实验对照
保留生物学重复、处理顺序与必要的蛋白总量测量。
方法应用示例
磷酸化蛋白质组学方法示例
从修饰保留、富集、采集和位点定位设计磷酸化研究，并将位点定量与蛋白总量分开解释。
示例性质：方法应用示例，不代表已实施的真实项目或已获得的实验结果；不包含产品性能承诺。
实验设计与判断边界
| 环节 | 操作要点 | 判断边界 |
|---|---|---|
| 样本与富集 | 控制修饰保留条件，验证富集选择性和批次重复性。 | 富集改变可观察的肽段集合，不能代表所有修饰位点均被覆盖。 |
| 鉴定与定位 | 分别检查肽段鉴定与位点定位的置信度。 | 肽段可靠不自动意味着具体修饰位点定位可靠。 |
| 定量与解释 | 结合蛋白总量、重复和统计模型解释位点变化。 | 位点丰度变化不能直接等同于占位率、激酶活性或因果机制。 |
参数记录
记录 FASTA、修饰搜索空间、软件版本和过滤层级。
位点报告
保留定位证据和定量对象，明确位点合并与缺失值规则。
机制验证
通路或激酶候选需要独立实验支持，不能仅凭富集结果确立机制。
技术摘要与资料依据
磷酸化蛋白质组学方法应用示例：从修饰保留、富集和位点定位规划实验，区分位点丰度、蛋白总量与机制推断；不代表已实施项目、实验结果或产品性能承诺。
参考文献提供方法学依据；具体实验组合和验证结果须由实际项目单独建立。
资料来源
- A data-independent acquisition-based global phosphoproteomics system enables deep profiling（2021）
- Biognosys Spectronaut 21 官方说明书
审核团队：omicsolution/shygza