实验设计
明确病例与对照的比较问题，并记录组织来源、处理条件和可用协变量。
方法应用示例
胰腺癌队列蛋白质组学方法示例
以组织队列研究为场景，设计 DIA 发现、候选筛选与独立验证的衔接流程。研究目标、对照、批次与临床变量应在分析前明确。
示例性质：方法应用示例，不代表已实施的真实项目或已获得的实验结果；候选蛋白不能直接作为临床诊断或治疗依据。
实验设计与判断边界
| 环节 | 操作要点 | 判断边界 |
|---|---|---|
| 发现研究 | 预先定义比较对象、纳入条件、样本处理和批次安排。 | 组织成分、批次与协变量可能影响差异结果。 |
| 候选复核 | 检查鉴定层级、FDR、定量一致性与异常样本。 | 统计显著不等同于可重复测量或临床有效。 |
| 独立验证 | 用独立样本与经验证的靶向测量方法复核候选。 | 验证设计应独立于候选筛选，不能重复利用同一数据替代外部验证。 |
采集策略
根据样本复杂度、项目通量与定量要求选择梯度和 DIA 方法，不预设所有队列都适合短梯度。
前处理控制
用代表性样本验证裂解、酶解、净化和自动化转移流程的一致性。
结果交付
保留实验设计、定量矩阵、QC、参数版本和候选证据，不把发现结果写成已验证的诊断产品。
技术摘要与资料依据
胰腺癌组织队列的方法应用示例：规划 DIA 发现、候选复核与独立验证，说明实验设计、批次、FDR 和定量质量要求；不代表已实施项目或已验证的临床结论。
参考文献提供方法学依据；具体实验组合和验证结果须由实际项目单独建立。
资料来源
- Targeted data extraction of the MS/MS spectra generated by data-independent acquisition（2012）
- Parallel reaction monitoring for high resolution and high mass accuracy quantitative, targeted proteomics（2012）
- Standard operating procedure combined with comprehensive quality control system for multiple LC-MS platforms urinary proteomics（2025）
审核团队：omicsolution/shygza