本课定位
系统要求、Pulsar、Search Archive、外部库输入和支持的采集模式共同决定 SpectroDive 的使用边界。先把这些条件理清，后续的方法准备、分析复核和定量判断才会稳定。
SpectroDive 基础模块
SpectroDive 基础模块与 Library
这一课覆盖 SpectroDive 的入门主线，围绕
SpectroDive at a glance、General Information、Getting Started、
Structure、Library Perspective、Pulsar、
External Search Engines、External Library Import 和 Search Archives。
目标是先把靶向验证软件的输入资源、系统边界，以及谱库、外部结果和 Search Archive 的关系理清，再进入方法准备和分析模块。
基础环境到 Library 连续主课
Pulsar / Search Archives 主课
系统要求与谱库结构一并说明
基础环境与上手准备
Orientation
输入资源与 Library 思维
SpectroDive 并不是单纯“打开 raw file 看峰”的工具，而是一个围绕 panel、library、search archives 和 instrument method 建立起来的 targeted proteomics 平台。只有先理解这些文件关系，后面的 Prepare、Analysis 和绝对定量才不会变成机械操作。
在产品闭环里的位置
SpectroDive 的 Foundations 最好和 Spectronaut discovery、Auto 工作站以及标准 reference peptide kits 一起理解。这样你会更容易看懂：这里不是 discovery 起点，而是验证和方法开发的中枢。
基础模块结构
从系统准备、界面结构到 library engineering 与 Search Archives 的主线结构。
基础模块
General Information 与 Getting Started
这一课的核心内容包括软件范围、13 版特性、Windows 系统要求、安装后管理、支持仪器和支持的 acquisition methods。这些信息共同定义了方法边界与环境准备，而不是简单导语。
13 版更新主线
这里明确强调 Kuiper 提升 unspecific spectral library generation、引入 PTM probing、改进 calibration curve plot 和 command-line activation。这说明 SpectroDive 不再只是传统 PRM/MRM 工具，而在更灵活的 panel generation 和自动化方向上也在进化。
安装后的目录规划
和 Spectronaut 一样，这里明确要求把 temp 和 local search archives 放到本地大容量盘，尽量避免网络盘和虚拟机依赖。这不是 IT 细节，而是直接影响运行稳定性的条件。
| 主题 | 核心内容 | 对应判断 |
|---|---|---|
Scope |
软件同时覆盖 automated method set-up、signal processing 和 targeted data analysis | 知道 SpectroDive 不是只看峰，而是把 panel、方法导出、分析和交付串成一套系统 |
Release Features |
13 版重点是 unspecific panel generation、PTM probing、校准曲线可视化和命令行激活 | 知道这些更新分别影响 panel 设计灵活性、修饰验证、绝对定量读图和自动化部署 |
Requirements |
官方推荐 16 cores、128 GB RAM、本地高速大容量磁盘 | 能区分“demo 能跑”和“正式项目能稳定跑”是两回事 |
Post Installation |
temp、archives、results 路径最好放本地，尽量避免网络盘和 VM | 第一次部署时就会先规划目录，而不是等到报错了再迁移路径 |
Demo Data / Ready-made Panels |
它们可用于熟悉流程，但不代表真实 panel 复杂度、并发 transitions 压力和项目数据规模 | 不会把 demo 练习的速度和难度直接外推到正式验证项目 |
基础准备真正包含哪些信息
- Scope 先把软件定义成 automated MS acquisition method set-up、ion signal processing 和 targeted proteomics data analysis 平台，而不是单一分析器。
- 13 版特性按 unspecific panel generation、visualization、command-line activation 和 changed settings 四条线展开。这里不只是讲“升级了什么”，而是在讲 targeted 平台如何变得更灵活、更自动化。
- System requirements 明确写出 Windows-only、16 cores、推荐 128 GB RAM 和 2 TB 以上本地硬盘。这些信息在 targeted 工作流里尤其重要，因为 method export、search archive 和 calibration 文件都倾向于本地管理。
- Post-installation recommendations 紧接着讲 temp 和 local search archives 迁移、本地运行和避免 network drives / VMs，说明稳定性本身就是基础课的一部分。
- Getting Started 里 license key 计时、computer-bound activation、offline activation、demo data 和 ready-made assay panels 连在一起，目的是让第一次上手就能建立标准练习环境。
支持采集方式需要同时区分方法名称、适用场景与数据结构
MRM / SRM更像经典三重四极杆验证路线，重点是 transition 设计、dwell time 和调度密度，对应把灵敏度和稳健性放在第一位的靶向项目。PRM强调高分辨 MS/MS 全谱和更强的选择性，对应需要后期 review 和 fragment 复核的验证任务。SureQuant引入触发式 acquisition 思路，对应复杂基质、低丰度目标物和希望把 reference channel 真正纳入方法控制的场景。hybridDIA和prm-PASEF / FAIMS PRM说明 SpectroDive 不只是传统 PRM/MRM 平台，它也能覆盖更现代的 targeted acquisition 变体，因此必须把“workflow 选择”视为正式知识点。- 这张 supported methods 图最关键的，不是把方法名称背下来，而是能回答“当前目标物、仪器平台、样本复杂度和 throughput 要求，最匹配哪条路线”。
Structure
Structure 与模块分工
SpectroDive 的 Perspective 架构非常清楚。Prepare 管 panel 与 method，Analysis 管 review 与 refinement，Post Analysis / Report / QC 管解释和交付，Databases / Settings 则负责默认数据库、导入规则和全局设置。
Data Visualization 的交互入口
因为 SpectroDive 几乎每个关键图都支持交互、右键和导出。首先要知道这些图不是静态图片，否则会错过很多复核和排错入口。
Getting Started 的基础资源包
先整理出标准上手包，包括 demo data、许可证、ready-made assay panels 和 reference kits。这样无论什么时候回到这套软件，都能从同一套练习数据重新开始。
| Perspective | 主要对象 | 这层最该学会的动作 |
|---|---|---|
Prepare |
panel、RT calibration、method export | 把目标物设计成能在仪器上稳定运行的方法 |
Analysis |
raw files、peak groups、calibration curves、review tree | 判断峰是否可信、定量边界是否成立、哪些 assay 该 refine |
Post Analysis / Report |
统计图、schema、preview、export | 把 targeted 结果变成可解释、可交付的报告结构 |
QC |
run history、longitudinal metrics | 看懂长期稳定性，而不只是单次实验是否“勉强能过” |
Databases / Settings |
默认规则、import mapping、全局行为 | 把一次性操作沉淀成可复用的默认模板和统一规则 |
对应第 5.1 节：Perspective、Tree 和右侧图层分别在做什么
- Perspectives 是最高层，页内再通过 tabs 细分；每个页面通常是左树右信息区。这个结构意味着 SpectroDive 的核心不是“一个 wizard 跑到底”，而是多层对象之间的来回切换。
- Box 1 紧接着讲 data visualization 的交互能力，说明 plots 在这套软件里不是被动结果展示，而是 review、导出和排错的主动入口。
- 这一章首先要建立的结构是：在哪一层看 panel、在哪一层看峰、在哪一层看报表、在哪一层改默认行为。
Library
Library、Pulsar 与 Search Archives
虽然 SpectroDive 常被理解为 panel 与 PRM/MRM 软件，但 library 层同样重要。它决定 panel 的上游知识质量，也决定 later panel generation 与 targeted method 的边界。
Pulsar 的核心内容
Pulsar 在 SpectroDive 中的核心作用不只是“支持哪些 search modes”，而是它如何把 DDA、DIA、PRM with MS1 information 的搜索结果沉淀为 library 和 search archives。对 targeted 方法开发来说，这一层决定了 panel 不是凭空生成的。
Search Archives 的复用价值
Search Archives 能避免重复从 run files 重新搜索。这对平台化团队尤其重要，因为它直接关系到历史项目复用和 library 更新效率。
外部库与 labeled / spike-in library
这部分可直接放到商业 panel、历史 library 复用和参考通道工作流里一起理解。它与真实验证项目高度贴合。
步骤 1：确定 library 来源
先决定是从 Pulsar 建库、外部搜索结果建库，还是直接导入 external library。这个决定会影响后面字段质量、修饰命名和 FDR 控制方式。
步骤 2：把 Search Archives 一起规划
如果只想着“生成一个当前可用的库”，而没有把 Search Archives 作为长期文件一起管理，后续复用和扩库成本会显著上升。
步骤 3：理解 library-wide 规则
真正要理解的是 library-wide FDR、modification parsing、run mapping 和字段规范，而不是只看向导是否顺利 Finish。
步骤 4：再进入 panel generation
只有 library 层足够干净，Prepare 里生成的 panel 才会稳定。否则后面的 transition、RT 和 refinement 只是补救。
对应第 5.2 节：Library Perspective 的向导真正要求你准备什么
- 这一节先列三类主任务：Pulsar 建库、从 external search results 建库、导入 external library。这说明 targeted 平台同样把 library 视为正式文件，而不是可有可无。
- Pulsar 支持 DDA、DIA 和带全扫描 MS1 的 PRM，且能在多个 search rounds 中识别 co-fragmented peptides。同时明确指出 FDR 控制在 PSM、peptide 和 protein group 三层。
- Library generation wizard 的顺序是：experiment name、add runs、choose FASTA、choose Pulsar search settings、add search archives、choose library settings、summary / finish。也就是说，Search Archives 和 library-wide FDR 是标准建库流程的一部分。
Pulsar 建库的核心是把搜索结果变成 targeted 文件
- Pulsar 不是“为了建一个库而搜一下”，而是把原始 run、FASTA、搜索设置、Search Archives 和 library settings 组合成可复用的结果与配置文件。
- 对学生来说，最关键的不是所有参数名，而是理解三层 FDR、co-fragmented peptides 识别以及 library-wide 过滤的意义。因为这些决定了 panel 上游的真实性和后续 targeted 结果的可靠边界。
- 这一章的核心产出不是“会点 Pulsar 向导”，而是能说清 targeted panel 的可信度首先取决于 library 生成方式。
External Inputs
外部搜索结果与 External Library Import
这部分说明 SpectroDive 并不是封闭黑箱。只要字段格式和 run mapping 处理得当，它可以稳定承接外部 search engines、历史结果和自定义 generic formats。
外部搜索结果导入
重点不是支持名单本身，而是 run mapping、modification import 和 library settings 的补充逻辑。只有把这些关系理顺，外部结果承接才不会变成碰运气。
BGS Generic Format 与 External Import 的价值
它们说明 SpectroDive 允许把第三方生态的结果转成自己可管理的 谱库文件。这对多来源项目支持、合作项目承接和平台化运营都非常关键。
| 外部来源 | 对应场景 | 最常见风险点 |
|---|---|---|
| MaxQuant / Proteome Discoverer / Mascot 等搜索结果 | 已有成熟 discovery 搜索流程，想把结果迁入 targeted 平台 | run mapping、修饰命名、列名和 FDR 语义不一致 |
| BGS Generic Format | 合作方数据或内部自定义表格需要统一进 SpectroDive | 列缺失、同义列未保存、导入后对象层级不完整 |
| External Spectral Library | 复用商业 panel、历史项目库或合作单位库 | 字段兼容、修饰解析和后续 panel 细化规则不统一 |
按 5.2 后半段顺序展开：外部结果、generic format 和导入管理器是怎么衔接的
- supported search engines 与所需结果文件、run mapping、PTM annotations 和 BGS Generic Format 先后连成一条导入链，说明外部结果承接的难点在于字段和 run 对齐，而不是点哪个按钮。
- 如果自动 run mapping 失败，就要手动
Assign Shotgun Files…。这一步和后面的 table import / parsing rule 是连起来的，都是为了把外部生态规范成 SpectroDive 可管理对象。 - Import Manager 能自动识别或手动保存列名同义词，意味着软件默认支持“把历史格式逐步标准化”，而不是要求所有外部 panel 或 library 一开始就完美兼容。
Search Archives
Search Archives 与结果复用
虽然 Search Archives 更常在 Spectronaut 里被提起，但 SpectroDive manual 也明确把它纳入 library generation 流程中。这意味着验证软件同样需要历史搜索结果，而不应该每次从零开始准备。
需要单独理解的原因
因为它直接解决了“以前已经搜过的 runs 怎么安全复用进新 library”的问题。如果不理解这一点，团队很容易反复重搜、反复重复劳动。
在模块结构中的位置
如果你更关注平台管理、项目复用和计算资源管理，这一部分值得反复看。它关系到 library 生命周期和搜索结果沉淀，而不只是单次分析速度。
| Search Archive 类型 | 它保存什么 | 对应能力 |
|---|---|---|
Complete Search Archive |
完整保存单个搜索的 FDR 过滤前搜索信息 | 这是最基础、最可复用的搜索结果，对应后续扩库和重新组合 |
Meta-Search Archive |
把多个 archives 再组织成更高层的组合结果 | 说明 Search Archives 不是缓存目录，而是分层管理的知识库 |
| Archives + 新 runs 组合 | 旧搜索结果与新数据一起重新控制 library-wide FDR | 正式项目里最有价值，因为它能避免每次扩库都从零开始 |
对应 Box 2：Search Archives 解决的到底是哪类重复劳动
- 这一节专门解释：过去若想把旧 runs 并入新 library，常常需要从头重搜，既耗时又耗算力；Search Archives 的出现，就是为了解决这个重复劳动。
- Search Archives 保存的是 FDR 过滤前的搜索信息，因此多个 archives 或 archives 加 runs 可以被重新组合，并在 library-wide 层面重新控制 FDR。
- 同时区分 complete Search Archives 与 meta-Search Archives，说明这不是简单缓存文件，而是分层组织的搜索记录结构。
什么时候该复用 archives，什么时候应该重新建库
- 如果新增的是相同类型 run、相近色谱和同一条生物学问题线，优先考虑在旧 archives 基础上扩充，这样能保留历史搜索结果并重新做 library-wide 控制。
- 如果 FASTA、修饰空间、酶切规则或 panel 设计目标已经根本变化，就不应只依赖旧 archives 拼接，而应重新评估 library generation 策略。
- 因此 Search Archives 最好的定位，不是“永远替代重搜”，而是“把可复用的搜索层显式沉淀下来，让你在扩库时不必盲目从头来过”。
Next Steps
后续模块
当系统环境、Pulsar、Search Archives、外部库输入以及谱库和搜索记录的关系已经理顺，下一步就进入 Prepare 模块处理 panel、RT calibration 和 method export；再进入 Analysis 模块处理 review、绝对定量和 refinement。
Prepare 模块
继续查看 panel generation、RT calibration、method export 和 SureQuant。
Analysis 模块
继续查看 targeted analysis、absolute quantification、review 和 refinement。
进入模块总览
对照模块结构、附录和 figure atlas 继续查阅。