软件定位
Spectronaut 的优势在于把 discovery DIA 分析、谱图级复核、PTM / plexDIA / turnover 等复杂对象层解释，以及报告交付放到同一套软件结构中完成。对于需要可追溯 review、字段级导出和多层结果解释的项目，这一点比“单次跑得快”更关键。
Spectronaut承接 discovery DIA、directDIA、PTM probing、plexDIA、turnover 和结果复核。
Spectronaut 21 升级重点集中在 directDIA、PTM site、ISF 和云端性能优化。
OmicsCloud承接统一管理、共享查看、远程复核和报告交付。
整链工作流把前处理、分析、QC、共享和交付接成一条连续路径。
适合哪些项目
大队列 discovery
组织、体液、临床大队列、长期项目和多批次运行，重点看条件结构、QC 历史、字段导出和结果复核。
复杂对象层分析
PTM、免疫肽组、plexDIA、turnover、开放修饰和 site-level 解释，要求软件能同时承接识别、过滤、定位和统计。
需要谱图级复核的团队
当项目不是只看蛋白数，而是要回到 precursor、fragment、XIC、localization 和 report headers 时，Spectronaut 的可视化价值会更明显。
需要交付链的团队
如果项目要走到共享查看、远程复核、统一管理和报告输出，仅有本地分析不够，还需要 OmicsCloud 这一层完成协作与留痕。
与 DIA-NN 的常见差异
下表比较的是 Spectronaut + OmicsCloud 的项目交付能力与 DIA-NN 的常见使用方式。比较重点放在分析深度、复核方式、交付链路和长期项目管理。
| 维度 | Spectronaut + OmicsCloud | DIA-NN |
|---|---|---|
| 定位 | 商业化 discovery 平台，强调 review、字段体系、复杂工作流和团队交付。 | 高效率 DIA 分析工具，适合快速启动和参数化批处理。 |
| 搜库与分析 | 支持 library-based、directDIA、PTM probing、multi-channel / plexDIA，并围绕同一实验对象持续复核。 | 强调 library-free / in silico 路线与参数驱动优化，复杂对象层解释通常需要额外配套。 |
| 可视化与复核 | 可直接回看界面、谱图、匹配结果、修饰、定量、MS1 / MS2 XIC、火山图、热图、PCA 和通路层解释。 | 更偏向高效计算和结果导出，深入图形化复核能力相对集中在分析参数和输出结果之后。 |
| 主流应用场景 | 常规差异蛋白组、大队列、开放修饰组、标记定量、turnover、多肽组、免疫肽组和宏蛋白质组。 | 常规 discovery 场景上手较快；更复杂场景通常更依赖数据库、参数优化和额外下游整理。 |
| 覆盖流程 | 原始数据转换、搜库、建库、定量、差异统计、生信分析、实时 QC、在线分享和报告交付。 | 重点覆盖原始数据处理、搜库、建库和定量；协作交付往往需要额外平台承接。 |
| 项目灵活性 | 可通过 report headers、schema、XIC DB 和 OmicsCloud 管理更细的结果层级与交付模板。 | 输出轻量、效率高，但复杂结果体系和客户交付逻辑通常需要额外整理。 |
| 服务与支持 | 可获得软件使用、问题诊断、计算资源、平台维护和 OmicsCloud 项目协同支持。 | 更多依赖使用者本地参数经验和自建支持体系。 |
OmicsCloud 补充了什么
DIA 项目完成本地分析后，还需要共享查看、复核记录、版本保存和报告交付。OmicsCloud 在这一层补足 Spectronaut 本地分析之后的协作能力。
统一管理
把不同批次、不同实验和不同输出版本放回同一项目结构，适合长期大队列和多轮复算。
共享查看
支持把结果页面、图表和报告交给课题组、平台负责人或客户直接查看，不再只靠离线表格往返。
远程复核
适合平台技术支持、项目复盘和跨团队诊断，把 review 讨论建立在同一份结果之上。
报告交付
把 discovery 结果进一步组织成项目留痕、阶段汇报和最终交付，而不是分析结束就停留在本地文件夹。
说明书路径
- 第 0 章用于确认项目是否需要 Spectronaut 的 review、复杂结果解释和交付能力。
- 第 1.2 节用于理解 directDIA、PTM site、ISF 和性能升级。
- 第 3.1 至 3.4 节用于建立界面结构、Library 和 Analysis 主流程的操作基础。
- 涉及交付或协作的项目，可结合 OmicsCloud 的共享、复核和报告路径组织项目结果。