SISCAPA

SISCAPA、PRM 与绝对定量

SISCAPA 把 targeted proteomics 的特异性前移到样本处理阶段。在 SIS 内标、酶解、抗肽抗体免疫富集与 LC-PRM 的组合下，低丰度蛋白、复杂体液、膜蛋白和药效 readout 可以进入稳定可报告的定量区间。进入这一页后，需要同时建立三层认识：它与常规 PRM 的边界、它与校准曲线和绝对定量的关系，以及 SpectroDive 如何承接 panel、定量模型与最终报告。

从技术定位开始 Absolute Quantification

SIS + 免疫富集 + LC-PRM 复杂基质与低丰度靶标绝对定量与校准曲线 SpectroDive 报告链

6课程章节

2核心案例

3定量层级

SISCAPA 平台把 SIS、抗肽抗体富集与 LC-PRM 组织成面向复杂基质和低丰度靶标的 targeted 方案。

TrueSignature + SISCAPA对应临床转化、靶标验证和常规化 panel 结构。

灵敏度与定量范围这里直接对应 LLOQ、线性区间和复杂基质下的 panel 能力。

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Orientation

SISCAPA 在 targeted proteomics 中的位置

SISCAPA 代表 Stable Isotope Standards and Capture by Anti-Peptide Antibodies。它不是把 PRM 换一个名字，而是在 targeted MS 之前增加一层针对目标肽段的免疫富集，因此对应复杂基质、超低丰度 readout 和直接 LC-MS 难以稳定进入定量区间的场景。

技术定义

常规 PRM 主要依赖色谱分离、前体隔离和碎片离子特异性完成读数。SISCAPA 在此之前加入抗肽抗体捕获步骤，把目标肽从背景基质中优先拉出，再进入 LC-PRM 或 FAIMS-PRM 采集。结果不是简单的“信号更高”，而是背景噪声更低、可量化区间更长、低丰度目标更容易进入稳定报告范围。

适用问题

血浆、血清、CSF、dried blood spots 与组织裂解液中的低丰度蛋白
药效 readout、PD biomarkers、gene therapy 与临床转化验证
膜蛋白、降解产物、isoforms 与单点突变相关肽段
direct PRM 只能到 LOD、但尚未稳定进入 LLOQ 的目标

路线	对应场景	关键限制	核心输出
Direct PRM	目标丰度已可稳定采集，基质复杂度可控，panel 需要快速验证与常规监测。	复杂体液和超低丰度目标容易受 matrix noise 影响。	定量峰面积、calibration curves、panel 级结果。
SISCAPA-PRM	低丰度 biomarker、复杂体液、膜蛋白、药效 readout 和转化验证。	前处理复杂度更高，需要抗肽抗体、SIS 与标准化富集流程。	更低 LLOQ、可报告绝对定量、复杂基质中的高特异性读数。

流程主线

SIS、酶解、免疫富集与 targeted MS

SISCAPA 的主线包括加入 SIS 内标肽、完成蛋白酶解、用抗肽抗体捕获目标肽段，再把富集后的 analytes 送入 targeted MS。每一步都对应定量链里的特定职责。

SIS 内标肽

SIS 为定量提供锚点。目标肽和内标肽在后续提取、峰型比对与浓度回推中必须保持稳定关系，校准曲线和样本结果都以它为参考。

酶解与目标肽生成

SISCAPA 不是直接抓整蛋白，而是先酶解，再抓目标肽段。因此 proteotypic peptide 的选择会直接决定抗体开发、panel 结构和后续定量边界。

抗肽抗体免疫富集

抗体只富集 analytes of interest。复杂基质中的绝大部分背景不会被带入最终 LC-MS 读数，signal-to-noise ratio 会显著提升。

LC-PRM 与定量回推

进入仪器和软件阶段后，工作逻辑仍然回到 PRM：transition、XIC、reference channel、calibration curves、LLOQ / ULOQ、报告字段与 QC 历史。

SISCAPA 工作链网络图

点击节点可直接进入对应章节，把 SIS、酶解、免疫富集、LC-PRM、calibration curves 与 SpectroDive 组织成一条完整路径。

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Platform Stack

Orbitrap HRAM targeted、Exploris 与 FAIMS-PRM

SISCAPA 并不替代 targeted MS 本身，它把样本处理层的特异性前移后，仍然需要高分辨 targeted 平台完成前体隔离、碎片离子证据保留和定量回推。验证端最常见的仪器底座是 Q Exactive / Exploris 这一类 Orbitrap HRAM 平台；在复杂体液和超低丰度场景中，Exploris 480 与 FAIMS-PRM 的组合更常用于进一步压低背景干扰。

Orbitrap 平台家族与 targeted 验证仪器形态 — Q Exactive 到 Exploris 的平台演进，为 HRAM PRM、FAIMS-PRM 和绝对定量提供了常规化验证端底座。

低 pg/mL 级目标进入可报告区间后，最终仍由 calibration curves、accuracy、precision 和真实样本读数共同定义定量边界。

平台组合	主要作用	SISCAPA 的价值	软件与交付承接
Q Exactive / Exploris HRAM PRM	保留完整 fragment 证据，支持 targeted verification 与 routine absolute quantification	目标肽经富集后仍需要高分辨碎片离子证据来控制同位素干扰、共洗脱和复杂基质背景	SpectroDive 的 panel、review、report schema 与 QC
Exploris 480 + FAIMS-PRM	在复杂体液和超低丰度场景中进一步提升 background suppression	对应 CSF、plasma 与低 pg/mL 量级目标，尤其对应需要更长线性区间和更低 LLOQ 的项目	SpectroDive 的 absolute quantification、LLOQ / ULOQ、可报告范围
SISCAPA + Orbitrap HRAM targeted + SIS	把免疫富集、内标锚点和 targeted acquisition 组织成完整定量链	样本处理层与质谱层同时提升特异性与灵敏度，对应药效 biomarker 与转化验证	SpectroDive 的 calibration curves、workflow type、reporting 与 QC

为什么 SISCAPA 仍然要回到 Orbitrap HRAM targeted

抗体富集把目标肽从复杂背景中优先拉出，但最终可交付的 targeted 结果仍然建立在高质量前体隔离、完整碎片离子证据和稳定定量模型之上。Orbitrap HRAM targeted 让同一目标的多条碎片轨迹能够保留在同一轮 review 与 refinement 中；FAIMS-PRM 则在体液和超低丰度场景中继续压低背景。也就是说，SISCAPA 解决的是“目标能否被有效富集”，而 Orbitrap HRAM targeted 与 SpectroDive 继续解决“结果能否被稳定定量并进入报告”。

Orbitrap 平台专题 SpectroDive 平台链

Sensitivity

抗体富集如何扩展灵敏度与特异性

SISCAPA 的核心收益来自背景抑制与目标肽优先进入采集链。它解决的是 direct LC-MS 在复杂基质中“看得见但不稳定”或“能检出但不能定量”的问题，因此灵敏度提升应与 LOD、LLOQ、线性区间和报告边界一起理解。

复杂基质不是单纯的噪声问题

在血浆、CSF 和组织裂解液中，目标肽往往同时面临低丰度、共洗脱和离子抑制。SISCAPA 通过免疫富集把绝大部分不相关背景留在前处理阶段，从而让目标肽在 LC-MS 阶段拥有更高的有效占比。

LBA 与 direct LC-MS 之间的第三条路

与传统 ligand binding assays 相比，SISCAPA 保留了肽段级特异性、可多重化与 MS 可追溯性；与 direct LC-MS 相比，它显著改善 matrix interference、anti-drug antibody 影响和 epitope variability 带来的限制。

Direct PRM 与 SISCAPA-PRM 能力对照

重点比较复杂基质耐受、低丰度覆盖、绝对定量、方法复用和证据特异性。

灵敏度扩展的四个关键读数

LOD 解决“是否检出”的问题，LLOQ 解决“是否稳定定量”的问题，二者不能混读。
signal-to-noise 提升之后，calibration curves 才能把更多低浓度点纳入可量化区间。
复杂基质中最关键的不是多看几条 transition，而是先降低背景、再提高 targeted readout 的稳定性。
抗体富集不替代 PRM 的 review、校准曲线、report schema 与 QC，它只是把样本处理层纳入了整体定量模型。

Software Integration

SpectroDive 如何承接 SISCAPA 的 panel、校准曲线与报告

进入质谱和数据处理阶段后，SISCAPA 仍然遵循 targeted proteomics 的软件主线。panel、iRT、workflow type、reference channel、calibration curves、condition setup、review 与 report schema 都要继续保持一致。

阶段	SISCAPA 关注点	SpectroDive 承接点
Assay 设计	proteotypic peptides、SIS 序列、抗体靶点与 panel 字段结构。	Prepare 中的 panel 来源、Q1/Q3、RT / iRT、protein / peptide metadata。
采集与调度	LC-PRM 或 FAIMS-PRM，必要时结合 scheduled method。	Prepare 的 RT calibration、method export、SureQuant / PRM 配置。
绝对定量	标准样本、SIS 锚点、线性区间、LLOQ / ULOQ / LOD。	Analysis 中的 calibration curves、workflow type、reference channel、.ccs 文件。
结果交付	复杂基质中的定量是否达到可报告标准。	Reporting 中的 report schema、QC、字段层解释和最终交付边界。

Prepare 与 panel 文件

抗体富集不会改变 targeted panel 的管理要求。进入软件时，Q1/Q3、iRT、peptide metadata、library 来源和方法导出仍然是 panel 质量的基础。

Prepare

Analysis 与 absolute quantification

SISCAPA 把更多低浓度样本带进了可量化区间，但最终仍要回到 calibration curves、workflow type、LLOQ / ULOQ 与 review judgement。

Analysis

Reporting 与可交付边界

体液 biomarker 场景必须在 report schema 中明确哪些点处于可报告范围，哪些只代表检出而不代表稳定绝对定量。

Reporting

Case Studies

案例与定量读数

两个案例分别展示 SISCAPA 在膜蛋白和超低丰度体液 biomarker 场景中的价值。前者强调 low femtomol on-column 与多数量级线性范围，后者强调 pg/mL 级绝对定量与真实临床样本中的可测性。

Nav1.7 / Nav1.8：低丰度膜蛋白

在离子通道场景中，SISCAPA assay 进入 low femtomol on-column 量级，线性范围超过 3 个数量级，intra- / inter-assay CV 低于 15%。这类目标往往难以通过 direct LC-MS 或传统 LBA 稳定读出，因此更对应 immunoaffinity-MS 路线。

UBE3A：CSF 中的超低丰度 readout

UBE3A SISCAPA-MS assay 在 human CSF 中实现了 0.25–32 pg/mL 的定量区间，0.016 pg/mL 的真实灵敏度，准确度 98–106%，精密度 3–9%。在 post-mortem CSF 样本中，UBE3A 测得浓度位于 0.4–4 pg/mL，证明这一路线可以把超低丰度 readout 带入可报告区间。

案例	样本 / 目标	关键数字	软件与平台信息
Nav1.7 / Nav1.8	低丰度、膜相关离子通道蛋白	low femtomol on-column LOQ；>3 orders dynamic range；CV < 15%	SIS + custom anti-peptide antibodies + targeted MS
UBE3A in CSF	人脑脊液中的超低丰度 biomarker	0.25–32 pg/mL quantification range；0.016 pg/mL sensitivity；98–106% accuracy；3–9% precision	Hamilton STAR Plus；100 µL input；FAIMS-PRM；Evosep One + Exploris 480；SpectroDive 12

UBE3A 案例中的定量链

这一案例同时展示了三件事。第一，SISCAPA 的价值不只在于 immuno-enrichment，本质上还包括 SIS、calibration curves、QC levels 与 workflow governance。第二，自动化前处理和 targeted acquisition 必须同时进入方案设计，因此 Hamilton STAR Plus、EvoTips、FAIMS-assisted PRM 和 SpectroDive 12 被放在同一条链上。第三，真正可用于临床转化的结果必须同时报告 quantification range、accuracy、precision 和真实样本读数，而不是只给一个“检测到了”的结论。

Service Platform

从 targeted panel 走向超高灵敏服务能力

SISCAPA 放在 TrueSignature 这条服务链里更容易看清其位置。它不是替代 PRM，而是在 PRM 的基础上向低丰度、复杂基质和更严格的药效 / 临床 readout 继续扩展。对方案表达来说，这条路线把 peptide-level specificity、绝对定量和临床可迁移性放到了同一层。