自动识别的组别、比例、日期和定量列数量。
横轴按自动识别到的日期、掺比方式或分组展开，纵向显示对应定量列数量；用于确认上传表头是否被正确归入重复、日期和比例分组。
--
Parameters
LFQ 测试参数设定
可按 LFQbench 混合蛋白组、稀释梯度、QC 重复或自定义 spike-in 设计设定预期 log2 比值和判定阈值。
选择“均一主体 + 微量物种 QC”时，模块会直接从样品列标题识别掺入条件：U* 为人源尿液主体，yeast_* 为酵母微量掺入，ecoli_* 为大肠杆菌微量掺入，E_Y_* 为大肠杆菌 + 酵母共同掺入。该策略不比较酵母和大肠杆菌彼此比值，只评估同一掺入条件重复稳定性、应检物种检出率、不应检物种错误检出率，并用已知微量物种强度分段表现为人源蛋白/母离子提供可靠性参考。
预期比例
物种名称支持包含匹配。未匹配到的蛋白组默认使用全局预期 log2 比值。
| 关键词 | 预期 log2(B/A) | 说明 |
|---|
差异阈值组合
差异数量与差异占比图共用下列组合和顺序。默认包含 3 个显著性阈值及 4 个差异倍数阈值；可停用单项或手动调整顺序。
物种 / spike-in 覆盖
可按分类汇总或按独立样品列展示。分类模式对比总数、可计算结果和已选项目；样品列模式显示每个定量列中各分类的有效定量覆盖。全部日期排布时按日期从上到下独立分面。
样品有效值比例
可按分类汇总或按独立样品列展示。分类模式显示该分类的有效定量值比例；样品列模式显示每个定量列中各分类的有效值比例。全部日期排布时按日期从上到下独立分面。
定量分布散点
横轴为平均 log2 丰度，纵轴为观测 log2(B/A)；不同颜色代表物种或 spike-in 分类，水平虚线是预期比值。日期合并和按日期查看时右侧显示同一纵轴上的密度分布；全部日期排布时按日期上下分面。
蛋白组结果表
识别到 UniProt accession 后会自动补全注释。
--
可在表格中全局选择蛋白组；表格末端展示每个样品列/run 的原始线性 Quantity，并可横向滚动和排序。定量散点、预期-观测、误差和 CV 图显示单个蛋白组点位，覆盖图显示所选数量，有效值比例图显示所选均值；样品相关性图用于整体一致性，不显示单个蛋白组标注。
Trace Spike-in QC
均一尿液队列微量物种质控评估
适用于均一人源背景中分别加入微量酵母、微量大肠杆菌或二者共同掺入的队列。样品归类直接来自样品列名称；同一掺入条件内部评估重复稳定性，应出现的物种必须稳定检出，不应出现的物种用于估计错误检出和特异性风险。
应检与不应检物种检出率
按人源、酵母和大肠杆菌汇总：应检检出率来自该物种应该出现的样品条件，不应检检出率来自该物种不应该出现的样品条件。人源背景在所有条件均视为应检。
同一掺入条件重复 CV
对每个蛋白组或母离子在同一掺入条件内计算重复 CV%，再按物种汇总中位数；用于判断均一队列和微量质控物种的定量稳定性。
人源蛋白强度区间可靠性参考
先用酵母和大肠杆菌在其应检条件下的强度、检出率、错误检出率和 CV 生成强度分段参考分，再把同强度区间的人源蛋白或母离子映射到对应可靠性参考结论。点击下方感兴趣人源对象后，会在本图标出其所在强度区间。
人源蛋白丰度分布与微量物种 CV 参考
横轴为人源对象在全部样品中的平均 log2 Quantity，纵轴为人源对象在应检条件下的重复 CV 汇总。为保证大队列浏览性能，散点从全部人源对象中均匀抽样展示；轴范围、强度分箱、CV 参考和汇总统计均使用完整数据。搜索并选中的对象始终作为独立高亮点显示。紫色折线为三种微量掺入条件合并后的同强度聚合 CV 复核参考，不是对单个人源对象可靠性的直接证明。
人源蛋白排序与微量物种 CV 换算参考
横轴为全部人源对象按平均 log2 Quantity 从高到低的真实排序，左轴显示人源丰度，右轴显示三种微量掺入条件的同强度 CV 参考线。长折线均匀抽样绘制以降低浏览器负载；排序总数、轴范围和 CV 参考分箱来自完整数据，搜索并选中的对象按其完整排序位置单独标出。
整体 QC 摘要
等待结果生成
选择微量物种 QC 模板并重新计算后显示。
感兴趣人源蛋白可靠性查询
搜索后点击表格中的人源蛋白或母离子，可在上方可靠性图和排序参考图中定位该对象。
预期与观测比值
横轴为物种或 spike-in 分类，纵轴为 log2(B/A)；箱线图表示分类内观测比值分布，中位点显示观测中位数，折线表示该分类的预期比值，已选项目以点叠加标注。
|log2FC| 丰度分箱
横轴为平均 log2 Quantity 丰度区间，纵轴为观测 |log2FC|。全部分类使用同一坐标系按物种或 spike-in 分类对比，实线和数值为每个丰度分箱的观测中位数，虚线为对应分类的预期 |log2FC|；数值上下交错并自动避让。
多阈值组合下的差异蛋白组数量与占比
使用当前参照组和比较组的重复定量值进行 Welch t-test，并按所选方法校正。只使用已有有效定量值，不进行缺失值填补；有逐重复明细时，每组少于 3 个有效重复的蛋白组不进入差异显著性统计。专属报告未携带逐重复明细时，使用该报告由完整数据预计算并保存的 p 值。组合内容与顺序可在顶部参数区预设。
图中将按顶部参数区启用的阈值组合依次显示。
不同阈值组合下的差异蛋白组数量
横轴为满足对应 p 值或 adj.p 与 |log2FC| 条件的差异数量，纵轴按顶部参数区设定的组合顺序排列；可悬浮查看各分类的可检验数量和鉴定总数。
不同阈值组合下的差异蛋白组占比
横轴为各阈值组合下差异项目占对应物种或分类鉴定总数的百分比，纵轴与数量图使用完全相同的组合和顺序。
实测差异倍数分组方式
同一批结果分别提供“按物种及掺比”和“仅按掺比”两种视图；不同理论掺比始终分开。
按物种及掺比分组实测差异倍数
物种/分类和理论掺比同时参与分组：相同掺比但不同物种仍分别显示。小提琴宽度表示观测 log2(B/A) 密度，中位点为实测中位数，短横线为该组预期值。
按掺比分组实测差异倍数
只按理论掺比分组，不区分物种；相同掺比的不同物种合并，不同掺比始终分开。用于直接判断每个掺比条件下实测差异倍数的集中位置和离散程度。
CV 分布
箱线图按分类显示 CV% 分布；良好和警戒阈值线用于识别高变异分类，已选项目以点叠加标注。
log10Quantity 区间 CV
横轴为平均 log10 Quantity 丰度区间，纵轴为重复 CV%；箱线图展示每个丰度区间内的 CV 分布，用于判断低丰度或高丰度端是否出现精密度下降。
掺比分组 CV 与鉴定数量
横轴为理论掺比；“全部分类”时按相同掺比聚合去冗余统计，选择单一物种或 spike-in 分类后只计算该分类。柱状图分别显示鉴定数量、CV 不高于良好阈值的数量和 CV 不高于警戒阈值的数量，多日期不会重复计数同一蛋白组/母离子。
比值误差分布
箱线图展示每个分类的 log2 误差分布，箱体为 Q1-Q3，中线为中位数，须端按最小值和最大值显示；0 线和正负阈值线用于判断偏离方向和幅度。
误差与丰度关系
80% 稳定丰度界限将在计算后显示。
横轴为平均 log2 丰度，纵轴为 log2 误差。竖线分别标出：在该丰度及以上结果中，至少 80% 落在良好或警戒误差阈值内的最低丰度；全部日期排布时按日期独立计算并上下分面。
实测差异倍数与 CV 分布
横轴按实测 |log2FC| 区间分组，仅显示至少一个理论掺比分组含有效 CV 的区间；纵轴为平均 CV%，颜色表示不同理论掺比。
实测差异倍数与数据完整性
横轴按实测 |log2FC| 区间分组，仅显示至少一个理论掺比分组含有效完整性统计的区间；纵轴为平均数据完整性，颜色表示不同理论掺比。
有效定量蛋白组数量分布
可按分组或按样品列视图展示。分组模式按同组定量列合并后统计可计算蛋白组/母离子数量；样品列模式显示各分类在当前样品列视图中的有效定量数量，用于定位特定样品列覆盖下降。日期合并时同一掺比/分组和重复下的多日期列会合并显示。
数据完整性比例分布
横轴为对象在当前参照组和比较组定量列中的有效值比例区间，纵轴为蛋白组/母离子数量；按物种或 spike-in 分类及理论掺比分组，用于区分“平均完整性尚可”与“存在大量低完整性对象”两种情况。全部日期排布时按日期独立统计并上下分面。
样品间定量相关性
对角线显示每个样品列的 log2 Quantity 分布；散点仅为帮助查看形态的均匀抽样。Pearson r 和共同有效数量 n 始终使用当前层级全部可评估对象计算，不使用散点抽样值。多日期结果按日期拆分；微量物种 QC 按样品条件拆分。
整体与物种内样品相关性
横轴为整体和各物种分类，纵轴为参照组或比较组内部的 Pearson r；用于比较不同分类在样品重复中的一致性。
单定量列 / 样品列 log2 Quantity 小提琴图
横轴为当前结果层级的定量列或样品列视图，纵轴为 log2 Quantity；日期合并时，同一掺比/分组和同一重复的多日期列会合并为一个样品列视图，按日期查看或全部日期排布时再按日期拆开。每个小提琴显示当前纳入评估的可计算蛋白组/母离子在该列中的定量分布，轮廓宽度表示密度，内部箱线显示最小值、Q1、中位数、Q3 和最大值，圆点为该列中位数。样品较多时可横向缩放查看。
分组 log2 Quantity 分布
可按分组或按样品列视图展示。分组模式按“分组 × 分类”分别绘制 log2 Quantity 分布；样品列模式按“样品列视图 × 分类”分别绘制，用于发现特定物种或样品列的强度偏移。日期合并时样品列视图会合并同一掺比/分组和重复下的多日期列。
log10Quantity 区间完整性
横轴为平均 log10 Quantity 丰度区间，纵轴为有效值完整性百分比；低丰度区间下降通常提示检测边界或缺失风险。
归一化前后 Quantity 分布对照
仅在同一结果文件同时包含可配对的归一化前和归一化后 Quantity 列时显示。横轴按实验组与归一化阶段排列，纵轴为 log2 Quantity；用于检查归一化是否纠正系统偏移，同时避免把两个阶段混入同一次 fold change 计算。
按日期的中位 log2FC
横轴为分析日期或重复批次，纵轴为该日期的中位 log2FC；用于判断单日准确性正常时，跨日期是否仍保持一致。
Method Library
DIA 非标记定量方法、术语与证据
从当前 Spectronaut 输出的 Quantity 出发，说明每项指标使用哪些数据、回答什么问题以及怎样限制最终结论。文献用于解释 benchmark 设计和定量概念，不代表本页面重新执行搜索、峰组提取、跨运行对齐或 MaxLFQ 蛋白汇总。
方法依据与适用边界
LFQbench 使用已知组成的混合蛋白组评价 DIA / SWATH 定量结果的识别覆盖、准确性、精密度、鲁棒性和特异性。本页沿用这一评估思想检查 Spectronaut 输出矩阵能否回到预期 fold change，并补充完整性、丰度分箱、母离子一致性和多日期稳定性。如果项目没有已知比例标准，则只能依靠 QC 重复、稀释线性、缺失率和母离子一致性描述稳定性，不能把重复一致误写成定量准确。
页面阈值是当前 benchmark 的可配置判定规则，不是通用法规标准。交付结论必须同时说明标准品设计、样品复杂度、报告层级、有效重复数量和低丰度边界。
DIA-LFQ principle
DIA-LFQ 数值是怎样产生的
DIA 的优势来自连续采集和可重复提取，定量结果则来自一条完整的证据链。当前页面从上游软件已经导出的 Quantity 开始，不直接处理原始谱图。
质谱仪在完整色谱洗脱时间内循环采集连续或可变宽度窗口。一个窗口可同时包含多个前体，因此覆盖连续，但碎片谱也会混合。
谱库或预测库提供前体、碎片离子 m/z、相对强度和保留时间。软件从 DIA 碎片离子图中提取 XIC 并寻找共同洗脱峰组。
候选峰组结合质量偏差、保留时间、碎片共同洗脱和相对强度评分，并通过 target-decoy、q-value 等方法控制错误发现率。
通过筛选的峰组经色谱峰面积积分形成母离子或肽段 Quantity。它是同一对象跨样品比较的相对信号，不是绝对浓度。
上游软件完成保留时间校准、跨运行峰组匹配、项目归一化和蛋白组汇总。算法设置会影响缺失、干扰和最终蛋白 Quantity。
本页用导出矩阵计算组均值、B/A、log2FC、误差、CV、完整性和丰度分层。统计使用完整结果，散点抽样只影响浏览显示。
结果边界：高相关或低 CV 证明的是重复稳定，不等于倍数准确；准确性必须由已知掺比、稀释曲线或其他独立真值验证。本页不重新运行 Spectronaut 的搜索、FDR、峰组提取、干扰校正、对齐、归一化或蛋白推断。
Species-spike benchmark
多物种掺入怎样把定量结果变成可验证问题
不同物种提供可追踪的外部真值，使覆盖、比值恢复、错误检出和重复稳定性不再只依赖样品内部相关性。
LFQbench HYE124 的 A:B 理论比值为人源 1:1、酵母 2:1、大肠杆菌 1:4；换成页面 B/A 和 log2FC，依次为 1 / 0、0.5 / -1、4 / 2。它提供物种层面的相对真值，不是单蛋白绝对浓度。
按物种比较观测 log2FC 与理论 log2FC，检查分布中心偏移、倍数压缩、方向错误和误差尾部。其他 HYE 配方必须使用各自理论比例。
技术重复用于计算 CV；将误差、CV 和缺失按丰度分箱，可判断低强度端从哪里开始无法稳定恢复真值。
均一人源队列中，样品名已知哪些条件含酵母、大肠杆菌或两者。应检物种检出率回答“该有的是否稳定出现”。
未掺某物种的条件形成阴性对照，不应检物种错误检出率回答“不该有的是否被报告”，用于发现特异性或归属风险。
同一掺入条件计算重复 CV；再用微量物种各强度区间的检出、CV 和完整性，为相近丰度的人源蛋白提供外部 QC 参考。
两种策略不能混用：经典 HYE 可直接评价观测 fold change 是否恢复理论值；微量物种队列只评价应检、不应检、同条件重复和丰度依赖可靠性，不计算酵母与大肠杆菌彼此的 fold change，也不把检出率换算为掺入浓度。多物种归属蛋白组和跨物种共享母离子只参与覆盖计数，不进入物种特异评分。
Why it matters
当前分析为什么重要
一张差异表只能说明软件输出了数值，不能证明这些数值在当前样品、丰度和结果层级下都可靠。以下六个问题共同决定 fold change 能否进入生物学解释。
先确认参照组和比较组都有足够有效值。没有共同覆盖时，极端 fold change 可能只是单组缺失。
已知比例样品把观测 log2FC 与理论 log2FC 直接比较，区分方向正确、幅度偏离和系统压缩。
CV、分布和相关性用于发现进样、色谱、归一化或单个样品列造成的组内波动。
完整性和误差按丰度分箱后，可给出从哪个强度区间开始多数对象达到当前阈值。
蛋白组结果提供汇总结论，母离子结果用于识别同一蛋白内方向不一致、干扰或共享序列风险。
多日期结果需要分别计算后再比较；单日表现良好不等于跨日期稳定。
Quantification glossary
定量名词速查
下列定义与当前页面计算口径一致；原始输入始终是所选 Spectronaut 线性 Quantity 列。
- LFQ / Quantity
- 非标记相对定量信号。当前页面读取 Spectronaut 导出的正数 Quantity，将其作为同一对象跨样品比较的丰度代理；它不是带有质量单位的绝对浓度。
log2 Quantity- 线性 Quantity 的以 2 为底对数。丰度变为 2 倍时增加 1，变为 1/2 时减少 1；对数转换用于压缩动态范围和比较相对变化。
Fold change B/A- 先分别计算比较组 B 与参照组 A 的有效线性 Quantity 均值，再用 mean(B) / mean(A) 得到倍数。只有两组均值都为正数时才可计算。
log2FC- log2(mean(B) / mean(A))。数值 1 表示 B 为 A 的 2 倍，0 表示相同，-1 表示 B 为 A 的 1/2。
- 预期
log2FC - 由物种或 spike-in 分类对应的理论 B/A 掺比换算得到，即 log2(理论 B / 理论 A)。它是准确性评估的真值参照。
- 绝对
log2FC误差 - |观测 log2FC - 预期 log2FC|。例如误差不超过 0.25 log2，表示观测/理论比值约处于 0.84 至 1.19 倍，而不是简单的正负 25%。
CV %- 组内有效线性 Quantity 的标准差 / 均值 x 100%。页面分别计算 A、B 两组 CV，再取两组 CV 的中位值作为该对象的重复精密度。
- 数据完整性
- 单个对象在参照组与比较组全部定量列中具有有效正数 Quantity 的列数 / 当前比较总列数。完整性低会同时削弱 fold change 和 CV 的可信度。
- 可计算率
- 能够同时得到观测 log2FC 和预期 log2FC 的对象数 / 当前结果层级全部对象数。它反映本次 benchmark 实际覆盖了多少结果，而不是鉴定总数。
- P90 绝对误差
- 绝对误差的第 90 百分位数，表示 90% 可计算对象的误差不超过该值。它用于发现中位数未能反映的尾部偏离。
- Pearson
r - 在两个样品列共同有效对象的 log2 Quantity 上计算线性相关系数。相关性高只表示排序和线性趋势一致，不等于 fold change 准确。
- 蛋白组与母离子
- 蛋白组是搜索软件汇总后的蛋白结果；母离子由肽段序列、修饰和电荷等共同定义。母离子层更接近原始定量证据，适合定位干扰与组内不一致。
Evidence map
文献依据与本页对应关系
文献用于说明为什么要检查这些指标及其方法学背景。当前页面的实际数值仍来自上传结果、字段映射、理论掺比和页面参数。
经典 SWATH-MS 工作定义了宽窗 DIA 采集、基于谱库的碎片离子查询、共同洗脱峰组和色谱峰面积定量。对应本页对 DIA-LFQ 信号来源和母离子证据链的解释。
DOI 10.1074/mcp.O111.016717OpenSWATH 展示 DIA 数据中基于色谱图的自动化靶向提取与定量验证。对应本页母离子层的干扰、XIC、fragment 和峰组复核背景；本页只评估已导出的结果矩阵。
DOI 10.1038/nbt.2841MaxLFQ 说明如何利用共同肽段的成对比值和延迟归一化构建蛋白丰度谱。对应本页对 LFQ、线性 Quantity、样品间比值和缺失覆盖的概念解释；本页不假定上游必然采用 MaxLFQ。
DOI 10.1074/mcp.M113.031591该研究在 Orbitrap DIA 中使用 iRT 谱库和 Spectronaut 靶向提取，并用受控混合样品验证一致识别与相对定量。对应本页对 Spectronaut 上游处理边界的说明。
DOI 10.1074/mcp.M114.044305LFQbench 多中心研究使用 HYE 已知组成混合蛋白组，评价有效比值、准确性、精密度、物种分离和丰度依赖表现。HYE124 的理论 A:B 比值为人源 1:1、酵母 2:1、大肠杆菌 1:4；页面按 B/A 方向计算时应取倒数。
DOI 10.1038/nbt.3685TRIC 讨论跨运行对齐、一致峰选择和大规模定量矩阵的可重复性。对应本页多日期稳定性、样品相关性和完整性检查；本页不替代 Spectronaut 的跨运行处理。
DOI 10.1038/nmeth.395411 个实验室、229 次 SWATH-MS 测量和合成肽稀释系列用于评价重复检出、日内 / 日间 CV、线性范围与丰度依赖精密度。对应本页重复稳定、丰度分箱和动态范围解释。
DOI 10.1038/s41467-017-00249-5解释边界：高相关、低 CV 或较高完整性说明结果稳定，但不能单独证明准确；只有已知比例或其他独立真值参照才能直接评价准确性。微量物种 QC 评估的是应检、不应检和同条件重复稳定性，不比较不同微量物种彼此的理论比值。
设备与方法定量可靠性参考评分
当输入数据来自稳定标准品、已知掺比样品或同一批次 QC 重复时，本模块可把当前结果转换为当前质谱设备与方法组合的定量可靠性参考分。评分使用 fold change 准确性、误差尾部、重复精密度、可计算率与缺失情况、阈值内比例和多日期稳定性；没有多日期设计时，跨日期维度不计入总分。权重为本模块参考规则，可按标准品设计和项目要求调整。该参考分用于解释顶部综合判断的来源，不替代最终结论、长期运行维护、质控图或工程诊断。
已知比例混合蛋白组
- 适合验证 DIA 软件输出的 fold change 是否回到真实比例。
- 按物种或 spike-in 类别设定预期 log2 比值。
- 重点看中位误差、误差分布和物种特异偏移。
稀释线性与动态范围
- 用多点稀释或梯度混合计算相关性、斜率和可用线性范围。
- 低丰度端若缺失率升高，报告应标注低丰度可靠性边界。
- 可用于比较不同 library、directDIA 或参数设置。
QC 重复精密度
- 在没有真实比例标准时，用 pooled QC 或技术重复检查 CV。
- CV 应结合强度分层解释，低强度区 CV 升高不等同于全局失败。
- 可快速发现进样、色谱和归一化问题。
均一主体微量物种 QC
- 适合人源尿液等均一主体队列中掺入微量酵母、大肠杆菌或二者共同掺入的质控设计。
- 样品条件直接从列标题识别：U、yeast、ecoli 和 E_Y，不比较酵母与大肠杆菌彼此比值。
- 重点看应检物种检出率、不应检物种错误检出率、同条件 CV，以及用微量物种强度分段结果为人源蛋白提供可靠性参考。
缺失值与覆盖率
- 统计每个样品、每个组和每个物种的有效值比例。
- 差异蛋白必须确认两组都有足够重复支持。
- 避免用填补后的矩阵评估原始定量准确性。
干扰与特异性
- 对母离子层面查看比值离群和组内 CV 异常。
- 同一蛋白多个母离子方向不一致时，优先回看 XIC、fragment 和 q-value。
- 可与 Spectronaut peak group 审核联动定位问题。
交付结论
- 结论必须同时包含准确性、精密度、覆盖率和适用边界。
- 只要标准品比例、QC 或样品设计不支持，就不输出过度确定的生物学判断。
- 下载报告保留参数，便于复测时比较。
Report
自动结论、个性化定制与下载
结论根据当前阈值实时生成，并与页面顶部 Summary 的综合判断保持一致。在线页面保留完整交互图表和结果浏览；下载报告保留关键图表、分类汇总和重点结果表，完整蛋白组明细单独下载 CSV，便于后续复核和归档。
等待结果生成
载入数据并生成评估后，这里会输出可作为交付报告草稿和复核依据的定量准确性结论。
设备与方法参考分项
等待结果生成--
生成评估后显示用于解释顶部综合判断的设备与方法参考分。
该评分基于当前测试样品、当前 Spectronaut 输出和当前阈值，用于解释顶部综合判断的来源；报告最终结论始终以 Summary 的综合等级为准，不能单独作为设备维护或验收结论。
风格同步范围
页面顶部的图表风格设置会同步到所有页面交互图表、结论区、HTML 报告、离线报告包和导出的 PDF/PNG 图。下载前调整配色、文字颜色或字体，生成的离线文件会沿用当前样式。
HTML 报告适合快速查看和分享，内容跟随当前蛋白组或母离子层级；离线报告包生成前会自动补齐所有已生成层级，并分别保存 HTML、PDF 矢量图、PNG 预览图、每张图对应的数据表、完整结果表、分类汇总和结论文件。UniProt 注释字段用于结果追溯，不参与 LFQ 误差、CV 或缺失率计算。