Spectronaut 21 第 3 章

小节 3.1

3.1 界面结构

本节覆盖 Perspective、tabs、tree、grid view、right panel 等内容，重点是把功能入口、输入资源、设置边界和结果检查方式对应起来。

功能定位

Spectronaut 的主结构是 Perspective。每个 Perspective 负责一个工作阶段，内部再通过 tabs、tree、grid、plot 和 right panel 展示数据。进入软件后，先确认自己当前所在的 Perspective，再判断中央图、左侧树和下方面板分别在描述哪个对象层级。

整体布局与工作区域

Figure 3 对应软件的整体界面骨架。最上方是不同 Perspective 的入口；中央区域由 page、tab、tree、node、view 和 right panel 组成，分别承担导航、对象筛选和结果查看。

`Perspective` 决定当前工作阶段，例如 Library、Analysis、Report 或 QC。
`Tree` 和 `Node` 用于在 experiment 内切换 protein group、peptide、precursor、run 等对象。
`Right panel` 负责显示当前选中对象的明细字段、统计信息和导出入口。

Figure 3：Spectronaut 整体界面结构，标出 perspectives、page、tab、views、node、tree 和 right panel。 — Figure 3. Spectronaut general layout structure. 先记住 `Perspective`、`Tree`、`Node`、`Views` 和 `Right panel` 的位置，再进入后续模块。

Tooltip 与右键菜单

Figure 4 说明软件里大量功能不是放在固定按钮栏，而是通过悬停提示和右键菜单暴露。遇到某个图、表格或树节点看不懂时，先悬停看 tooltip，再右键看该对象支持的操作。

悬停可快速看到字段解释、对象含义和统计值来源。
右键菜单常用于激活上下文功能，例如导出、过滤、重算、删除或跳转。
只看中央图而不检查 tooltip / 右键菜单，会漏掉很多关键操作入口。

Figure 4：悬停提示与右键菜单示例。 — Figure 4. Spectronaut contains tooltips and menus when you hover over some elements or right-click on them.

Warning 信息的判断

第 20 页还给了一个单独的 warning 示例。不是所有 warning 都代表分析失败；有些只是提示当前 experiment 缺少输入或映射关系，需要先判断它是信息提示、可忽略警告，还是必须处理的输入错误。

先读 warning 的对象范围，例如 raw file、run mapping、library 或条件结构。
warning 若指向缺失输入，优先回到对应 Perspective 修正，而不是继续往后跑流程。
warning 若只是提示当前状态，记录原因即可，不必把它误判成分析崩溃。

第 20 页 warning 示例：Raw File Missing。 — 第 20 页 warning 示例。`Raw File Missing` 这类提示需要先判断是映射缺失、路径错误，还是暂未完成 run 对应关系。

Log tabs、warning 和 error

Figure 5 说明 Analysis 和 Library 都有独立日志区域，消息会分成 `Errors`、`Warnings` 和 `Messages` 三类标签。出现异常时，不要只看弹窗，要进入对应 Perspective 的 log tabs 看完整执行记录。

`Messages` 记录 pipeline 的正常执行步骤。
`Warnings` 用于标记可能影响结果但不一定中断流程的问题。
`Errors` 用于定位真正导致 library generation 或 DIA analysis 中断的失败步骤。

Figure 5：Analysis 和 Library log 将 messages、warnings、errors 分开显示。 — Figure 5. The analysis and library log shows messages, warnings, and errors in separate tabs.

使用流程

先确认当前所在的 Perspective，再定位 page、tab、tree、node 和 right panel。
在 Analysis 中用 tree 和 grid view 对照同一对象，避免只看中央图而丢失层级信息。
在图谱区优先检查 tooltip、右键菜单和 floating plots，确认当前图展示的是哪一层结果。
出现异常时进入 Analysis 或 Library 的 log tabs，区分 message、warning 和 error。

判断与注意事项

能说清当前所在 Perspective、当前选中层级，以及当前图谱对应的对象。
不要只看中央图；必须同时对照左侧 tree、当前 tab 和 right panel。
遇到异常时先看 `Warnings` 和 `Errors`，不要跳过 log tabs 直接重跑。
确认导出字段粒度与下游分析目标一致，再决定继续停留在当前 Perspective 还是切换到 Report / Post Analysis。

详细功能点索引

功能条目：Perspective、tabs、tree、grid view、right panel、tooltips、right-click menus、log messages、warnings、errors。

使用时重点核对这些入口分别对应的对象层级、输入来源、设置边界、输出图谱，以及它们是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 一致。

`Show error logs` 可从 Library、Analysis 或 About 入口查看完整日志；分析失败时应优先导出并保存错误日志，再定位是输入缺失、设置冲突还是流程执行错误。

小节 3.2

3.2 开始前检查

本节覆盖 run files、library 或 FASTA、GO annotation、settings schema、condition 命名等内容，重点是把功能入口、输入资源、设置边界和结果检查方式对应起来。

功能定位

开始前检查是为了避免分析中途才发现输入资源缺失。DIA 项目至少需要 raw files、library 或 FASTA、settings schema、condition 结构和输出路径。

使用流程

列出所有 raw files 并检查命名。
确认使用 library-based DIA 还是 directDIA。
准备 FASTA、GO annotation、settings schema。
定义 condition、replicate、batch 和 channel 信息。

判断与注意事项

输入资源与实验设计一一对应，且命名能被后续 report 和统计识别。
condition 命名临时手填，导致 post analysis 统计结构混乱。
FASTA 或 GO annotation 版本没有记录。
检查 library 来源、修饰解析、iRT 和 protein 信息。

功能点说明

run files
library 或 FASTA
GO annotation
settings schema
condition 命名
输出路径

功能条目 1：run files（操作场景 1）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 2：DIA 需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 3：GO annotation（操作场景 3）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

小节 3.3

3.3 Library 模块

本节覆盖 Library Generation from Pulsar、Search Archive、external search engines、BGS Generic Format、external library import 等内容，重点是把功能入口、输入资源、设置边界和结果检查方式对应起来。

功能定位

Library Perspective 是 Spectronaut 的知识库层。它把 Pulsar 搜索、外部搜索结果、外部 library、Search Archive、修饰解析和合库整合成后续 DIA 分析可用的谱库资源。

Search Archive 保存搜索结果，可用于复用和合库，不应被理解为普通临时缓存。

使用流程

Pulsar 建库：选择原始数据、FASTA、酶切和修饰设置，生成 search archive 与 library。
外部搜索导入：根据 MaxQuant、Proteome Discoverer、ProteinPilot、Mascot、mzIdentML 或 BGS Generic Format 检查字段。
外部 library 导入：检查 precursor、fragment、protein、iRT、modification 和 decoy 信息。
合库：确认来源兼容、修饰命名一致、protein grouping 可解释。
QC kit：从稳定 library 中生成 sample-specific QC panel。

判断与注意事项

library overview 中条目数量、修饰、iRT、protein 信息和来源符合项目预期。
合库后没有明显重复、冲突或异常丢失。
Search Archive 路径可追溯，团队成员能复用。
外部 library 字段未对齐就导入。
修饰命名不一致导致同一 peptide 被拆成多个实体。
合并来源差异很大的 library 后不做 overview 检查。
记录 settings schema、软件版本和项目适用范围。
确认导出字段粒度与下游分析目标一致。
检查 FDR、q-value 和过滤阈值是否与项目标准一致。
检查 library 来源、修饰解析、iRT 和 protein 信息。

功能点说明

Library Generation from Pulsar
Search Archive
external search engines
BGS Generic Format
external library import
library columns
modification parsing
merging libraries
library overview
labeled 或 spike-in library
Quality Control Kit

功能条目 1：Library / Library Perspective 需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 2：Pulsar 需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 3：external search engines（操作场景 3）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 4：BGS Generic Format（操作场景 4）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 5：Library / Pulsar 需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 7：Pulsar / DIA 需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 8：merging libraries（操作场景 8）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 11：Quality Control Kit（操作场景 11）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 13：Generate Library from Pulsar… / Library / Pulsar / Library Perspective 需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 14：Search Archive 需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 15：BGS Generic Format（操作场景 15）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 16：external library import（操作场景 16）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 17：library columns（操作场景 17）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 18：Generate Library from Pulsar… / Pulsar / Library / Library Perspective 需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 19：merging libraries（操作场景 19）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 20：library overview（操作场景 20）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 21：Add Runs from File… / Add Runs from Folder… 需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 22：Quality Control Kit（操作场景 22）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 23：Library Generation from Pulsar（操作场景 23）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 24：Library / FASTA / Search Archive 需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 25：Fasta File… / FASTA 需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 26：BGS Generic Format（操作场景 26）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 27：Import… / FASTA 需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 28：library columns（操作场景 28）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 29：Search settings… / Pulsar / Settings / Choose Pulsar Search Settings 需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 30：merging libraries（操作场景 30）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 31：library overview（操作场景 31）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 32：labeled 或 spike-in library（操作场景 32）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 33：Quality Control Kit（操作场景 33）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 34：Library 需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 35：Search Archive（操作场景 35）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 36：external search engines（操作场景 36）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 37：BGS Generic Format（操作场景 37）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 38：external library import（操作场景 38）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 39：library columns（操作场景 39）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 40：iRT 需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 42：library overview（操作场景 42）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 43：labeled 或 spike-in library（操作场景 43）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 44：FASTA 需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 45：Library Generation from Pulsar（操作场景 45）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 46：Search Archive（操作场景 46）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 47：Databases / Databases Perspective / *.goa 需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 48：BGS Generic Format（操作场景 48）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 49：external library import（操作场景 49）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 50：Pulsar / Library / Search Archive / Library Perspective 需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 51：modification parsing（操作场景 51）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 52：merging libraries（操作场景 52）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 53：library overview（操作场景 53）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 54：labeled 或 spike-in library（操作场景 54）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 55：View Live Log… 需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 56：Library Generation from Pulsar（操作场景 56）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 58：Library / Settings / FASTA / Pulsar 需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 59：BGS Generic Format（操作场景 59）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 60：external library import（操作场景 60）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 61：PTM / MascotTM Table 需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 62：modification parsing（操作场景 62）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 63：merging libraries（操作场景 63）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 65：labeled 或 spike-in library（操作场景 65）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 66：Quality Control Kit（操作场景 66）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 67：Library Generation from Pulsar（操作场景 67）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 68：Generate Spectral Library from… / Library / Library Perspective / Spectral Library 需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 69：external search engines（操作场景 69）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 70：BGS Generic Format（操作场景 70）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 71：Assign Shotgun Files… 需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 72：Library / Settings / Library Settings 需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 73：modification parsing（操作场景 73）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 75：library overview（操作场景 75）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 76：Databases / Databases Perspective 需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 77：Load 需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 79：Search Archive（操作场景 79）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 80：Settings / Settings Perspective 需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 81：BGS Generic Format（操作场景 81）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 82：external library import（操作场景 82）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 84：modification parsing（操作场景 84）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 85：merging libraries（操作场景 85）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 86：_FDR / Unified Modification Catalog.xlsx / Library / *.xml 需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 87：Library / Spectral Library 需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 88：Quality Control Kit（操作场景 88）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 89：Library Generation from Pulsar（操作场景 89）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 90：Search Archive（操作场景 90）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

小节 3.4

3.4 Analysis 模块

本节覆盖 library-based DIA、directDIA、Modification Probing Search Mode、Method Evaluation、directDIA+ 等内容，重点是把功能入口、输入资源、设置边界和结果检查方式对应起来。

功能定位

Analysis Perspective 是 DIA 分析主引擎。它负责创建实验、选择 workflow、加载 raw files、绑定 library/FASTA/settings、定义 conditions，并在结果生成后提供多层级复核。

使用流程

Library-based DIA：选择 run files 和 spectral library，设置 DIA Analysis Settings，必要时添加 FASTA 和 GO annotation。
directDIA：选择 run files、FASTA 和 directDIA settings；directDIA+ 可在速度和深度之间取舍。
PTM Probing：用于已知或未知修饰探索，需控制搜索空间和定位解释。
Method Evaluation：用于方法比较，不直接等同正式定量实验。
plexDIA/multi-channel：先定义 channel set、reference、condition 和 replicate。
Review：检查 run-level plots、tree filtering、experiment tab options、ISF、人工修正和 library refinement。

判断与注意事项

workflow 与采集方式和输入资源匹配。
conditions、replicates、channel set 和 reference 结构正确。
review 图谱支持识别和定量结论。
人工修正有谱图证据，并在 q-value 重新计算和 Post Analysis refresh 后保存。
把 Method Evaluation 输出当正式定量结果。
未定义 condition 就进入差异分析。
只看 protein group 数，不看 RT、mass error、XIC 和 fragment 证据。
记录 settings schema、软件版本和项目适用范围。
确认导出字段粒度与下游分析目标一致。
检查 FDR、q-value 和过滤阈值是否与项目标准一致。
检查 library 来源、修饰解析、iRT 和 protein 信息。
检查 condition、replicate、channel 和 reference 结构。
将 XIC 图谱与 precursor、fragment、run 和 RT 语义对应。

功能点说明

library-based DIA
directDIA
Modification Probing Search Mode
Method Evaluation
directDIA+
Configure Conditions
Labeled Workflows / plexDIA
multi-channel condition setup
PTM workflow
reviewing analysis
Analysis plots
tree filtering
Experiment tab options
In-Source Fragmentation
人工修正
library refinement

功能条目 1：Analysis / Analysis Perspective 需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 2：DIA 需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 3：Modification Probing Search Mode（操作场景 3）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 4：Method Evaluation（操作场景 4）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 5：Analysis / DIA 需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 6：Configure Conditions（操作场景 6）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 7：Finish / Analysis / Analysis Perspective 需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 8：iRT 需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 9：PTM workflow（操作场景 9）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 10：reviewing analysis（操作场景 10）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 11：Analysis plots（操作场景 11）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 12：tree filtering（操作场景 12）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 13：Experiment tab options（操作场景 13）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 14：In-Source Fragmentation（操作场景 14）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 15：人工修正（操作场景 15）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 16：DIA / Library / Analysis / DIA Library-based Analysis 需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 17：library-based DIA（操作场景 17）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 20：Set up a DIA Analysis from… / library-based / DIA / Analysis 需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 21：directDIA+（操作场景 21）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 22：Configure Conditions（操作场景 22）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 23：Labeled Workflows / plexDIA（操作场景 23）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 25：Assign Spectral Library… / Library / Assign Spectral Library 需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 26：reviewing analysis（操作场景 26）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 27：Analysis plots（操作场景 27）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 28：FASTA 需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 29：Experiment tab options（操作场景 29）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 30：Library / Library Perspective 需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 31：人工修正（操作场景 31）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 32：Load 需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 33：DIA / Analysis / Settings / DIA Analysis Settings Schema 需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 34：directDIA（操作场景 34）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 35：Modification Probing Search Mode（操作场景 35）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 36：Settings / BGS Factory Settings 需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 37：directDIA+（操作场景 37）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 39：Labeled Workflows / plexDIA（操作场景 39）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 40：DIA / Analysis / Settings / DIA Analysis Settings 需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 41：Analysis / Post Analysis 需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 42：reviewing analysis（操作场景 42）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 43：Analysis plots（操作场景 43）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 44：tree filtering（操作场景 44）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 45：Finish 需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 47：Analysis / library-free / DIA 需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 48：DIA / FASTA 需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 50：Settings / Global Settings 需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 51：directDIA 需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 53：Set up a directDIA Analysis… / directDIA / Analysis / Analysis Perspective 需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 54：Configure Conditions（操作场景 54）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 55：Labeled Workflows / plexDIA（操作场景 55）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 56：multi-channel condition setup（操作场景 56）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 58：reviewing analysis（操作场景 58）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 59：Analysis plots（操作场景 59）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 60：tree filtering（操作场景 60）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 61：Experiment tab options（操作场景 61）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 65：library-based DIA（操作场景 65）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 66：directDIA（操作场景 66）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 69：directDIA+（操作场景 69）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 72：PTM / Modification Probing Search Mode 需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 73：PTM / PTM Probing Search Mode 需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 74：directDIA / DIA / Method Evaluation Workflow 需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 75：directDIA / Pulsar / DIA 需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 76：tree filtering（操作场景 76）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 77：DIA / directDIA 需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 82：directDIA（操作场景 82）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 85：directDIA / PTM 需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 86：PTM / directDIA 需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 88：multi-channel condition setup（操作场景 88）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 89：PTM workflow（操作场景 89）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 90：reviewing analysis（操作场景 90）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

小节 3.5

3.5 Post Analysis 模块

本节覆盖 Analysis Overview、Scoring Histograms、Analysis Details、Differential Abundance、Candidates table 等内容，重点是把功能入口、输入资源、设置边界和结果检查方式对应起来。

功能定位

Post Analysis 把定量矩阵转成统计和生物学解释。它不是单纯画图，而是围绕 condition、replicate、candidate、GO、PCA、heatmap、volcano 和 PTM analysis 建立结果判断。

使用流程

先看 Analysis Overview 和 scoring histograms，确认整体质量。
查看 Candidates table，理解 fold change、p-value/q-value、过滤状态和注释。
用 PCA 检查分组、异常样本和批次。
用 GO enrichment / clustering 汇总功能主题。
用 volcano、heatmap 和 PTM plots 展示差异结构。

判断与注意事项

样本分组在 PCA 中有合理结构，异常点能解释。
差异候选通过统计阈值且有足够数据完整性。
PTM site 变化与 protein abundance 变化分开解释。
condition 设置不正确时继续解释差异结果。
把 PTM site fold change 直接等同 protein fold change。
记录 settings schema、软件版本和项目适用范围。
确认导出字段粒度与下游分析目标一致。
检查 FDR、q-value 和过滤阈值是否与项目标准一致。
检查 library 来源、修饰解析、iRT 和 protein 信息。
检查 condition、replicate、channel 和 reference 结构。

功能点说明

Analysis Overview
Scoring Histograms
Analysis Details
Differential Abundance
Candidates table
PCA
GO Enrichment
GO Clustering
Differential Abundance Plots
PTM analysis
Modification Enrichment
PTM vs Protein Fold Changes

功能条目 1：Analysis / Post Analysis Perspective The Post Analysis 需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 2：Scoring Histograms（操作场景 2）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 3：PTM 需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 5：Candidates table（操作场景 5）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 6：PCA（操作场景 6）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 7：GO Enrichment（操作场景 7）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 8：GO Clustering（操作场景 8）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 9：Differential Abundance Plots（操作场景 9）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 10：PTM analysis（操作场景 10）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 11：Analysis 需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 12：PTM vs Protein Fold Changes（操作场景 12）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 13：Analysis Overview（操作场景 13）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 15：Analysis Details（操作场景 15）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 16：Differential Abundance（操作场景 16）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 17：Analysis / Post Analysis Perspective 需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 18：PCA（操作场景 18）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 19：GO Enrichment（操作场景 19）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 20：GO Clustering（操作场景 20）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 21：Differential Abundance Plots（操作场景 21）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 22：PTM analysis（操作场景 22）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 24：Analysis / iRT 需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 25：Analysis Overview（操作场景 25）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 26：Scoring Histograms（操作场景 26）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 27：Analysis Details（操作场景 27）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 28：Differential Abundance（操作场景 28）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 29：iRT 需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 31：GO Enrichment（操作场景 31）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 32：GO Clustering（操作场景 32）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 33：Differential Abundance Plots（操作场景 33）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 34：PTM analysis（操作场景 34）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 35：Modification Enrichment（操作场景 35）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 36：PTM vs Protein Fold Changes（操作场景 36）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 37：Analysis Overview（操作场景 37）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 38：Scoring Histograms（操作场景 38）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 39：Analysis Details（操作场景 39）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 40：Export Table… / Export Table 需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 41：Candidates table（操作场景 41）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 42：PCA（操作场景 42）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 43：Analysis / Principal Component Analysis Principal Component Analysis 需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 44：Analysis / Principal Component Analysis 需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 45：Differential Abundance Plots（操作场景 45）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 46：PTM analysis（操作场景 46）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 47：Modification Enrichment（操作场景 47）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 48：PTM vs Protein Fold Changes（操作场景 48）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 49：Analysis Overview（操作场景 49）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 50：Databases / Databases Perspective 需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 51：Analysis Details（操作场景 51）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 52：FASTA 需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 53：Candidates table（操作场景 53）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 54：PCA（操作场景 54）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 55：GO Enrichment（操作场景 55）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 56：GO Clustering（操作场景 56）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 57：Differential Abundance Plots（操作场景 57）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 58：PTM analysis（操作场景 58）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 59：Modification Enrichment（操作场景 59）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 60：PTM vs Protein Fold Changes（操作场景 60）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 61：Analysis Overview（操作场景 61）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 62：Scoring Histograms（操作场景 62）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 63：Export Table 需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 64：Differential Abundance（操作场景 64）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 65：Candidates table（操作场景 65）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 66：PCA（操作场景 66）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 67：GO Enrichment（操作场景 67）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 68：GO Clustering（操作场景 68）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 69：Differential Abundance Plots（操作场景 69）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 70：PTM analysis（操作场景 70）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 71：Modification Enrichment（操作场景 71）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 72：PTM vs Protein Fold Changes（操作场景 72）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 73：Analysis Overview（操作场景 73）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 74：Scoring Histograms（操作场景 74）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 75：wins 需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 76：Differential Abundance（操作场景 76）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 77：Start Clustering… 需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 78：PCA（操作场景 78）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 80：GO Clustering（操作场景 80）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 81：Differential Abundance Plots（操作场景 81）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 83：Volcano Plot 需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 84：Analysis / Post Analysis 需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 85：Analysis Overview（操作场景 85）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 86：Scoring Histograms（操作场景 86）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 87：Analysis Details（操作场景 87）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 88：Differential Abundance（操作场景 88）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 90：PCA（操作场景 90）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

小节 3.6

3.6 Report 模块

本节覆盖 Report Schemas、Normal Report、Run Pivot Report、PTM site report、protein group、peptide、precursor、fragment、run、condition 和 PTM 字段粒度等内容，重点是把功能入口、输入资源、设置边界和结果检查方式对应起来。

功能定位

Report Perspective 用 schema 控制导出字段。不同 report 类型对应不同数据粒度：Normal report 适合 long format，Run Pivot report 适合矩阵，PTM site report 适合位点层解释。

使用流程

先确定报告用途：客户交付、下游统计、QC、PTM site、自动化或二次开发。
选择 report schema，并确认 PG、PEP、EG、FG、Run、Condition、PTM、ISF 字段。
导出前检查字段粒度是否一致，避免 protein、peptide、precursor 混合后重复计数。

判断与注意事项

导出的表能支持下游分析，不缺少 quantity、quality、identity、condition 和 annotation 字段。
PTM 项目保留 site location、site probability、stoichiometry 和 site-level statistics。
只导出数量字段，缺少 q-value、c-score、condition 或 protein annotation。
把 run pivot 矩阵和 long format report 混用而不说明粒度。
确认导出字段粒度与下游分析目标一致。

功能点说明

Report Schemas
Normal Report
Run Pivot Report
PTM site report
protein group、peptide、precursor、fragment、run、condition 和 PTM 字段粒度

功能条目 1：Report / Report Perspective 需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 3：PTM 需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 4：Report / Grid View Report 需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 5：Report 需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 6：Report Schemas（操作场景 6）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 7：Report / Normal Report 需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 8：Run Pivot Report（操作场景 8）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 9：Report / Most Relevant Report Headers The Report 需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 10：protein group、peptide、precursor、fragment、run、condition 和 PTM 字段粒度（操作场景 10）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 11：Report Schemas（操作场景 11）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 12：Normal Report（操作场景 12）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 13：Run Pivot Report（操作场景 13）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 15：protein group、peptide、precursor、fragment、run、condition 和 PTM 字段粒度（操作场景 15）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 16：Export Report… / Report / Export Report 需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 18：Run Pivot Report（操作场景 18）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 19：Report / Normal Report / Run Pivot Report 需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 20：protein group、peptide、precursor、fragment、run、condition 和 PTM 字段粒度（操作场景 20）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 22：Report / A Normal Report / Run Pivot Report 需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 23：Run Pivot Report（操作场景 23）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 25：protein group、peptide、precursor、fragment、run、condition 和 PTM 字段粒度（操作场景 25）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 26：Report Schemas（操作场景 26）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 27：Normal Report（操作场景 27）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 28：Run Pivot Report（操作场景 28）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 29：Report / Most Relevant Report Headers / Run Pivot Report 需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 30：protein group、peptide、precursor、fragment、run、condition 和 PTM 字段粒度（操作场景 30）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 31：Report Schemas（操作场景 31）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 33：Run Pivot Report（操作场景 33）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 34：PTM site report（操作场景 34）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

小节 3.7

3.7 QC 模块

本节覆盖 QC Panels、iRT Kit QC、instrument-specific QC history、sample-specific QC panel、QC Plot History Length 等内容，重点是把功能入口、输入资源、设置边界和结果检查方式对应起来。

功能定位

QC Perspective 用于长期监控 LC-MS、质谱、chromatography 和 analysis 表现。它基于 iRT Kit 或 sample-specific QC panel 建立历史记录。

QC 界面：监控 calibration kit、识别数、质量精度和系统稳定性。

使用流程

使用 iRT peptides 或从 library 启用 sample-specific QC panel。
按 instrument 或 QC folder 查看历史。
观察识别数、保留时间、质量精度、峰宽、灵敏度和分析状态。
异常点回查 raw acquisition、sample prep、LC、instrument log 和 analysis log。

判断与注意事项

QC history 中同类 run 有稳定趋势。
异常点能通过具体指标定位到 LC、MS、样本或分析设置。
只在项目失败后才看 QC。
不同仪器或不同 QC panel 混在一起比较。
记录 settings schema、软件版本和项目适用范围。
检查 library 来源、修饰解析、iRT 和 protein 信息。

功能点说明

QC Panels
iRT Kit QC
instrument-specific QC history
sample-specific QC panel
QC Plot History Length
LC-MS 到 analysis 的多维性能监控

功能条目 1：iRT / Quality Control Perspective 需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 2：iRT Kit QC（操作场景 2）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 3：instrument-specific QC history（操作场景 3）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 4：sample-specific QC panel（操作场景 4）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 5：QC Plot History Length（操作场景 5）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 6：LC-MS 到 analysis 的多维性能监控（操作场景 6）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 7：QC Panels（操作场景 7）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 8：Settings / QC Plot 需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 9：iRT / Library / Library Perspective 需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 10：Enable QC 需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 11：QC Plot History Length（操作场景 11）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 12：LC-MS 到 analysis 的多维性能监控（操作场景 12）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

小节 3.8

3.8 Pipeline 模块

本节覆盖 Pipeline queue、sequential processing、DIA Analysis Reporting Settings、SNE Combine Workflow、batch analysis 等内容，重点是把功能入口、输入资源、设置边界和结果检查方式对应起来。

功能定位

Pipeline Perspective 用于批量处理 library-based DIA 分析，并通过队列和预定义 settings 提升大规模项目的一致性。SNE Combine 用于把大实验拆成小批次后再合并。

使用流程

建立可复用 analysis settings 和 report settings。
把多个 experiment 加入 Pipeline Queue，按顺序运行以降低磁盘 I/O 冲突。
大队列拆分成 batch 后生成多个 SNE，再用 SNE Combine 合并 identification 和后处理。
保留每个 batch 的 settings、log、report 和 SNE。

判断与注意事项

pipeline 输出路径、report、plots 和 summaries 可预测。
SNE Combine 后仍受 FDR 控制，并执行 normalization、interference correction、protein inference 和 quantification。
并行运行过多实验导致磁盘 I/O 拖慢。
不同 settings 或不同 library 来源的 SNE 无条件合并。
记录 settings schema、软件版本和项目适用范围。
确认导出字段粒度与下游分析目标一致。
检查 FDR、q-value 和过滤阈值是否与项目标准一致。
检查 library 来源、修饰解析、iRT 和 protein 信息。
检查 condition、replicate、channel 和 reference 结构。

功能点说明

Pipeline queue
sequential processing
DIA Analysis Reporting Settings
SNE Combine Workflow
batch analysis
cross-run normalization
interference correction
protein inference
FDR controlled merge
10,000+ DIA files scalability

功能条目 1：Pipeline / library-based / DIA / Pipeline Perspective The Pipeline Perspective 需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 2：sequential processing（操作场景 2）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 3：DIA Analysis Reporting Settings（操作场景 3）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 4：Analysis / Analysis Perspective 需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 5：Pipeline 需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 6：Run Pipeline / Pipeline 需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 7：interference correction（操作场景 7）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 8：DIA 需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 9：DIA / Analysis / Settings / DIA Analysis Reporting Settings 需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 10：SNE / SNE Combine Workflow 需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 11：SNE 需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 14：SNE Combine Workflow（操作场景 14）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 16：cross-run normalization（操作场景 16）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 17：interference correction（操作场景 17）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 18：SNE / directDIA 需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 19：SNE / Pipeline 需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 23：Pipeline / Pipeline Mode 需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 26：FASTA / SNE 需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 28：protein inference（操作场景 28）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 29：FDR controlled merge（操作场景 29）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 32：SNE / DIA 需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 39：DIA / Analysis / Pipeline / Settings 需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 40：Pipeline / Pipeline Perspective 需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

小节 3.9

3.9 Databases 模块

本节覆盖 Protein Databases、FASTA import、Modifications、importing modifications from search engines、custom modifications 等内容，重点是把功能入口、输入资源、设置边界和结果检查方式对应起来。

功能定位

Databases Perspective 管理 FASTA、modification、cleavage rules、GO ontology、gene annotation 和 table import。数据库层会改变 search space、protein inference 和功能注释。

使用流程

导入 FASTA 并记录版本。
从搜索引擎导入或自定义 modifications。
配置 cleavage rules。
导入 GO ontology 和 gene annotation。
通过 table import 管理外部注释表。

判断与注意事项

FASTA、修饰、酶切和 GO 资源与项目一致。
数据库版本在 report 或项目记录中可追溯。
FASTA 版本变化后仍直接比较旧结果。
自定义修饰质量、位置或命名错误。
记录 settings schema、软件版本和项目适用范围。
检查 library 来源、修饰解析、iRT 和 protein 信息。

功能点说明

Protein Databases
FASTA import
Modifications
importing modifications from search engines
custom modifications
Cleavage Rules
GO Databases
Gene Ontologies
Gene Annotations
Table Import

功能条目 1：Databases / Databases Perspective The Databases Perspective 需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 2：FASTA import（操作场景 2）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 3：Databases 需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 4：FASTA / Pulsar 需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 5：FASTA 需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 6：New Rule / Databases 需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 7：Import… / FASTA 需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 9：Gene Annotations（操作场景 9）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 12：FASTA import（操作场景 12）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 13：Modifications（操作场景 13）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 14：importing modifications from search engines（操作场景 14）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 15：custom modifications（操作场景 15）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 16：Cleavage Rules（操作场景 16）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 17：GO Databases（操作场景 17）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 18：Gene Ontologies（操作场景 18）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 19：Gene Annotations（操作场景 19）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 20：Table Import（操作场景 20）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 21：Protein Databases（操作场景 21）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 22：FASTA import（操作场景 22）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 23：Modifications（操作场景 23）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 24：importing modifications from search engines（操作场景 24）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 25：Mapped to 需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 26：Cleavage Rules（操作场景 26）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 27：GO Databases（操作场景 27）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 28：new 需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 29：Save 需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 30：Save As… 需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 31：Protein Databases（操作场景 31）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 32：Pulsar 需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 33：Modifications（操作场景 33）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 34：importing modifications from search engines（操作场景 34）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 35：Save as… 需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 36：Cleavage Rules（操作场景 36）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 37：GO Databases（操作场景 37）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 38：Gene Ontologies（操作场景 38）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 39：Gene Annotations（操作场景 39）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 40：Table Import（操作场景 40）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 42：FASTA import（操作场景 42）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 43：Modifications（操作场景 43）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 44：importing modifications from search engines（操作场景 44）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 45：custom modifications（操作场景 45）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 46：*.obo 需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 47：GO Databases（操作场景 47）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 48：Gene Ontologies（操作场景 48）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 49：Gene Annotations（操作场景 49）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 50：Table Import（操作场景 50）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 51：Protein Databases（操作场景 51）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 52：FASTA import（操作场景 52）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 53：Modifications（操作场景 53）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 54：importing modifications from search engines（操作场景 54）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 55：*.gaf 需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 56：Databases / Databases Perspective 需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 57：Import Gene Annotation… / *.gaf 需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 58：Gene Ontologies（操作场景 58）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 59：Gene Annotations（操作场景 59）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 60：Table Import（操作场景 60）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 61：Protein Databases（操作场景 61）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

小节 3.10

3.10 Settings 模块

本节覆盖 DIA Analysis Settings、Pulsar Search Settings、directDIA Settings、Library Generation Settings、Global Settings 等内容，重点是把功能入口、输入资源、设置边界和结果检查方式对应起来。

功能定位

Settings Perspective 保存可复用 schema。DIA Analysis、Pulsar、directDIA、Library Generation 和 Global Settings 都应被视为项目标准的一部分。

使用流程

为常规 DIA、directDIA、PTM、plexDIA 和报告交付分别保存 schema。
设置 directories、plotting、reporting 和 filename parsing。
导出或版本化 settings，供 GUI、CLI 和 pipeline 共用。

判断与注意事项

同类项目使用同一套 settings schema，且版本明确。
目录、文件名解析和 reporting 输出符合团队 SOP。
每次手动临时改 settings，导致结果不可复现。
GUI settings 和 CLI JSON override 不一致。
记录 settings schema、软件版本和项目适用范围。
确认导出字段粒度与下游分析目标一致。
检查 FDR、q-value 和过滤阈值是否与项目标准一致。
检查 library 来源、修饰解析、iRT 和 protein 信息。
检查 condition、replicate、channel 和 reference 结构。
将 XIC 图谱与 precursor、fragment、run 和 RT 语义对应。

功能点说明

DIA Analysis Settings
Pulsar Search Settings
directDIA Settings
Library Generation Settings
Global Settings
General
Directories
Plotting
Reporting

功能条目 1：Settings / Settings Perspective The Settings Perspective 需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 2：DIA / Analysis / Pulsar / Library 需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 3：directDIA Settings（操作场景 3）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 4：Library Generation Settings（操作场景 4）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 5：Global Settings（操作场景 5）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 6：General（操作场景 6）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 7：Save as… 需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 8：Plotting（操作场景 8）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 9：Reporting（操作场景 9）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 10：*.prop / *.txt 需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 11：DIA / directDIA / JSON / Settings 需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 12：directDIA Settings（操作场景 12）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 13：Library Generation Settings（操作场景 13）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 14：DIA / Analysis / Settings / DIA Analysis Settings The DIA Analysis 需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 15：General（操作场景 15）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 16：Pulsar / Settings / Pulsar Search Settings 需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 17：Plotting（操作场景 17）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 18：Settings / Pulsar / DIA 需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 19：Pulsar 需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 20：DIA 需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 21：Library / Settings / Pulsar / Library Generation Settings 需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 22：Library Generation Settings（操作场景 22）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 23：Global / Settings / Global Settings 需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 24：General（操作场景 24）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 25：Directories（操作场景 25）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 26：Plotting（操作场景 26）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 27：Reporting（操作场景 27）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 28：DIA Analysis Settings（操作场景 28）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 29：Pulsar Search Settings（操作场景 29）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 30：Settings / General Settings / Global Settings 需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 31：Library Generation Settings（操作场景 31）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 32：Global Settings（操作场景 32）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 33：General（操作场景 33）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 34：Directories（操作场景 34）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 35：Directories 需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 36：Reporting（操作场景 36）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 37：XIC 需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 38：Pulsar Search Settings（操作场景 38）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 39：directDIA Settings（操作场景 39）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 40：Library Generation Settings（操作场景 40）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 41：Pipeline / Pipeline Perspective 需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 42：General（操作场景 42）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

小节 3.11

3.11 命令行模式

本节覆盖 library generation CLI、Pulsar CLI、external search engine CLI、Spectronaut analysis CLI、combine SNE files 等内容，重点是把功能入口、输入资源、设置边界和结果检查方式对应起来。

功能定位

Command Line Mode 把 Spectronaut 从桌面软件扩展为可调度分析引擎。它支持建库、DIA analysis、directDIA、combine/load SNE、JSON 参数和 exit code。

使用流程

先在 GUI 中验证 settings 和输入资源。
将 settings 导出或写入 JSON arguments。
用命令行运行 library generation、diaanalysis/direct、combine 或 manageSNE。
后台任务读取 log 和 exit code，并归档输出。

判断与注意事项

命令行结果与 GUI 验证过的设置一致。
失败任务能通过 exit code、log 和输出文件定位。
没有记录完整命令和 settings。
只检查是否生成文件，不检查 exit code 和 log warning。
记录 settings schema、软件版本和项目适用范围。
确认导出字段粒度与下游分析目标一致。
检查 library 来源、修饰解析、iRT 和 protein 信息。
检查 condition、replicate、channel 和 reference 结构。
将 XIC 图谱与 precursor、fragment、run 和 RT 语义对应。

功能点说明

library generation CLI
Pulsar CLI
external search engine CLI
Spectronaut analysis CLI
combine SNE files
load SNE files
other options
exit codes
JSON arguments 和 override

功能条目 1：Command Line / Windows / Linux / Spectronaut Command Line Mode 需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 2：Windows / Linux 需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 3：spectronaut activate <license_key> / Command Line / Command Line Mode 需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 4：Spectronaut analysis CLI（操作场景 4）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 5：Linux 需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 6：load SNE files（操作场景 6）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 8：exit codes（操作场景 8）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 9：JSON arguments 和 override（操作场景 9）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 10：Library 需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 11：Pulsar CLI（操作场景 11）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 12：Library / Pulsar 需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 13：Spectronaut analysis CLI（操作场景 13）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 14：Pulsar 需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 15：load SNE files（操作场景 15）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 16：*.raw / *.wiff / *.bgms 需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 17：exit codes（操作场景 17）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 18：JSON arguments 和 override（操作场景 18）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 19：library generation CLI（操作场景 19）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 20：Pulsar CLI（操作场景 20）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 21：Search Archive / *.psar 需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 22：Spectronaut analysis CLI（操作场景 22）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 23：Settings / Settings Perspective 需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 24：*.psar 需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 25：*.bgsfasta / *.fasta 需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 26：exit codes（操作场景 26）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 27：FASTA / Settings / Settings Perspective 需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 29：Pulsar CLI（操作场景 29）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 30：*.prop 需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 31：Spectronaut analysis CLI（操作场景 31）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 33：load SNE files（操作场景 33）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 35：Library / Spectronaut Library 需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 36：Search Archive 需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 39：external search engine CLI（操作场景 39）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 40：Spectronaut analysis CLI（操作场景 40）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 42：load SNE files（操作场景 42）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 43：other options（操作场景 43）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 45：JSON arguments 和 override（操作场景 45）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 46：FASTA / *.bgsfasta 需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 48：FASTA 需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 49：Spectronaut analysis CLI（操作场景 49）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 50：combine SNE files（操作场景 50）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 51：load SNE files（操作场景 51）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 52：Library / External Search Engines Table 需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 53：exit codes（操作场景 53）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 54：JSON arguments 和 override（操作场景 54）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 55：library generation CLI（操作场景 55）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 56：Pulsar CLI（操作场景 56）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 57：external search engine CLI（操作场景 57）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 60：load SNE files（操作场景 60）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 64：Analysis / library-free / directDIA / Spectronaut Analysis 需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 65：directDIA / library-based / DIA 需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 66：external search engine CLI（操作场景 66）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 67：*.htrms / *.raw / *.wiff / *.bgms 需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 68：combine SNE files（操作场景 68）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 69：load SNE files（操作场景 69）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 70：other options（操作场景 70）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 71：exit codes（操作场景 71）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 72：JSON arguments 和 override（操作场景 72）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 73：library generation CLI（操作场景 73）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 74：Pulsar CLI（操作场景 74）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 75：external search engine CLI（操作场景 75）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 76：Spectronaut analysis CLI（操作场景 76）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 77：combine SNE files（操作场景 77）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 79：other options（操作场景 79）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 80：exit codes（操作场景 80）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 81：JSON arguments 和 override（操作场景 81）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 82：library generation CLI（操作场景 82）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 83：Windows 需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 85：Spectronaut analysis CLI（操作场景 85）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 86：combine SNE files（操作场景 86）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 87：*.fasta / *.bgsfasta 需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 88：other options（操作场景 88）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 89：exit codes（操作场景 89）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 90：JSON arguments 和 override（操作场景 90）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

3. 软件使用主流程

本章内容

3.1 界面结构

功能定位

整体布局与工作区域

Tooltip 与右键菜单

Warning 信息的判断

Log tabs、warning 和 error

使用流程

判断与注意事项

3.2 开始前检查

功能定位

使用流程

判断与注意事项

功能点说明

3.3 Library 模块

功能定位

使用流程

判断与注意事项

功能点说明

3.4 Analysis 模块

功能定位

使用流程

判断与注意事项

功能点说明

3.5 Post Analysis 模块

功能定位

使用流程

判断与注意事项

功能点说明

3.6 Report 模块

功能定位

使用流程

判断与注意事项

功能点说明

3.7 QC 模块

功能定位

使用流程

判断与注意事项

功能点说明

3.8 Pipeline 模块

功能定位

使用流程

判断与注意事项

功能点说明

3.9 Databases 模块

功能定位

使用流程

判断与注意事项

功能点说明

3.10 Settings 模块

功能定位

使用流程

判断与注意事项

功能点说明

3.11 命令行模式

功能定位

使用流程

判断与注意事项

功能点说明