数据导入与标准化
蛋白列可使用 UniProt accession 或 gene；代谢物可使用名称、PubChem CID、HMDB、KEGG Compound、InChIKey 或 ChEMBL ID。系统先形成标准表，再进入数据库查询，避免同名物质和跨物种基因直接参与建网。
- 合并表不要求必须存在 type 列，系统会根据 ID 形式和映射结果判断类型。
- 代谢组数据可缺省，蛋白单组学模式会自动停用依赖代谢物的来源。
- 差异阈值、log2FC 截断和缺失值规则同时适用于手动导入与随机测试。
Analysis path
工作流与 DIA-LiPQuan、LFQ Benchmark 保持一致：每一步都有明确输入、检查项和下一步动作。分析完成后先筛选通路、节点和证据来源，再生成画布，避免把全部候选关系直接堆叠成图。
蛋白列可使用 UniProt accession 或 gene；代谢物可使用名称、PubChem CID、HMDB、KEGG Compound、InChIKey 或 ChEMBL ID。系统先形成标准表，再进入数据库查询，避免同名物质和跨物种基因直接参与建网。
互作边、数据库关联边和共同通路上下文边分开记录。结果页先展示候选来源、通路和节点，用户确认后才进入画布；关闭来源或通路不会删除原始结果。
Database and scoring
下表只列当前代码已经具备计算路径的数据源。运行时是否可选还取决于本地索引、在线连接、确认物种和是否提供代谢组数据；实际状态会与“新建分析”中的数据库选择同步。
Network concepts and biological meaning
互作网络不是把差异分子简单连线，而是把蛋白质组、代谢组和已知生物学证据放进同一关系框架。它用于识别共同变化的功能模块、连接蛋白与代谢物的候选桥梁，并观察差异信号是否汇聚到同一通路。网络中的关系仍是待验证假设，不能单独证明直接结合、调控方向或因果机制。
节点代表蛋白，边代表数据库记录的物理互作或功能关联。高连接节点和致密子网络可帮助定位复合体、信号模块及候选枢纽，但“连接度高”不等同于因果核心。
跨组学边可来自酶-底物/产物、转运、受体、实验结合或整理数据库。Piazza 等的化学蛋白质组学研究说明代谢物还可能参与变构调节和广泛的蛋白结合，因此该层能提出超出经典代谢反应的候选联系。
背景区表示成员归属，不是额外的物理边。蛋白和代谢物在同一通路汇聚可帮助形成机制叙事；跨多个通路的分子提示功能交叉，但仍需结合物种、ID 映射和原始证据复核。
| 数据库 | 角色 | 当前计算方式 | 分数或证据字段 | 适用边界 | 运行状态 |
|---|---|---|---|---|---|
| STRING | 蛋白-蛋白互作 | 按确认物种查询输入蛋白间候选边，并按 combined score 阈值过滤。 | combined score；界面阈值 150-900，对应 0.15-0.90。 | 功能关联不等同于全部都是直接物理结合；应结合证据通道解释。 | 检测中 |
| STITCH | 化合物-蛋白候选 | 当前在线兼容路径用于化合物和候选蛋白解析；只有两端都在输入节点中才生成候选边。 | candidate_match_only；当前路径不返回可用于过滤的 STITCH confidence。 | 不能把候选解析边解释成已按 STITCH 置信度验证的互作。 | 检测中 |
| IntAct | 实验整理的蛋白互作 | 按 UniProt accession 与 Taxon 查询本地 PSI-MITAB 索引，保留实验方法、互作类型和文献。 | MIscore 0-1；缺失时使用证据记录数。 | MIscore 只在 IntAct 内解释，不与 STRING combined score 直接比较。 | 检测中 |
| HMDB Association | 蛋白-代谢物关联 | 对输入 UniProt 与 HMDB ID/名称做本地关联字典交集，输出关联蛋白数、文献和来源。 | HMDB Ref count、关联蛋白数、Origin。 | 记录数表示数据库证据量，不是统一物理互作置信度；主要适用于 HMDB 覆盖物种。 | 检测中 |
| BindingDB | 实验化合物-蛋白结合 | 以 CID、InChIKey 或 ChEMBL ID 对 UniProt 查询 Ki、Kd、IC50、EC50 记录。 | pAffinity = 9 - log10(nM)，同时保留原始 nM、关系符和测定类型。 | > 或 >= 下限不当作精确亲和力；不同测定类型应分别复核。 | 检测中 |
| ChEMBL | 整理的化合物-靶点活性 | 仅纳入当前物种、SINGLE PROTEIN、高置信度且有标准化活性值的记录。 | pChEMBL、assay confidence、activity/assay 类型、证据数。 | pChEMBL 只在 ChEMBL 内排序；活性值不自动等同于体内作用。 | 检测中 |
| KEGG | 蛋白与化合物通路 | 通过 REST 将物种基因和 KEGG Compound 映射到 pathway，形成通路候选、背景区和上下文边。 | 输入节点命中数、蛋白/代谢物覆盖、候选边数。 | 当前不计算 KEGG 富集 P/FDR；KEGG REST 有使用范围与频率限制。 | 检测中 |
| Reactome | 人工整理通路 | 本地 UniProt/ChEBI 映射到 Reactome pathway，形成成员归属和共同通路上下文。 | pathway overlap count；当前不是 Reactome 官方 ORA 的 P/FDR。 | 物种和 ChEBI 映射覆盖取决于已安装索引；跨物种映射必须明确标记。 | 检测中 |
| WikiPathways | 社区维护通路 | 物种级 GMT 匹配蛋白，GPML 索引匹配稳定代谢物 Xref，生成候选背景与上下文边。 | 输入节点命中数与来源证据数。 | 名称仅作补充候选；优先使用 UniProt、Entrez、ChEBI、HMDB、ChEMBL 等稳定标识。 | 检测中 |
| Pathway Commons | 聚合通路与互作 | 当前使用 human HGNC GMT/SIF 生成通路成员和候选边。 | 通路 overlap 或来源证据计数。 | 当前仅用于人类 HGNC 映射，不对其他物种开放。 | 检测中 |
KEGG、Reactome、WikiPathways 和 Pathway Commons 分别计算输入节点的通路归属。候选背景区至少需要命中设定数量的输入节点，最终只显示主归属节点多于 1 个的通路。
图形编码只表达当前输入、差异值和证据来源。查看单个节点或边时，应回到左侧数据表和证据表核对原始 ID、物种、数据库、分数类型与参考记录。
Interpretation boundary
本模块用于候选关系整合、结果筛选和可视化，不替代实验验证。数据库版本、物种覆盖、ID 映射和在线服务状态都会影响结果；导出表会保留来源、评分类型和原始证据字段。