平台标准化
这些内容决定 SpectroDive 能否从单人操作软件转成稳定交付的方法平台，对应 SOP、默认模板、命名规则和自动化参数文件。
SpectroDive Settings
SpectroDive 设置、命令行与术语
这里覆盖 Databases、Settings Perspective、Global Settings、
Method Export Defaults、Command Line 和 Glossary，
对应 SpectroDive 的数据库设置、默认模板、导出规则、命令行接口与术语定义。
Databases 到 CLI
平台设置 / 应用支持
Method Export / SureQuant defaults
Glossary 速查
Orientation
配置管理与全局设置
当软件只在演示环境里跑一次时，人们会以为准备好 panel 和 raw 就够了。但真正进入多用户、多项目、多仪器环境后，最先暴露问题的往往不是 analysis 算法，而是数据库版本、settings schema、文件命名、QC 路径和默认 method export 行为。
重点对象
- 平台设置：统一默认设置、QC 历史与 kit 路径
- 应用支持：定位 panel import、parsing、method export 和 command line 问题
- 方法开发负责人：统一 schema 与 glossary 解释语言
- 高级用户：把 GUI 工作流迁入脚本和批处理环境
| 需要统一的数据库与模板 | 如果不提前统一，会出现什么问题 | 沉淀形式 |
|---|---|---|
| databases / modifications / parsing rules | 同一项目不同人导入后，protein id、修饰名和列映射可能不一致 | 共享数据库目录与字段规范 |
| settings schema | analysis / library generation 行为随人而变，难以复盘 | 项目类型对应的模板库 |
| global directories / export defaults | 路径混乱、导出方法不统一、QC 历史不可追踪 | 平台默认环境 |
| command line / glossary | 难以自动化，也难以用统一语言培训新人 | CLI 参数模板和术语速查表 |
SpectroDive 设置结构
从 databases、settings schema 到 command line 和 glossary 的整体结构。
Databases
数据库、修饰与表格导入
protein databases、modifications、cleavage rules 与 table import 被放在同一模块，说明 SpectroDive 把这些都视作长期可维护的知识库，而不是“项目开跑前临时找的文件”。
这些条目的统一管理
FASTA、修饰、酶切和表格导入规则共同定义了“目标肽是如何被描述和解析的”。如果这些规则在不同项目之间不统一，后续 panel generation、report fields 和绝对定量模板都很难横向对齐。
长期需要统一的数据库、模板与导入规则
最值得长期固定的是共享数据库目录、修饰规范清单、panel 导入字段说明和项目模板包。这样当项目类型变化时，也不需要每次从零重新整理数据库和导入规则。
| 数据库文件 | 它影响的软件行为 | 不能临时拼接的原因 |
|---|---|---|
Protein Databases |
protein id、description、gene 等解析结果 | 一旦版本乱了，panel、report 和历史项目都难以横向比较 |
Modifications |
modified sequence 识别、外部库导入、PTM / label workflow | 不同来源命名不统一时，导入会碎片化 |
Cleavage Rules |
Pulsar 搜索空间与理论 peptide 集 | 会直接改变 library generation 的上游边界 |
Table Import Rules |
外部 panel / result / generic format 的列映射 | 如果每次靠人工匹配，平台化就无法成立 |
Databases Perspective 对 panel 与 report 的一致性约束
- Protein Databases、Modifications、custom modifications、Cleavage Rules 和 Table Import 共同组成从 FASTA parsing 到外部列名映射的一整层基础设施。
- FASTA 导入时会尝试匹配 parsing rule；如果找不到，就要创建新规则。这意味着报表中的 protein id、gene、description 并不是天然存在，而是由 parsing rule 决定的。
- Modifications 既服务外部搜索结果导入，也服务 external spectral library 中 modified sequence 的识别；Mascot 的非默认修饰甚至要求手工创建 custom modifications。
- Cleavage Rules 则直接决定 Pulsar 搜索空间，Table Import 负责记住用户的列名同义词。两者一起说明：targeted 平台的上游输入必须被管理，而不是每次导入都靠人工猜。
Settings Perspective
Settings Schema
Settings Perspective 允许为 Analysis、Library Generation 和 Pulsar Search 创建自定义 schema，并在后续分析时直接调用。SpectroDive 通过 schema 把 extraction、quantification、library generation、search 和 report 相关参数固定为可复用模板，从而保证同类项目在不同批次、不同操作者和不同工作站之间保持一致。
多套默认 schema 的分工
因为不同项目会有不同的分析目标。比如 routine PRM 验证、绝对定量、SureQuant、hybridDIA 或 FAIMS-PRM，往往需要略有不同的 extraction、quantification 和 report 习惯。把这些差异固化为 schema，比靠人工记忆可靠得多。
Save as 的作用
Save as 对应的是“这次团队经验被正式保存为下一次项目默认逻辑”的动作。这样，平台模板就能稳定承接后续项目，而不是每次从头改设置。
| schema 生命周期动作 | 在团队里意味着什么 |
|---|---|
| 从 predefined schema 出发 | 先站在官方默认上做受控修改，而不是从零发明一套不可复盘规则 |
Save as… |
把这次项目经验正式沉淀成下次可直接调用的模板 |
| 按 workflow 建多个 schema | 允许 routine PRM、绝对定量、SureQuant、FAIMS-PRM 分别维护自己的默认行为 |
| 在 setup wizard 中复用 | 把 GUI 经验真正迁移成稳定平台逻辑，而不是只存在于某个操作者脑子里 |
Settings schema 的可复用 workflow 结构
- Settings Perspective 对应三类 process：Analysis、Library Generation 和 Pulsar Search；这表明 SpectroDive 把 schema 视为多流程共享的标准化模板，而不是单页设置。
- 通过修改 predefined schema 再
Save as…，你得到的不是一次性参数快照，而是下一次 setup wizard 可以直接选用的正式模板。 - Hover help 被放在这一章，是为了让设置层形成可复核、可解释的参数语言，而不是只靠默认模板盲跑。
Global Settings
General / Directories / Method Export / Panels / Plotting / QC / Report / SureQuant
这一部分定义的是全局默认行为，而不是某一次实验的临时行为。这些设置对应团队默认环境，而不是只在出现问题时才回头检查的参数。
| 模块 | 模块职责 | 关键解释点 |
|---|---|---|
General | 包含 file name parsing schema 等全局行为 | 命名规则会直接影响 condition annotation 和批量分析整理 |
Directories | 指定原始数据、共享目录和 kit 文件位置 | 路径规划是稳定性问题，不只是整理问题 |
Method Export | 定制不同仪器的 m/z 范围和导出行为 | 方法导出默认值必须和仪器平台一一对齐 |
Panels | RT calibration history、matching ratio、panel kit 目录 | panel 不是静态文本，而是带历史和规则的文件 |
Plotting | 积分边界、预期洗脱时间、平滑等默认显示 | 会直接影响 review 理解和峰图判读方式 |
Quality Control | QC plot history length 和结果保存路径 | 长期质控必须先把历史长度和目录定好 |
Report | 控制预览显示行数等默认报表行为 | 不同用户看到一致的预览结构，有利于结果解释保持一致 |
SureQuant | 控制触发阈值等默认参数 | 高级 workflow 不应每次都从零设定 |
Global Settings 需要优先固定的 3 组设置
- 第一是
File Name Parsing。因为一旦命名规则不统一，condition annotation、批量分析和报表整理都会变得很脆弱。 - 第二是
Directories。因为 raw、shared resources、kits、QC history 和导出结果的路径管理，决定了平台是否真的可复盘。 - 第三是
Method Export / SureQuant defaults。因为一旦仪器范围和触发阈值不做默认管理，每次导出都可能出现人为漂移。
Global Settings 各模块的控制边界
General里最核心的是 File Name Parsing Schema。文件名默认以_分段，并可据此自动读取 condition annotation。Directories不只是路径收纳，而是允许软件自动 map acquisition runs、管理 raw data、shared resources 和 kit 目录；且更改后需要重启才能生效。Method Export允许按不同 MS instruments 定制导出时的 m/z range，这让 method export 成为“平台配置”的一部分，而不是临场参数。Panels负责 calibration history、matching transition 百分比和 panel kit 路径；Plotting控制 XIC integration boundaries、expected elution time 与 smoothing；Quality Control和Report决定历史长度和预览规模；SureQuant则给 triggered method generation 提供全局默认阈值。
Command Line
命令行与自动化
SpectroDive Command Line Mode 用 SpectroDive.exe 调用，覆盖三类任务：运行 targeted analysis 并输出报告，加载已经保存的 .spe experiment 并输出报告，以及把多个 calibration curve sets 合并成一个 .ccs 文件用于后续绝对定量分析。它把 raw、assay panel、settings schema、condition setup、report schema、peptide quantification file 和 calibration curve file 都暴露为可编排输入。
1. 三种命令行模式
Analysis mode 从 raw 和 assay panel 直接启动分析并导出报告；Report-only mode 读取已保存的 .spe 文件重新输出报告；Calibration curve merging mode 读取多个 .ccs 或包含 .ccs 的目录，并按指定策略生成一个新的 .ccs。
2. 许可证与帮助入口
-activate <license_key> 在当前电脑激活 SpectroDive，作用等同于 GUI 激活；-deactivate 释放许可证；-h 显示可用命令。共享工作站或批处理节点需要先把许可证生命周期纳入 SOP。
通用参数：分析、报表和绝对定量都围绕这些输入展开
| 参数 | 功能 | 使用要点 |
|---|---|---|
-h | 显示可能的命令列表。 | 用于确认当前版本的可用参数。 |
-r | 加入单个 raw file。 | 支持 GUI setup 可识别的文件格式；可重复使用。 |
-d | 加入指定目录中的所有 raw files。 | 可重复使用，适合批量 targeted runs。 |
-a | 把 assay panel 分配给实验中的每个 run。 | Analysis mode 的必需输入。 |
-s | 选择 settings schema。 | schema 必须已存在；可传 schema 名称或 *.prop 路径；未指定时使用默认 schema。 |
-o | 指定 reports 输出目录。 | 目录需要已存在；未指定时写入 %AppData%/SpectroDive/results。 |
-n | 指定实验名。 | 未提供时根据 run file names 自动生成。 |
-rs | 选择 report schema。 | schema 不存在时使用默认 report schema；Report-only mode 中为必需。 |
-con | 导入 condition setup 文件。 | 该文件由 SpectroDive Conditions Setup 导出。 |
-pq | 选择 peptide information file。 | 用于 calibration curve-based peptide quantification，文件需先在 GUI 中生成。 |
-ccs | 选择 calibration curve file。 | .ccs 可由 GUI 或命令行生成；绝对定量和合并模式都会用到。 |
-spe | 加载保存好的 experiment。 | 用于 Report-only mode，避免重复分析。 |
-mergeCC | 指示 SpectroDive 合并两个或更多 .ccs 文件。 | Calibration curve merging mode 的必需关键字。 |
-mergeStrategy | 指定多个 .ccs 的选择策略。 | 可选 newest、bestLOD、bestLLOQ、quantificationRange、accuracy、precision。 |
三种模式的必需参数矩阵
| 参数 | Analysis | Report only | Calibration curves merging |
|---|---|---|---|
-r | 必需，或使用 -d | 不使用 | 不使用 |
-d | 必需，或使用 -r | 不使用 | 必需，或使用 -ccs |
-a | 必需 | 不使用 | 不使用 |
-s | 可选 | 不使用 | 不使用 |
-o | 可选 | 可选 | 可选 |
-n | 可选 | 可选 | 可选 |
-rs | 可选 | 必需 | 不使用 |
-con | 可选 | 不使用 | 不使用 |
-pq | 可选 | 不使用 | 不使用 |
-ccs | 可选 | 不使用 | 必需至少 2 次，或使用 -d |
-spe | 不使用 | 必需 | 不使用 |
-mergeCC | 不使用 | 不使用 | 必需 |
-mergeStrategy | 不使用 | 不使用 | 必需 |
Calibration curve merge strategy：如何从多个标准曲线中选择可用曲线
| 策略 | 选择规则 | 适用理解 |
|---|---|---|
newest | 选择最新的 valid calibration curve。 | 适合以最新批次为准的常规更新。 |
bestLOD | 选择 LOD 最低的 valid calibration curve。 | 适合关注检测限的低丰度项目。 |
bestLLOQ | 选择 LLOQ 最低的 valid calibration curve。 | 适合关注可定量下限的项目。 |
quantificationRange | 选择 quantification range 最大的 valid calibration curve。 | 适合覆盖宽浓度范围的绝对定量。 |
accuracy | 选择 quantification range 内 median percent error 最低的 valid calibration curve。 | 适合以准确度为优先的交付。 |
precision | 选择 quantification range 内 median percent coefficient of variation 最低的 valid calibration curve。 | 适合以重复性为优先的交付。 |
示例结构：SpectroDive.exe -d "C:\PRM\PQ500_Plasma_Depleted" -a "C:\04_Resources\panels\PQ500.kit" -n "PQ500_MQLive_Depleted" -o "C:\Results"。如果 assay panel 自动解析异常，应先在 GUI 中加载 panel 并确认必要列能被正确识别，再迁移到命令行批处理。
Glossary
targeted 术语速查
SRM / MRM、PRM、Scheduled MRM、tMRM、Assay Panel、Spectral Library、FDR、q-value、Dwell Time、Duty Cycle、Cycle Time、RT、iRT 构成 targeted proteomics 的基础术语网络。理解这些词，才能把 panel 设计、采集窗口、峰采样、统计置信度和绝对定量报告连接成同一套操作语言。
SRM / MRM 与 PRM
MRM 在三重四极杆上以预设 transition 循环采集，强调 robustness 和 sensitivity；PRM 在高分辨平台上对预设 precursor 采完整 MS/MS，强调高选择性和高分辨 fragment 证据。
Scheduled MRM 与 tMRM
前者对应在有限 cycle time 内容纳更多 transition，后者对应在不显著牺牲 throughput 的前提下增强 peak 身份确认。
Assay Panel 与 Spectral Library
assay panel 需要 unique peptide、合适 charge、fragment m/z 和 RT window；spectral library 则是这些 transition 信息最常见也最稳健的来源之一。
Dwell / Duty / Cycle
这三个词要一起学。短 dwell time 会伤害信噪比；固定 duty cycle 会限制可监控 analyte 数量；cycle time 则必须匹配峰宽，理想情况下峰洗脱过程要被采样 7-9 次。
RT / iRT / FDR / q-value
它们分别连接着 retention calibration、方法调度和统计置信度，是靶向软件和 discovery 软件之间最常见的共通知识点。
| 词群 | 优先掌握的词群 | 原因 |
|---|---|---|
| 采集方式 | MRM、PRM、Scheduled MRM、tMRM |
这些词决定你对 targeted 数据结构和方法差异的第一层理解 |
| 方法设计 | Assay Panel、Spectral Library、RT、iRT |
它们直接连接 panel generation、校准和 method export |
| 定量与统计 | Dwell Time、Duty Cycle、Cycle Time、FDR、q-value |
这些概念最容易被混淆，但又直接影响灵敏度、峰采样和置信度判断 |
Glossary 的入门词群顺序
- 先读 acquisition 词：SRM / MRM、PRM、Scheduled MRM、tMRM，因为它们直接决定不同 targeted method 的数据结构。
- 再背 method design 词：Assay Panel、Spectral Library、RT、iRT，因为它们决定 panel 和 method export 的语言。
- 最后背 quantitative / statistics 词：Dwell Time、Duty Cycle、Cycle Time、FDR、q-value。这样学，最贴近真实上机顺序。
Next Steps
后续模块
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