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第 6 章

6. 参考基础

把算法、方法学和接口参考连接到对应软件功能，用于理解 scoring、FDR、library generation、directDIA 和报表接口。

本章小节

本章内容

小节 6

6 参考基础

本节覆盖 scoring 与 FDR 相关参考、library generation 相关参考、directDIA 与 DIA 分析参考、reporting 与接口参考 等内容，重点是把功能入口、输入资源、设置边界和结果检查方式对应起来。

功能定位

References 不是独立阅读材料，而是理解算法、FDR、library generation、directDIA、PTM、report 和接口的依据。

使用流程

  1. 遇到 scoring、FDR 或 library generation 概念时回查相关参考。
  2. 遇到 XIC、report 或 API 结构时回到接口相关参考。

判断与注意事项

  • 能把参考内容连接到具体设置、图谱或字段。
  • 只记参考文献名称，不理解它对应的软件功能。
  • 确认输入、输出、设置和结果解释边界。

功能点说明

  • scoring 与 FDR 相关参考
  • library generation 相关参考
  • directDIA 与 DIA 分析参考
  • reporting 与接口参考

功能条目 1：scoring 与 FDR 相关参考（操作场景 1） 需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 2：library generation 相关参考（操作场景 2） 需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 3：Windows 需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 4：reporting 与接口参考（操作场景 4） 需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 5：scoring 与 FDR 相关参考（操作场景 5） 需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 6：library generation 相关参考（操作场景 6） 需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 7：directDIA 与 DIA 分析参考（操作场景 7） 需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 8：reporting 与接口参考（操作场景 8） 需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 9：scoring 与 FDR 相关参考（操作场景 9） 需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 10：library generation 相关参考（操作场景 10） 需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 11：directDIA 与 DIA 分析参考（操作场景 11） 需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 12：reporting 与接口参考（操作场景 12） 需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 13：scoring 与 FDR 相关参考（操作场景 13） 需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 14：Improved Label-Free Quantification 需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 15：directDIA 与 DIA 分析参考（操作场景 15） 需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 16：reporting 与接口参考（操作场景 16） 需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 17：scoring 与 FDR 相关参考（操作场景 17） 需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 18：library generation 相关参考（操作场景 18） 需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 19：directDIA 与 DIA 分析参考（操作场景 19） 需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 20：reporting 与接口参考（操作场景 20） 需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 21：scoring 与 FDR 相关参考（操作场景 21） 需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 22：library generation 相关参考（操作场景 22） 需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 23：directDIA 与 DIA 分析参考（操作场景 23） 需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 24：reporting 与接口参考（操作场景 24） 需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 25：scoring 与 FDR 相关参考（操作场景 25） 需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 26：library generation 相关参考（操作场景 26） 需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 27：directDIA 与 DIA 分析参考（操作场景 27） 需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 28：reporting 与接口参考（操作场景 28） 需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 29：scoring 与 FDR 相关参考（操作场景 29） 需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 30：library generation 相关参考（操作场景 30） 需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 31：directDIA 与 DIA 分析参考（操作场景 31） 需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 32：reporting 与接口参考（操作场景 32） 需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 33：scoring 与 FDR 相关参考（操作场景 33） 需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 34：library generation 相关参考（操作场景 34） 需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 35：iRT 需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 36：reporting 与接口参考（操作场景 36） 需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 37：scoring 与 FDR 相关参考（操作场景 37） 需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 38：library generation 相关参考（操作场景 38） 需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 39：directDIA 与 DIA 分析参考（操作场景 39） 需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 40：reporting 与接口参考（操作场景 40） 需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 41：Analysis / Targeted Data Extraction / Accurate Proteome Analysis 需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 42：library generation 相关参考（操作场景 42） 需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 43：directDIA 与 DIA 分析参考（操作场景 43） 需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 44：reporting 与接口参考（操作场景 44） 需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 45：scoring 与 FDR 相关参考（操作场景 45） 需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 46：library generation 相关参考（操作场景 46） 需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 47：DIA / Large Scale Targeted Protein Quantification 需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 48：reporting 与接口参考（操作场景 48） 需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 49：scoring 与 FDR 相关参考（操作场景 49） 需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 50：library generation 相关参考（操作场景 50） 需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 51：directDIA 与 DIA 分析参考（操作场景 51） 需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 52：reporting 与接口参考（操作场景 52） 需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 53：scoring 与 FDR 相关参考（操作场景 53） 需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 54：library generation 相关参考（操作场景 54） 需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 55：directDIA 与 DIA 分析参考（操作场景 55） 需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 56：reporting 与接口参考（操作场景 56） 需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 57：scoring 与 FDR 相关参考（操作场景 57） 需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 58：library generation 相关参考（操作场景 58） 需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 59：directDIA 与 DIA 分析参考（操作场景 59） 需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 60：reporting 与接口参考（操作场景 60） 需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 61：scoring 与 FDR 相关参考（操作场景 61） 需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 62：library generation 相关参考（操作场景 62） 需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 63：directDIA 与 DIA 分析参考（操作场景 63） 需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 64：reporting 与接口参考（操作场景 64） 需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 65：scoring 与 FDR 相关参考（操作场景 65） 需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 66：DIA 需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 67：directDIA 与 DIA 分析参考（操作场景 67） 需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 68：reporting 与接口参考（操作场景 68） 需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 69：scoring 与 FDR 相关参考（操作场景 69） 需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 70：library generation 相关参考（操作场景 70） 需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

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