蛋白质组周转研究

入门

先弄懂术语和问题

解释 pulse、SILAC、DIA、SPLAT、TMT、Turnover-PPT，不让方法名变成黑箱。

原理

丰度、合成、降解的关系

明确 turnover 不是 abundance 的延伸表格，而是蛋白动态稳态的测量。

读数

从同位素比例到半衰期

理解 light/heavy ratio、fraction new、degradation rate 和 half-life 各自代表什么。

图解

三张图建立直觉

用原创教学图解释 pulse SILAC-DIA、SPLAT 和 Turnover-PPT 的核心逻辑。

方法

pSILAC-DIA 实验逻辑

围绕标记、时间点、重复、DIA 窗口和样本类型设计可拟合的数据。

细节

逐项拆解技术路线

按 pSILAC-DIA、BoxCarmax、DeltaSILAC、SPLAT、multiplex-DIA 和 Turnover-PPT 展开。

实操

Spectronaut 对接流程

从样本表、labeled workflow、Channel Set、report schema 到 XIC 回看和建模导出。

数据

ratio 生成与质量过滤

在 peptide / precursor / channel 层确认可追溯证据，再进入蛋白层建模。

解释

从 k 值到机制结论

把周转变化放回 pathway、复合体、PTM、细胞状态和组织差异中解释。

全景

重组 turnover 知识地图

把所有参考文献内容归并为六层技术全景，便于课程讲解和项目设计。

进阶

研究进展与文献地图

按方法问题阅读代表性论文，而不是把论文作为正文主体堆放。

Beginner primer

新学员需要先掌握的背景

turnover 蛋白质组学的核心不是一种单独软件功能，而是一套“给蛋白加时间标签，再用质谱读出动态变化”的实验与分析体系。学员进入具体文献前，需要先把以下术语放到同一张逻辑图里。

pulse

脉冲标记

在某个时间点把细胞或动物暴露到新同位素氨基酸环境中。之后新合成蛋白带有新标签，标记前已经存在的旧蛋白仍保留旧标签。

SILAC

稳定同位素氨基酸标记

用 light / heavy 氨基酸让同一肽段产生可区分的质量差。质谱中看到的 light 与 heavy 峰面积比例，反映新旧蛋白池的相对变化。

DIA-MS

数据非依赖采集

DIA 在预设 m/z 窗口内系统采集碎片信息，适合在大量 run、多个时间点和多条件中保持可比的肽段定量。

fraction new

新蛋白比例

随着标记时间延长，新合成蛋白占比增加。该比例的曲线形状可用于估计蛋白更新速度。

kdeg / half-life

降解常数与半衰期

kdeg 描述旧蛋白清除速度；half-life 是旧蛋白剩下一半所需时间。二者是 turnover 研究最常见的寿命读数。

SPLAT / Turnover-PPT

从细胞动态到空间和组织图谱

SPLAT 把 protein age 与亚细胞定位合并分析；Turnover-PPT 将组织、脑区、蛋白寿命和磷酸化位点动态整合为图谱。

Concept model

turnover 研究的核心问题

蛋白丰度是某一时刻的库存量。turnover 关注库存量背后的流入和流出：翻译产生新蛋白，折叠与复合体装配决定其稳定性，泛素化、自噬或其他降解路径清除旧蛋白。只有把合成和降解分开，才能判断一个蛋白是“被更多制造出来”，还是“因为更慢降解而积累”。

Input

合成速率

由转录、mRNA 稳定性、翻译效率、氨基酸供应和细胞状态共同决定。

Pool

当前丰度

常规 DIA 最容易测到的是库存量，但库存量相同并不代表动态过程相同。

Output

降解速率

反映旧蛋白清除速度，可转换为 protein lifetime 或 half-life。

steady state equation

丰度变化需要同时看合成与降解

dP / dt = synthesis rate - degradation rate x P

稳态时蛋白量不变，并不意味着蛋白没有变化；可能是合成和降解同时很快，也可能是两者都很慢。 turnover 实验通过同位素或代谢标记给“新蛋白”和“旧蛋白”打上可区分的质量标签，从时间序列中估计降解常数。

合成
new protein

protein pool

降解
old protein

Visual atlas

蛋白质组周转研究概览

以下示意图根据 proteome turnover 综述、SPLAT 和 Turnover-PPT 的方法思想重绘为教学版，图角标明对应文献出处。目标是让学员先看懂“样本如何被标记、信号如何被质谱读出、ratio 如何变成 half-life、结果如何放回空间定位和组织图谱”。

pulse SILAC-DIA 总览图：light 通道使用 Arg0 / Lys0（R0 / K0），heavy 通道使用 Arg10 / Lys8（R10 / K8）。后续图表进一步解释每个模块的实验含义、数据读数和质量控制边界。

pulse SILAC-DIA

旧蛋白下降，新蛋白累积

读图要点：同一 peptide 的 light 与 heavy 信号必须在每个时间点可追溯，才能把比例变化转换为降解常数。

SPLAT

同一次实验同时解析时间和空间

读图要点：SPLAT 的学习价值在于把“蛋白活多久”和“蛋白在哪里”合并解释，适合讲解应激、转运和亚细胞稳态。

Turnover-PPT

组织图谱把 abundance、lifetime、PTM 放在一起

读图要点：组织图谱不能只看丰度热图；同一蛋白的寿命、互作伙伴寿命协调和磷酸化位点稳定性都可能组织特异。

Figure reading guide

把参考文献图表拆成可学习的问题

文献图表不应只作为截图摆放。阅读时应先判断这张图在回答哪一层问题：概念框架、实验设计、质谱读数、质量过滤、动力学建模、还是组织与通路解释。下表按研究问题归纳参考文献的图表证据，分别对应时间维度、同位素比例、动力学拟合、PTM 和组织通路解释。

Developmental Cell 2020 review

综述示意图：先建立 turnover 的全局变量

综述类图表适合用来解释 synthesis、degradation、translation rate、protein lifetime 与 abundance 的关系。学员应先看懂“丰度只是库存，turnover 才是流速”。

对应：核心问题与稳态公式

pSILAC-DIA / Mol Syst Biol

时间序列图：从同位素峰到蛋白降解率

相关图表通常包含时间点、light/heavy peptide pair、DIA 定量和降解曲线。教学重点是 ratio 不是终点，ratio 需要进入时间序列拟合。

对应：同位素比例到蛋白寿命

BoxCarmax

采集窗口图：为什么采集方式会影响 turnover

同位素肽对处在复杂背景中，DIA 窗口过宽时容易出现干扰。该类图表应拆解为窗口选择、选择性、峰干扰和 peptide pair 可追溯性。

对应：DIA 策略与同位素肽对

DeltaSILAC / phospho-turnover

位点动态图：PTM 不是只看差异位点

磷酸化位点图表需要同时看位点定位、修饰肽丰度、蛋白层寿命和位点 turnover。教学重点是 site-level 动态不能直接等同于 protein-level 动态。

对应：PTM-site turnover 解释

Nature Communications 2024 SPLAT

Fig. 1 逻辑：同一数据中合并时间与空间

SPLAT 的图表核心是双重编码：动态 SILAC 提供 protein age，TMT 分馏提供亚细胞定位。它回答的是 old/new protein pool 是否在细胞空间中发生不同分布。

对应：SPLAT 重绘图

Cell 2025 Turnover-PPT

Fig. 1-2 逻辑：组织图谱需要三层读法

Turnover-PPT 的组织图谱应同时读 abundance、protein lifetime 和 phosphosite turnover。教学重点是不同组织可共享丰度趋势，却具有不同寿命和调控稳定性。

对应：组织级图谱与研究进展

Panorama map

turnover 蛋白质组学全景框架

参考文献中的概念、方法和图表可归纳为六层结构。掌握这六层后，再读具体论文图表时可以判断：这张图是在定义生物学问题、说明实验设计、展示质谱证据，还是支持下游机制解释。

01

生物学问题层

蛋白丰度变化来自合成、降解、稳定性、定位、修饰和复合体装配的共同结果。

02

标记实验层

pulse SILAC、dynamic SILAC、TMT 分馏和组织代谢标记为“新旧蛋白池”提供可测标签。

03

质谱采集层

DIA、BoxCarmax、高选择性窗口和 PTM 富集决定 light/heavy peptide pair 能否稳定识别。

04

证据过滤层

run QC、ChannelQ、GroupQ、q-value、XIC、峰边界和 excluded feature 决定 ratio 是否可信。

05

动力学建模层

fraction new、old fraction、kdeg、half-life、残差和 peptide 一致性将时间序列转换为寿命读数。

06

机制解释层

把 protein lifetime 放回 PTM、亚细胞定位、组织差异、复合体、非整倍体和药物响应中解释。

Readout logic

从同位素比例到蛋白寿命

pSILAC-DIA 的直接观测对象通常是同一 peptide 在 light 与 heavy 通道中的峰面积或强度比例。时间点越靠后，新标记 peptide 占比越高，旧 peptide 占比越低。通过指数衰减或累积模型，可以把通道比例转换为 degradation rate、fraction new 和 half-life。

旧蛋白衰减

degradation rate

old fraction(t) = e^(-kdeg x t)

kdeg 越大，旧蛋白清除越快；在短时间窗内，慢周转蛋白的曲线可能很平，需要更长标记时间才能稳定估计。

半衰期

protein half-life

t1/2 = ln(2) / kdeg

half-life 是更直观的寿命读数，但必须和实验时间窗一起解释；超出时间窗太多的半衰期通常不应被过度解读。

新蛋白累积

fraction new

new fraction(t) = 1 - e^(-kdeg x t)

pulse 标记方案常用新标记比例描述蛋白替换进度；ratio 转换前需要确认轻重通道的响应、缺失和峰边界。

读数	回答的问题	技术边界	复核重点
Protein abundance	库存量是否变化	不能区分合成变快还是降解变慢。	归一化、批次、条件分组、蛋白推断。
Light / heavy ratio	新旧 peptide pool 的相对比例	受通道缺失、干扰峰、峰边界和响应差异影响。	light-heavy 共洗脱、ChannelQ、GroupQ、ratio recovery。
kdeg / half-life	蛋白清除速度和寿命	依赖时间点设计、重复数和模型假设。	拟合残差、peptide 一致性、异常时间点。
PTM-site turnover	修饰位点是否改变蛋白稳定性	需要区分 site localization、修饰肽丰度和蛋白层寿命。	modified sequence、site confidence、对应 unmodified protein turnover。

Experimental design

pSILAC-DIA 与扩展方法的实验逻辑

turnover 项目的关键不是“采几个时间点”这么简单。时间点要覆盖目标蛋白的动态范围，标记通道要能在 Spectronaut 中稳定识别， DIA 窗口要能分辨轻重肽对，重复设计要支撑 downstream 模型判断异常点。

1

选择标记策略

pulse SILAC 适合细胞体系；动物和组织研究可使用代谢标记或特定脉冲设计；PTM turnover 需要额外考虑修饰肽富集。

2

设计时间窗

快速周转蛋白需要早期密集时间点，慢周转蛋白需要更长采样周期；时间窗过窄会让 half-life 估计不稳定。

3

控制通道和批次

固定 light/heavy 或 multiplex 通道命名，记录 run order、condition、replicate 和 pooled bridge，避免后续 ratio 解释错位。

4

选择 DIA 策略

同位素 peptide pair 容易受复杂背景干扰；复杂样本、PTM 样本和宽动态范围样本需要更重视窗口选择和峰图可追溯性。

方法路线	核心思想	适用问题	主要风险
pSILAC-DIA	用新旧同位素 peptide 随时间变化估计蛋白降解。	细胞体系蛋白降解率、耐药适应、稳态重塑。	时间点不足、通道缺失、light/heavy 干扰。
BoxCarmax / 高选择性 DIA	提高同位素肽对在复杂背景中的选择性。	复杂样本、低丰度肽、宽窗口 DIA 难以稳定定量的项目。	方法设置与库、窗口、仪器性能需要一致验证。
DeltaSILAC / PTM turnover	把修饰位点动态和蛋白寿命联系起来。	磷酸化、信号通路、位点稳定性调控。	修饰定位置信度、富集偏倚、蛋白层与位点层混淆。
SPLAT	在同一实验中同时读取蛋白更新速度和亚细胞定位信息。	细胞器蛋白更新、应激后转运、old / new protein pool 定位差异。	分馏纯度、TMT 通道一致性、定位变化和 turnover 变化的因果边界。
multiplex-DIA	通过多通道设计提高吞吐量和条件比较能力。	多处理组、多时间点、药物反应、非整倍体模型。	通道特异性质量差异和 downstream 过滤规则不一致。

把组织间丰度差异当成 turnover 差异；忽略半衰期估计的时间窗；把 phosphosite turnover 与 protein turnover 混在一起。

数据核查

按组织、蛋白层、位点层分别检查覆盖度、时间点、拟合残差、同一 pathway 内寿命协调和 PTM localization confidence。

Data processing

数据处理要先保留证据，再汇总成蛋白寿命

turnover 数据最常见的错误是过早汇总：只保留 protein abundance 或 protein ratio，会丢掉判断异常 half-life 的关键证据。合格的处理路径应先在 peptide / precursor / channel 层过滤，再把稳定证据汇总到蛋白层。

evidence-first pipeline

ratio 到 half-life 的处理顺序

1. run 质控 RT、质量精度、总强度、缺失率、批次漂移

2. 通道核查 light/heavy 或 multiplex channel 是否命名一致

3. peptide 过滤 q-value、fragment trace、excluded flag、干扰峰

4. ratio 计算 H/L、fraction new、missing channel、ratio recovery

5. 蛋白汇总 peptide 一致性、robust summary、异常肽剔除

6. 动力学拟合 kdeg、half-life、残差、置信区间、时间窗解释

report schema

pSILAC-DIA 报告字段必须能追溯到通道、肽段和峰图

用于计算 degradation rate 或 half-life 的报告，必须同时保留样本信息、对象层级、轻重通道、质量过滤和峰图回溯字段。只导出蛋白层 abundance，无法判断异常结果来自真实动力学变化，还是来自弱通道、峰边界错位或被排除定量的 precursor。

样本与时间轴 R.FileName、Condition、Replicate、time point、run order

对象层级 PG / PEP / EG / FG、modified sequence、charge、precursor m/z

通道与比例 label channel、light quantity、heavy quantity、H/L ratio、fraction new

置信度与过滤 PG.Qvalue、EG.Qvalue、FG.Qvalue、ChannelQ、GroupQ、excluded flag

峰图回溯 ApexRT、StartRT、EndRT、XIC DB id、fragment trace id

建模输入 ratio recovery、missing channel、fit residual、peptide consistency

Spectronaut practice

Spectronaut 对接 turnover 项目的实操流程

turnover 项目在 Spectronaut 中不能按普通 label-free 定量项目处理。核心是把时间点、轻重通道、condition、replicate、channel set、质量过滤和峰图回溯在同一个项目里固定下来。只有这样，导出的 ratio 才能继续进入 half-life、KdeggeR 或自定义动力学建模。

end-to-end handoff

从 RAW 到 half-life 的 7 步对接

01 样本表先行

为每个 run 固定 `sample_id`、`condition`、`time_point`、`replicate`、`label_channel`、`channel_set`、`raw_file`。

02 选择 labeled workflow

在 Analysis Settings 中使用 labeled workflow；需要 channel-level ratio 的项目不要强制按 label-free 解释。

03 配置 Conditions

Run Conditions 管 run 层信息；Channel Set 管 light/heavy 或多通道的 condition、label、modification 和 reference 方向。

04 运行 DIA 分析

按 library-based 或 directDIA 运行，并检查 RT calibration、mass accuracy、identification 和 channel coverage。

05 导出 report schema

保留 run、peptide、precursor、channel quantity、ratio、q-value、ChannelQ、GroupQ、RT 和 XIC linkage。

06 回看 XIC

对异常 ratio、弱 heavy channel、单点拉动曲线、peptide 间冲突进行 MS1 / MS2 XIC 复核。

07 进入建模

过滤低质量 feature 后，再进行 fraction new、kdeg、half-life、KdeggeR 或组织/位点层 downstream 分析。

sample sheet

样本表必须先定义实验语义

样本表不是文件清单，而是 downstream 模型的设计矩阵。`time_point` 应使用可计算的数值或统一单位；`condition` 记录处理组； `replicate` 区分生物重复；`label_channel` 记录 light、heavy、medium 或 reporter channel；`channel_set` 记录同一个 run 内通道如何对应条件。

label direction

ratio 方向必须全项目一致

pSILAC 常见输出可围绕 heavy / light、new / old 或 fraction new 组织。无论选择哪一种，都必须在 Channel Set 和下游脚本中保持同一方向，否则 half-life 曲线会被反向解释。

reference channel

reference 不是普通对照组备注

Run-level reference 和 Channel Set 内 reference channel 含义不同。前者用于运行层比较语义，后者决定通道内 ratio 方向和 reference channel。多通道或标签互换设计尤其需要单独记录。

Spectronaut 阶段	turnover 项目要做什么	必须导出/保留	错误信号
Analysis Settings	确认 labeled workflow、library/directDIA、enzyme、FASTA、PTM 和质量控制策略。	settings 版本、FASTA 版本、library 或 directDIA 方法。	同一项目不同批次使用不同 settings，或 labeled 项目被按 label-free 解释。
Run Conditions	给每个 run 绑定 condition、time point、replicate、fraction、channel set。	R.FileName、Condition、Replicate、time point、Run_ID。	时间点写成自由文本、重复编号不一致、channel set 缺失。
Channel Set	定义 light/heavy 或 multiplex channel 的 label、condition、modification、reference。	label channel、channel condition、modification、reference flag。	heavy/light 方向在不同 run 中反转；标签互换设计没有拆成不同 channel sets。
Channel-specific QC	分别检查 GroupQ、ChannelQ、MinQ / MaxQ、missing channel 和 excluded feature。	PG.Qvalue、EG.Qvalue、FG.Qvalue、ChannelQ、GroupQ、excluded flag。	整体 GroupQ 通过，但 weak channel 没有独立证据支撑。
Report Export	导出 peptide / precursor / channel 层证据，不只导出 protein abundance。	PG、PEP、EG、FG、quantity、ratio、charge、modified sequence、ApexRT。	下游发现异常 half-life，却无法回到 run、precursor 或 XIC 定位。
XIC Review	对异常 peptide pair 回看 MS1 / MS2 traces、峰边界和共洗脱。	StartRT、EndRT、ApexRT、XIC DB id、fragment trace id。	light/heavy 峰不共洗脱、某时间点 apex 漂移、背景峰被错误积分。

recommended export schema

建议建立一个专用 turnover report schema

样本列 R.FileName Condition Replicate TimePoint

对象列 PG.ProteinAccessions PEP.StrippedSequence EG.ModifiedSequence FG.Charge

通道列 LabelChannel ChannelQuantity LightQuantity HeavyQuantity

比例列 H_L_Ratio FractionNew RatioRecovery MissingChannel

质量列 PG.Qvalue EG.Qvalue FG.Qvalue ChannelQ GroupQ

回溯列 ApexRT StartRT EndRT XICDBID

字段名称可根据实际 Spectronaut 版本和导出模板调整，但信息层级不能缺失：样本、对象、通道、比例、质量、峰图回溯必须同时存在。

Spectronaut labeled workflow Report 字段字典 XIC 与回溯字段 Channel-specific FDR Channel Set 设置

Spectronaut / LBL workflow

Spectronaut 中需要核查的 turnover 证据

Spectronaut 的 labeled workflow、channel quality、report schema 和 XIC 导出要放在同一条复核链中使用：先确认标记通道，再确认每个通道的证据质量，随后导出可追溯 ratio，最后对异常肽回看 XIC。

label definition

通道定义决定 ratio 含义

light、heavy、time point、condition 和 replicate 必须在分析前固定。通道命名错误会让 H/L ratio 或 fraction new 直接变成错误生物学方向。

channel quality

弱通道不能直接拟合

GroupQ 通过不代表每个通道都稳定。turnover 项目需要检查 ChannelQ、missing channel、excluded feature 和低丰度通道峰形。

XIC review

异常 ratio 必须回到峰图

单个时间点拉动曲线、同一蛋白不同 peptide 方向不一致、heavy channel 异常偏低时，应查看 MS1 / MS2 XIC 是否共洗脱。

Spectronaut 对象	周转项目中的作用	必须检查的异常	建议动作
Label channel / channel set	定义 light、heavy 或 multiplex 通道的含义。	通道命名与实验时间点、处理组或 SILAC 标记不一致。	先固定命名表，再开始批量分析和报告导出。
ChannelQ / GroupQ	决定某一通道是否有足够证据进入 ratio 和 kinetics。	弱通道 q-value 偏高，GroupQ 通过但单通道不稳定。	在 peptide / precursor 层过滤，不要只在蛋白层补救。
Report schema	保证 run、sequence、charge、ratio、q-value、RT、XIC linkage 可追溯。	缺少 run 或 XICDBID，无法定位异常峰。	建立专用 pSILAC-DIA report schema，并保存版本。
Peak boundary / apex RT	判断 light/heavy 是否共洗脱，时间点是否选到同一真实峰。	heavy 与 light 峰边界错位，不同时间点 apex 漂移异常。	回看 XIC、干扰评分和 transition 选择。
Excluded from quantification	判断某个 feature 是否被软件排除在定量之外。	被排除 feature 仍被 downstream 脚本拿去拟合 half-life。	导出并保留排除标记，在 KdeggeR 或自定义脚本前过滤。

Interpretation

从 ratio 到机制结论的四级过滤

相关研究的共同点是：不会直接从蛋白 abundance 跳到机制结论，而是逐层确认 peptide evidence、channel evidence、kinetic fit 和 pathway / complex context。这也是客户项目中最容易出错的地方。

1. 峰证据

先确认 peptide pair 是否可靠

light/heavy 是否共洗脱。
fragment traces 是否一致。
是否存在共碎裂或背景峰。

2. 通道证据

再确认 channel 是否能定量

ChannelQ 和 GroupQ 是否通过。
弱通道是否由真实峰支撑。
通道缺失是否集中在特定时间点。

3. 拟合证据

再看 degradation curve

peptide 间方向是否一致。
单一时间点是否过度拉动曲线。
half-life 是否超出实验时间窗可解释范围。

4. 生物学证据

最后进入 pathway / complex

复合体成员寿命是否协调。
磷酸化位点是否改变稳定性。
abundance 与 turnover 是否同向或反向。

Research progress

研究进展如何支撑上述方法

代表性文献适合放在技术路线之后阅读：每项研究都解决一个具体方法问题，包括 pSILAC-DIA 的可测性、复杂样本中同位素肽对选择性、 phosphorylation turnover 的解释、multiplex-DIA 的通道过滤，以及组织级 protein lifetime 图谱。

2020

proteome turnover 综述建立概念框架

系统区分合成、降解、half-life、translation rate 与 abundance，适合作为入门阅读的概念底座。

2020

pSILAC-DIA 建立蛋白降解测量框架

用 pulse SILAC 与 DIA-MS 联合测量 protein degradation，并将 turnover 与 mRNA abundance / isoform regulation 联系起来。

2021

BoxCarmax 提高同位素 peptide pair 选择性

针对常规 DIA 宽窗口对 isotope-labeled peptide pair 的干扰问题，优化高选择性 DIA 采集策略。

2021-2023

DeltaSILAC 连接 PTM 与 protein lifetime

把磷酸化位点对蛋白稳定性的影响从“修饰存在”推进到“修饰如何改变周转”。

2024

SPLAT 同时解析时间和空间

通过 dynamic SILAC 与 TMT 分馏信息，把蛋白更新速度与亚细胞定位联系起来。

2025

multiplex-DIA / KdeggeR 进入复杂表型

通过机器学习峰检测、通道级统计过滤和 KdeggeR，将 pSILAC-DIA 推进到多通道、多平台和复杂模型。

2025

Turnover-PPT 形成组织级图谱

在小鼠组织和脑区中同时观察 protein abundance、protein lifetime 和 phosphosite turnover。

Mol Syst Biol 2020

pSILAC-DIA / isoform-resolved degradation

用于理解 DIA 如何支撑高通量蛋白降解率测量。

原文与 DOI

Anal Chem 2021

BoxCarmax high-selectivity DIA

用于理解同位素 peptide pair 在复杂样本中的选择性问题。

PubMed 记录

Developmental Cell 2021

phosphorylation impact on protein turnover

用于理解 site-level PTM turnover 与 protein lifetime 的关系。

PubMed 记录

Nature Communications 2024

SPLAT: spatially resolved protein turnover

用于理解如何把 protein age 与 subcellular localization 放到同一套质谱读数中解释。

开放全文

Nature Communications 2025 / Cell 2025

multiplex-DIA 与 Turnover-PPT

用于理解多通道统计过滤、复杂表型和组织级图谱。

multiplex-DIA Turnover-PPT

Project checklist

pSILAC-DIA / multiplex-DIA 项目检查表

这份清单适合在项目启动前和 Spectronaut 报告导出后各检查一次。目标是保证后续 KdeggeR、半衰期拟合或自定义 downstream 分析不会建立在错误通道或不可回溯峰图上。

阶段	必须固定的内容	不合格信号	交付前判断
实验设计	标记方案、时间点、重复数、pooled bridge、预期 half-life 范围。	时间点太少，或所有时间点都落在预期曲线平坦区。	能否覆盖 fast / slow turnover 两类蛋白。
DIA 采集	窗口方案、RT 稳定性、质控样、是否需要高选择性采集。	同位素 peptide pair 干扰高，弱通道峰形不稳定。	是否需要 BoxCarmax 或更窄窗口策略。
Spectronaut 分析	FASTA、library、label definition、settings schema、report schema。	不同批次使用不同 schema 或通道命名。	是否能复现实验分组和轻重通道关系。
报告导出	run、sequence、charge、quantity、ratio、q-value、ChannelQ、GroupQ、RT、XIC linkage。	只导出 protein quantity，缺少 peptide / precursor 层证据。	异常 ratio 是否可以回到 XIC 追溯。
下游建模	过滤阈值、ratio recovery、拟合模型、残差、peptide 一致性。	低质量 peptide 被直接用于 half-life 或 k 值。	结论是否同时报告 abundance 与 turnover 的关系。

Spectronaut 21 说明书 Report schema 学习 Channel-specific FDR

Sources

文献与数据入口

以下入口用于继续阅读原文、核对数据集和回看 Liu Lab 对相关工作的说明。