Appendix 1：Analysis Settings
这一部分可直接沉淀为 analysis schema 说明。extraction、scoring、workflow type 和 quantification 需要放进同一条解释链。
SpectroDive Appendix
SpectroDive Appendix / 附录模块
Appendix 1-8 与 Glossary 组织成“读图、读字段、读设置”的附录模块。 附录不只是正文后的补充，而是参数、图谱、字段与术语解释层。
Appendix 1-8 全纳入
Analysis / Post Analysis plots
Report headers 字段解释
Glossary 速查整合
Orientation
附录的角色与核心内容
正文章节更多定义流程与对象，附录则集中处理提取与打分逻辑、图形判读、字段解释和术语框架。
附录在 SpectroDive 模块结构中的位置
- 正文更偏流程，附录更偏解释层。也就是说，附录不是“看不懂再查一下”，而是把流程背后的原理语言重新补全。
- 从顺序上看，完成一次 panel 设计和一次 analysis review 之后，再回到附录补参数、图和字段，会更容易形成完整理解。
Appendix 1-4
Analysis Settings、Pulsar 与 Global Settings
附录前四章更像 SpectroDive 的“参数底稿”。它们分别回答四个问题：分析是怎么计算的、panel 来源是怎么来的、library generation 如何约束搜索空间、全局环境怎样影响所有项目。
Appendix 2：Pulsar Search Settings
这里解释 SpectroDive 如何和 Pulsar 建库能力衔接，直接对应 panel 来源和搜索空间管理。
Appendix 3：Library Generation Settings
这里解释 fragment 选择、label 逻辑和过滤规则如何影响 panel 信息来源。
Appendix 4：Global Settings
这一部分可直接配合 Settings 模块使用，把 defaults、directories、parsing 和 method export 固化成 SOP。
按 Appendix 1-4 顺序展开：这些附录分别回答哪一层问题
- Appendix 1 回答 analysis 是怎样从 raw data extraction 走到 scoring、quantification 与 workflow type 的；它对应“结果是怎么被算出来的”。
- Appendix 2 回答 Pulsar search 怎样定义 targeted 平台的搜索空间；它对应 panel 来源的可信性。
- Appendix 3 解释 library generation 过程怎样过滤、保留和组织 transition 信息；它对应 library 如何进入 panel generation。
- Appendix 4 则把这些逻辑提升到 global defaults 与操作环境层，回答不同人、不同项目如何保持近似一致的运行方式。
Appendix 5-6
Analysis Plots 与 Experiment Tab Options
这两部分非常适合放到上机后复盘里。前者对应读图能力，后者对应动作含义。很多人知道右键能点什么，却不知道 Accept、Reject、Refine 和 Re-extract 这些动作到底会如何影响 panel 和结果结构。
Plot 判读的价值
真正的靶向判断往往就发生在这些图里，而不是发生在汇总表里。只看 quantity 而不回看图，是最常见也最危险的捷径。
Experiment Tab Options
因为这些右键动作决定的是 panel 是否真的被更新、SureQuant / HybridDIA 是否真的重提取、review 判断是否被真正提交。它们是从“看结果”走向“改方法”的关节。
Appendix 5-6 的联动结构
- Appendix 5 负责回答“图是什么意思”，Appendix 6 负责回答“我对这张图做了动作后会发生什么”。这两部分天然应该放在同一组附录模块里。
- 像 refine iRT、refine assay transitions、process pending changes、refresh post analysis 这些动作，本质上都要求你先看懂图，再决定是否修改对象状态。
- 因此真正的上机复盘不应该是“点完再看看”，而应该是“看图判断 -> 决定动作 -> 处理 pending changes -> 再看结果有没有改善”。
Appendix 7
Post Analysis Plots
Appendix 7 的价值在于，它把 overview、data completeness、CV、heatmap、volcano 等图真正解释开了。这一部分可直接与 Reporting 模块联动：先在 Reporting 里明确这些图的作用，再在附录页里处理读图。
按 Appendix 7 顺序展开：读图顺序
- 先看 Data Completeness，理解 cumulative sparse profiles、cumulative full profiles、missing values 和 single-hit precursors。
- 再看
CVs Below X，判断不同层级对象有多少落在 ≤10% 或 ≤20% CV 区间。 - SureQuant 数据则要额外看 SureQuant scans 图，判断高低分辨扫描比例；最后再回到 Heatmap 与 Volcano 去解释条件结构和候选对象。
Appendix 8
Most Relevant Report Headers
Appendix 8 几乎天然就是“字段解释卡片”。Protein、Peptide、Elution Group、Transition Group 各层哪些字段最关键、哪些字段不明显却高价值，都可以在这里集中组织。
把 Appendix 8 分成 4 组来学，会比按页硬背更有效
- 对象身份组：
PG.ProteinId、PEP.GroupingKey、EG.PrecursorId、TG.IntMID。 - 识别与 review 组：
EG.Qvalue、EG.Cscore、EG.IsUserPeak、EG.Verified、EG.MeanTailingFactor。 - 绝对定量边界组：
EG.AbsoluteAmount、EG.AbsoluteAmountRangeLimitted、EG.LLOQ、EG.ULOQ、EG.LOD。 - 高级方法组：
TG.CompensationVoltage、TG.MS1MonoIsotopicHeight、T.Quantity，它们更贴近 FAIMS / high-end PRM 和 transition-level review。
Glossary
Glossary 与术语框架
如果新人能很快分清 MRM、PRM、Scheduled MRM、tMRM、Assay Panel、Spectral Library、Dwell Time、Duty Cycle、Cycle Time、FDR 和 q-value，那么后续学 Prepare、Analysis 和 Reporting 的速度会明显快很多。Glossary 的价值就在于建立这套共同语言。
Glossary 与其他模块的配合方式
- 在 Prepare 课中用它补 Assay Panel、Scheduled MRM、RT / iRT、Dwell / Duty / Cycle；在 Analysis 课中用它补 FDR、q-value；在 Reporting 课中再回到这些词解释字段。
- 这样使用时，Glossary 就不是最后两页“附送术语表”，而是贯穿整条 targeted 主线的速查骨架。
Next Steps
附录页的联动技术路径
如果这里主要在查图和查字段，下一步可回到 Reporting 模块继续处理 report schema 与字段解释；如果主要在查 settings 和 glossary，下一步则进入 Settings 模块，把附录里的解释重新接回到默认模板与命令行能力上。
进入 Reporting 模块
继续处理 Post Analysis、report schema 和 Appendix 8 字段解释。
进入 Settings 模块
继续处理 defaults、command line 和 glossary 解释。