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第 6 章

6. 参考基础

把算法、方法学和接口参考连接到对应软件功能，用于理解 scoring、FDR、library generation、directDIA 和报表接口。

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小节 6

6 参考基础

scoring 与 FDR 相关参考、library generation 相关参考、directDIA 与 DIA 分析参考、reporting 与接口参考 共同构成配置与检查范围。使用时核对功能入口、输入资源、设置边界和结果输出。

功能定位

References 不是独立阅读材料，而是理解算法、FDR、library generation、directDIA、PTM、report 和接口的依据。

使用流程

  1. 遇到 scoring、FDR 或 library generation 概念时回查相关参考。
  2. 遇到 XIC、report 或 API 结构时回到接口相关参考。

判断与注意事项

  • 能把参考内容连接到具体设置、图谱或字段。
  • 只记参考文献名称，不理解它对应的软件功能。
  • 确认输入、输出、设置和结果解释边界。

功能点说明

  • scoring 与 FDR 相关参考
  • library generation 相关参考
  • directDIA 与 DIA 分析参考
  • reporting 与接口参考

功能条目 1：scoring 与 FDR 相关参考（操作场景 1）。核对入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，并确认与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 一致。

功能条目 2：library generation 相关参考（操作场景 2）。核对入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，并确认与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 一致。

功能条目 3：Windows。核对入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，并确认与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 一致。

功能条目 4：reporting 与接口参考（操作场景 4）。核对入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，并确认与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 一致。

功能条目 5：scoring 与 FDR 相关参考（操作场景 5）。核对入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，并确认与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 一致。

功能条目 6：library generation 相关参考（操作场景 6）。核对入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，并确认与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 一致。

功能条目 7：directDIA 与 DIA 分析参考（操作场景 7）。核对入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，并确认与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 一致。

功能条目 8：reporting 与接口参考（操作场景 8）。核对入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，并确认与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 一致。

功能条目 9：scoring 与 FDR 相关参考（操作场景 9）。核对入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，并确认与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 一致。

功能条目 10：library generation 相关参考（操作场景 10）。核对入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，并确认与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 一致。

功能条目 11：directDIA 与 DIA 分析参考（操作场景 11）。核对入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，并确认与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 一致。

功能条目 12：reporting 与接口参考（操作场景 12）。核对入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，并确认与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 一致。

功能条目 13：scoring 与 FDR 相关参考（操作场景 13）。核对入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，并确认与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 一致。

功能条目 14：Improved Label-Free Quantification。核对入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，并确认与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 一致。

功能条目 15：directDIA 与 DIA 分析参考（操作场景 15）。核对入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，并确认与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 一致。

功能条目 16：reporting 与接口参考（操作场景 16）。核对入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，并确认与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 一致。

功能条目 17：scoring 与 FDR 相关参考（操作场景 17）。核对入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，并确认与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 一致。

功能条目 18：library generation 相关参考（操作场景 18）。核对入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，并确认与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 一致。

功能条目 19：directDIA 与 DIA 分析参考（操作场景 19）。核对入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，并确认与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 一致。

功能条目 20：reporting 与接口参考（操作场景 20）。核对入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，并确认与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 一致。

功能条目 21：scoring 与 FDR 相关参考（操作场景 21）。核对入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，并确认与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 一致。

功能条目 22：library generation 相关参考（操作场景 22）。核对入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，并确认与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 一致。

功能条目 23：directDIA 与 DIA 分析参考（操作场景 23）。核对入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，并确认与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 一致。

功能条目 24：reporting 与接口参考（操作场景 24）。核对入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，并确认与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 一致。

功能条目 25：scoring 与 FDR 相关参考（操作场景 25）。核对入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，并确认与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 一致。

功能条目 26：library generation 相关参考（操作场景 26）。核对入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，并确认与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 一致。

功能条目 27：directDIA 与 DIA 分析参考（操作场景 27）。核对入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，并确认与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 一致。

功能条目 28：reporting 与接口参考（操作场景 28）。核对入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，并确认与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 一致。

功能条目 29：scoring 与 FDR 相关参考（操作场景 29）。核对入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，并确认与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 一致。

功能条目 30：library generation 相关参考（操作场景 30）。核对入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，并确认与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 一致。

功能条目 31：directDIA 与 DIA 分析参考（操作场景 31）。核对入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，并确认与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 一致。

功能条目 32：reporting 与接口参考（操作场景 32）。核对入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，并确认与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 一致。

功能条目 33：scoring 与 FDR 相关参考（操作场景 33）。核对入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，并确认与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 一致。

功能条目 34：library generation 相关参考（操作场景 34）。核对入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，并确认与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 一致。

功能条目 35：iRT。核对入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，并确认与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 一致。

功能条目 36：reporting 与接口参考（操作场景 36）。核对入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，并确认与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 一致。

功能条目 37：scoring 与 FDR 相关参考（操作场景 37）。核对入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，并确认与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 一致。

功能条目 38：library generation 相关参考（操作场景 38）。核对入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，并确认与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 一致。

功能条目 39：directDIA 与 DIA 分析参考（操作场景 39）。核对入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，并确认与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 一致。

功能条目 40：reporting 与接口参考（操作场景 40）。核对入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，并确认与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 一致。

功能条目 41：Analysis / Targeted Data Extraction / Accurate Proteome Analysis。核对入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，并确认与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 一致。

功能条目 42：library generation 相关参考（操作场景 42）。核对入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，并确认与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 一致。

功能条目 43：directDIA 与 DIA 分析参考（操作场景 43）。核对入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，并确认与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 一致。

功能条目 44：reporting 与接口参考（操作场景 44）。核对入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，并确认与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 一致。

功能条目 45：scoring 与 FDR 相关参考（操作场景 45）。核对入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，并确认与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 一致。

功能条目 46：library generation 相关参考（操作场景 46）。核对入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，并确认与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 一致。

功能条目 47：DIA / Large Scale Targeted Protein Quantification。核对入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，并确认与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 一致。

功能条目 48：reporting 与接口参考（操作场景 48）。核对入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，并确认与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 一致。

功能条目 49：scoring 与 FDR 相关参考（操作场景 49）。核对入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，并确认与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 一致。

功能条目 50：library generation 相关参考（操作场景 50）。核对入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，并确认与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 一致。

功能条目 51：directDIA 与 DIA 分析参考（操作场景 51）。核对入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，并确认与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 一致。

功能条目 52：reporting 与接口参考（操作场景 52）。核对入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，并确认与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 一致。

功能条目 53：scoring 与 FDR 相关参考（操作场景 53）。核对入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，并确认与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 一致。

功能条目 54：library generation 相关参考（操作场景 54）。核对入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，并确认与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 一致。

功能条目 55：directDIA 与 DIA 分析参考（操作场景 55）。核对入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，并确认与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 一致。

功能条目 56：reporting 与接口参考（操作场景 56）。核对入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，并确认与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 一致。

功能条目 57：scoring 与 FDR 相关参考（操作场景 57）。核对入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，并确认与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 一致。

功能条目 58：library generation 相关参考（操作场景 58）。核对入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，并确认与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 一致。

功能条目 59：directDIA 与 DIA 分析参考（操作场景 59）。核对入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，并确认与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 一致。

功能条目 60：reporting 与接口参考（操作场景 60）。核对入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，并确认与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 一致。

功能条目 61：scoring 与 FDR 相关参考（操作场景 61）。核对入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，并确认与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 一致。

功能条目 62：library generation 相关参考（操作场景 62）。核对入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，并确认与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 一致。

功能条目 63：directDIA 与 DIA 分析参考（操作场景 63）。核对入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，并确认与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 一致。

功能条目 64：reporting 与接口参考（操作场景 64）。核对入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，并确认与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 一致。

功能条目 65：scoring 与 FDR 相关参考（操作场景 65）。核对入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，并确认与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 一致。

功能条目 66：DIA。核对入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，并确认与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 一致。

功能条目 67：directDIA 与 DIA 分析参考（操作场景 67）。核对入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，并确认与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 一致。

功能条目 68：reporting 与接口参考（操作场景 68）。核对入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，并确认与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 一致。

功能条目 69：scoring 与 FDR 相关参考（操作场景 69）。核对入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，并确认与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 一致。

功能条目 70：library generation 相关参考（操作场景 70）。核对入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，并确认与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 一致。

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