缩写速查

蛋白质组学缩写速查表

蛋白质组学常见缩写按英文全称、中文语境、使用边界和对应技术入口组织。阅读论文、检查软件报表或沟通项目方案时，应先判断缩写所属层级。

速查原则 方法缩写决定实验路线；统计缩写决定结果可信度；软件字段缩写决定报表能否正确解释。

对应场景

缩写表解决什么问题

缩写表把方法缩写、统计缩写、空间与单细胞缩写、软件字段缩写重新接回各自的技术语境，避免跨层误读。

你看到的缩写类型	通常意味着什么	对应页面
DIA / DDA / PRM / MRM	方法路线缩写，关系到 discovery 与 verification 判断。	方法与 QC
FDR / CV / QC / LLOQ	统计与质量控制缩写，关系到结果可信度。	QC 指南 / 方法与 QC
SCP / ROI / LMD	前沿与空间相关缩写，关系到单细胞和空间专题理解。	前沿专题
XIC / Cscore / iRT	软件与报表相关缩写，关系到软件实操与字段阅读。	软件操作

阅读顺序

同一个缩写在不同语境下可能指向完全不同的问题。先分层，再查全称，最后回到实验或软件页面确认用法。

DIA、DDA、PRM、MRM、plexDIA、SISCAPA 决定样本如何采集、是否用于 discovery 或 targeted verification。

FDR、Q-value、CV、Missing、LLOQ、LOD 用于判断鉴定、定量和绝对定量结果能不能报告。

PG、PEP、FG、XIC、RT、iRT、Q1/Q3、XICID 等对应软件对象、峰轨迹、保留时间和报表字段。

SCP、Spatial、PTM、Turnover、Biomarker、OmicsCloud 对应低输入、组织空间、修饰、动态变化和云端交付。

常见混淆

以下缩写经常在方案、报告和软件字段里一起出现，但含义不能互换。

DIA 和 DDA 是 discovery 采集路线；PRM 和 MRM 更偏 targeted 验证。看到这些缩写时，先判断项目目标是发现、建库还是验证。

FDR 是错误控制框架，Q-value 是对象层级的阈值读法，Cscore 是软件打分。高分不等于结果已可报告，还要看 q-value、峰型和对象层级。

CV 反映重复性，Missing 反映矩阵完整性，Batch 反映非生物差异。大队列项目不能只用鉴定数评价质量。

LOD 是能检出，LLOQ 是能可靠定量，ULOQ 是定量上限。绝对定量报告必须区分“看见了”和“可定量”。

RT 是实际保留时间，iRT 是标准化保留时间体系，XIC 是提取离子流色谱。三者共同影响峰提取、调度方法和结果复核。

这些是应用方向，不是普通数据分析按钮。它们分别强调低输入、组织位置和修饰位点，质量控制和解释方式都不同。

完整速查

结果卡片会同时显示英文全称、中文含义、使用场景、常见误读和相关术语。

软件字段

Spectronaut 和 SpectroDive 字段通常把对象层级写进字段名前缀。不要只记缩写，应同时确认它属于 protein group、peptide、precursor、fragment 还是 run 层。

字段或缩写	阅读重点	使用边界
PG / PEP / FG / Fragment	分别对应蛋白组、肽段、前体或特征、碎片层级。	不同层级的 q-value、强度和缺失率不能直接混读。
XIC / XIC-DB / FG.XICDBID	连接报表对象与真实离子轨迹，用于峰型复核。	适合复核异常峰、低丰度目标和争议结果。
Q1 / Q3 / Dwell / Cycle	靶向方法设计字段，决定 transition、采样点和信噪比。	用于 SpectroDive panel、PRM/MRM 和方法导出。
Schema / Normal / Pivot	报表模板与输出形态，决定后续统计和交付方式。	长格式 Normal Report 更适合脚本和数据库处理。