Spectronaut 21 第 7 章

小节 7.1

7.1 DIA Analysis Settings

本节覆盖 DIA Analysis Settings 全部参数组、identification、calibration、quantification、filtering 等内容，重点是把功能入口、输入资源、设置边界和结果检查方式对应起来。

功能定位

DIA Analysis Settings 是正式项目复现性的核心。它控制 identification、calibration、quantification、filtering、statistics 和 reporting/output。

使用流程

按项目类型选择 settings schema。
检查 FDR、mass tolerance、interference correction、normalization、protein inference 和 reporting 设置。
保存 schema 并记录版本。

判断与注意事项

同类项目可复用同一设置，修改项有明确原因。
为了提高识别数随意放宽阈值。
改 settings 后不记录版本。
记录 settings schema、软件版本和项目适用范围。
确认导出字段粒度与下游分析目标一致。
检查 FDR、q-value 和过滤阈值是否与项目标准一致。
检查 library 来源、修饰解析、iRT 和 protein 信息。
检查 condition、replicate、channel 和 reference 结构。
将 XIC 图谱与 precursor、fragment、run 和 RT 语义对应。

功能点说明

DIA Analysis Settings 全部参数组
identification
calibration
quantification
filtering
statistics
reporting/output

功能条目 1：DIA / Analysis / Settings / DIA Analysis Settings 需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 2：identification（操作场景 2）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 3：calibration（操作场景 3）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 4：quantification（操作场景 4）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 5：XIC / XIC Extraction The XIC IM Extraction 需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 6：statistics（操作场景 6）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 7：reporting/output（操作场景 7）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 8：DIA Analysis Settings 全部参数组（操作场景 8）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 9：XIC / iRT / XIC RT Extraction 需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 10：calibration（操作场景 10）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 11：quantification（操作场景 11）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 12：filtering（操作场景 12）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 13：Settings / HTRMS / Calibration Basic Settings Calibration Mode 需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 14：reporting/output（操作场景 14）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 15：MZ Extraction 需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 16：identification（操作场景 16）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 17：calibration（操作场景 17）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 18：iRT / DIA 需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 19：iRT 需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 20：Settings / iRT / Advanced Settings 需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 23：identification（操作场景 23）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 25：quantification（操作场景 25）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 26：filtering（操作场景 26）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 27：statistics（操作场景 27）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 28：XIC 需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 29：Settings / Identification Basic Settings 需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 30：identification（操作场景 30）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 31：calibration（操作场景 31）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 32：quantification（操作场景 32）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 33：filtering（操作场景 33）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 34：statistics（操作场景 34）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 35：reporting/output（操作场景 35）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 36：DIA Analysis Settings 全部参数组（操作场景 36）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 37：identification（操作场景 37）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 38：calibration（操作场景 38）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 39：quantification（操作场景 39）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 40：filtering（操作场景 40）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 41：statistics（操作场景 41）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 42：reporting/output（操作场景 42）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 43：directDIA 需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 44：identification（操作场景 44）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 45：calibration（操作场景 45）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 46：Settings / Advanced Settings 需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 47：filtering（操作场景 47）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 48：statistics（操作场景 48）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 49：reporting/output（操作场景 49）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 50：IsDecoy / TRUE / FALSE 需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 51：identification（操作场景 51）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 52：calibration（操作场景 52）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 53：quantification（操作场景 53）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 54：filtering（操作场景 54）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 55：statistics（操作场景 55）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 56：reporting/output（操作场景 56）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 57：DIA Analysis Settings 全部参数组（操作场景 57）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 58：ISF 需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 61：filtering（操作场景 61）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 62：Settings / Quantification Basic Settings 需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 63：Filtered 需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 64：DIA Analysis Settings 全部参数组（操作场景 64）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 65：identification（操作场景 65）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 66：calibration（操作场景 66）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 67：quantification（操作场景 67）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 68：filtering（操作场景 68）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 69：statistics（操作场景 69）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 70：reporting/output（操作场景 70）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 72：identification（操作场景 72）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 73：calibration（操作场景 73）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 74：quantification（操作场景 74）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 75：filtering（操作场景 75）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 76：statistics（操作场景 76）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 77：reporting/output（操作场景 77）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 78：DIA Analysis Settings 全部参数组（操作场景 78）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 79：identification（操作场景 79）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 80：calibration（操作场景 80）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 81：quantification（操作场景 81）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 82：filtering（操作场景 82）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 83：statistics（操作场景 83）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 84：reporting/output（操作场景 84）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 85：DIA Analysis Settings 全部参数组（操作场景 85）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 86：identification（操作场景 86）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 87：calibration（操作场景 87）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 88：quantification（操作场景 88）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 89：filtering（操作场景 89）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 90：statistics（操作场景 90）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

小节 7.2

7.2 Pulsar Search Settings

本节覆盖 Pulsar Search Settings、enzyme/cleavage、modifications、mass tolerance、search space 等内容，重点是把功能入口、输入资源、设置边界和结果检查方式对应起来。

功能定位

Pulsar Search Settings 决定建库搜索空间，包括酶切、修饰、质量容差和数据库范围。

使用流程

确认 enzyme/cleavage、fixed/variable modifications、mass tolerance 和 FASTA。
控制搜索空间，避免不必要的开放搜索拖慢并增加错误发现压力。

判断与注意事项

搜索空间与实验设计一致，建库结果条目数量和修饰分布合理。
同时开启过多可变修饰或非特异搜索。
记录 settings schema、软件版本和项目适用范围。
检查 condition、replicate、channel 和 reference 结构。

功能点说明

Pulsar Search Settings
enzyme/cleavage
modifications
mass tolerance
search space
library generation 输入

功能条目 1：Pulsar / Settings / Pulsar Search Settings 需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 2：enzyme/cleavage（操作场景 2）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 3：Databases 需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 4：mass tolerance（操作场景 4）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 5：search space（操作场景 5）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

小节 7.3

7.3 directDIA Settings

本节覆盖 directDIA Pulsar Search Settings、directDIA DIA Analysis settings、library-free search space、FASTA 与 modification 边界、quantification 设置等内容，重点是把功能入口、输入资源、设置边界和结果检查方式对应起来。

功能定位

directDIA Settings 包含 library-free 搜索和 DIA 定量两层：先从 raw + FASTA 建立识别基础，再完成 DIA analysis。

使用流程

设置 directDIA Pulsar search 的 FASTA、酶切、修饰和搜索空间。
设置 directDIA DIA Analysis 的定量、过滤、校准和输出。
directDIA+ 在 speed/depth 之间按项目目标选择。

判断与注意事项

library-free 结果应检查识别数、q-value、RT/iRT、mass error 和 XIC 证据。
认为 directDIA 不需要控制 FASTA 和修饰搜索空间。
记录 settings schema、软件版本和项目适用范围。
确认导出字段粒度与下游分析目标一致。
检查 FDR、q-value 和过滤阈值是否与项目标准一致。
检查 library 来源、修饰解析、iRT 和 protein 信息。
检查 condition、replicate、channel 和 reference 结构。
将 XIC 图谱与 precursor、fragment、run 和 RT 语义对应。

功能点说明

directDIA Pulsar Search Settings
directDIA DIA Analysis settings
library-free search space
FASTA 与 modification 边界
quantification 设置

功能条目 1：Settings / Pulsar / DIA / Analysis 需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 2：directDIA / Pulsar / Settings / Pulsar Search Settings 需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 3：library-free search space（操作场景 3）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 4：Databases 需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 5：quantification 设置（操作场景 5）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 6：directDIA Pulsar Search Settings（操作场景 6）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 7：Modifications Search Mode 需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 8：PTM 需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 9：FASTA 与 modification 边界（操作场景 9）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 10：quantification 设置（操作场景 10）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 11：PTM / Settings / Speed-Up Basic Settings 需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 12：directDIA DIA Analysis settings（操作场景 12）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 13：library-free 需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 14：Settings / directDIA / Advanced Settings 需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 15：quantification 设置（操作场景 15）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 16：directDIA Pulsar Search Settings（操作场景 16）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 17：directDIA DIA Analysis settings（操作场景 17）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 18：library-free search space（操作场景 18）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 19：Settings / directDIA / Identification Basic Settings 需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 20：directDIA 需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 23：library-free search space（操作场景 23）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 24：FASTA 与 modification 边界（操作场景 24）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 25：DIA 需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 27：directDIA DIA Analysis settings（操作场景 27）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 28：Settings / Advanced Settings 需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 29：FASTA 需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 30：ISF 需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 33：Pipeline 需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 34：FASTA 与 modification 边界（操作场景 34）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 35：quantification 设置（操作场景 35）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 36：directDIA Pulsar Search Settings（操作场景 36）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 37：iRT 需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 38：Settings / iRT / Basic Settings 需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 44：FASTA 与 modification 边界（操作场景 44）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 46：DIA / iRT / directDIA 需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 47：Settings / iRT / Advanced Settings 需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 48：library-free search space（操作场景 48）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 49：FASTA 与 modification 边界（操作场景 49）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 50：quantification 设置（操作场景 50）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 51：directDIA Pulsar Search Settings（操作场景 51）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 52：directDIA DIA Analysis settings（操作场景 52）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 53：library-free search space（操作场景 53）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 54：FASTA 与 modification 边界（操作场景 54）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 55：quantification 设置（操作场景 55）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 56：directDIA Pulsar Search Settings（操作场景 56）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 57：directDIA DIA Analysis settings（操作场景 57）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 58：library-free search space（操作场景 58）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 59：FASTA 与 modification 边界（操作场景 59）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 60：quantification 设置（操作场景 60）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 61：directDIA Pulsar Search Settings（操作场景 61）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 62：directDIA DIA Analysis settings（操作场景 62）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 63：Library 需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 64：FASTA 与 modification 边界（操作场景 64）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 65：quantification 设置（操作场景 65）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 66：directDIA Pulsar Search Settings（操作场景 66）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 67：directDIA DIA Analysis settings（操作场景 67）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 68：library-free search space（操作场景 68）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 70：quantification 设置（操作场景 70）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 71：directDIA Pulsar Search Settings（操作场景 71）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 73：directDIA / DIA / Analysis / DIA Analysis 需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 74：FASTA 与 modification 边界（操作场景 74）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 75：quantification 设置（操作场景 75）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 76：directDIA Pulsar Search Settings（操作场景 76）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 77：directDIA DIA Analysis settings（操作场景 77）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 78：XIC / XIC Extraction The XIC IM Extraction 需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 79：FASTA 与 modification 边界（操作场景 79）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 80：quantification 设置（操作场景 80）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 81：directDIA Pulsar Search Settings（操作场景 81）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 82：XIC / iRT / XIC RT Extraction 需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 83：library-free search space（操作场景 83）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 84：FASTA 与 modification 边界（操作场景 84）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 85：quantification 设置（操作场景 85）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 86：Settings / Calibration Basic Settings MZ Extraction 需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 87：directDIA DIA Analysis settings（操作场景 87）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 88：library-free search space（操作场景 88）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

小节 7.4

7.4 Library Generation Settings

本节覆盖 Library Generation Settings、条目保留、质量过滤、precursor/fragment/protein 信息、library generation schema 等内容，重点是把功能入口、输入资源、设置边界和结果检查方式对应起来。

功能定位

Library Generation Settings 决定哪些 PSM、peptide、precursor、fragment 和 protein 信息进入 library。

使用流程

根据建库来源选择 schema。
检查条目保留、质量过滤、修饰处理和 protein 信息。
生成 library 后查看 overview。

判断与注意事项

library 能支持目标 DIA 项目的覆盖度和定量稳定性。
生成 library 后不检查 overview。
记录 settings schema、软件版本和项目适用范围。
检查 FDR、q-value 和过滤阈值是否与项目标准一致。
检查 library 来源、修饰解析、iRT 和 protein 信息。
检查 condition、replicate、channel 和 reference 结构。

功能点说明

Library Generation Settings
条目保留
质量过滤
precursor/fragment/protein 信息
library generation schema

功能条目 1：Library / Settings / Library Generation Settings 需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 2：条目保留（操作场景 2）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 3：质量过滤（操作场景 3）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 4：precursor/fragment/protein 信息（操作场景 4）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 5：library generation schema（操作场景 5）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 6：Library Generation Settings（操作场景 6）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 7：条目保留（操作场景 7）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 8：质量过滤（操作场景 8）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 9：Pulsar 需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 10：PTM 需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 11：Library Generation Settings（操作场景 11）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 12：条目保留（操作场景 12）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 13：质量过滤（操作场景 13）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 14：precursor/fragment/protein 信息（操作场景 14）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 15：library generation schema（操作场景 15）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 16：Library Generation Settings（操作场景 16）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 17：条目保留（操作场景 17）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 18：Databases 需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 19：Library / Spectral Library 需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 20：library generation schema（操作场景 20）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 21：Library Generation Settings（操作场景 21）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 22：条目保留（操作场景 22）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 23：质量过滤（操作场景 23）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 24：FASTA 需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 25：library generation schema（操作场景 25）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 26：Library Generation Settings（操作场景 26）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 28：iRT 需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 29：Settings / iRT / Basic Settings 需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 33：质量过滤（操作场景 33）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 35：DIA / iRT / directDIA 需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 36：Settings / iRT / Advanced Settings 需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 37：条目保留（操作场景 37）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 38：质量过滤（操作场景 38）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 39：precursor/fragment/protein 信息（操作场景 39）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 40：library generation schema（操作场景 40）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 41：Library Generation Settings（操作场景 41）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 42：条目保留（操作场景 42）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 43：质量过滤（操作场景 43）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 44：precursor/fragment/protein 信息（操作场景 44）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 45：library generation schema（操作场景 45）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 46：Library Generation Settings（操作场景 46）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 47：条目保留（操作场景 47）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 48：质量过滤（操作场景 48）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 49：precursor/fragment/protein 信息（操作场景 49）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 50：library generation schema（操作场景 50）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 51：Library Generation Settings（操作场景 51）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 52：Library 需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

小节 7.5

7.5 Analysis 图谱

本节覆盖 RT Calibration、Deep iRT Overview、XIC Extraction Width、Analysis Summary、Ion Mobility Calibration 等内容，重点是把功能入口、输入资源、设置边界和结果检查方式对应起来。

功能定位

Analysis Perspective Plots 是结果复核工具箱，覆盖 run-level calibration、ion mobility、mass error、XIC、spectrum、PDM、alignment、coverage 和 condition box plot。

使用流程

先看 run node plots 判断整体校准和仪器状态。
再看 peptide/fragment plots 判断单个候选证据。
最后看 alignment、coverage 和 condition plots 判断跨 run 稳定性。

判断与注意事项

关键候选应有稳定 RT、合理 mass error、清晰 XIC、匹配 fragment 和可解释 spectrum。
只看表格 q-value，不看谱图证据。
记录 settings schema、软件版本和项目适用范围。
确认导出字段粒度与下游分析目标一致。
检查 library 来源、修饰解析、iRT 和 protein 信息。
检查 condition、replicate、channel 和 reference 结构。
将 XIC 图谱与 precursor、fragment、run 和 RT 语义对应。

功能点说明

RT Calibration
Deep iRT Overview
XIC Extraction Width
Analysis Summary
Ion Mobility Calibration
Mass Calibrations
TIC/BPC
Analysis Log
DIA Acquisition Method Overview
Identifications Per Cycle
Mass Error Histograms
MS2 XIC
MS1 XIC
Ion Mobilograms
PTM Localization Plot
PDM Plot
XIC Graph
Protein Coverage
Condition Box Plot

功能条目 1：Analysis / Analysis Perspective / Plots Run Node Plots RT Calibration 需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 2：Deep iRT Overview（操作场景 2）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 3：iRT 需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 4：Analysis Summary（操作场景 4）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 5：Ion Mobility Calibration（操作场景 5）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 8：XIC / XIC Extraction 需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 9：DIA Acquisition Method Overview（操作场景 9）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 10：Settings / Analysis 需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 11：XIC / iRT / XIC Extraction 需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 12：MS2 XIC（操作场景 12）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 16：PDM Plot（操作场景 16）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 17：Analysis / Analysis Summary The Analysis 需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 18：Protein Coverage（操作场景 18）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 19：Analysis 需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 20：Ion Mobility Calibration 需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 21：Ion Mobility Extraction 需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 22：XIC Extraction Width（操作场景 22）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 23：Analysis Summary（操作场景 23）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 24：Ion Mobility Calibration（操作场景 24）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 25：Mass Calibrations（操作场景 25）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 26：TIC/BPC（操作场景 26）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 28：DIA Acquisition Method Overview（操作场景 28）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 29：Identifications Per Cycle（操作场景 29）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 30：DIA 需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 31：MS2 XIC（操作场景 31）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 32：MS1 XIC（操作场景 32）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 34：PTM Localization Plot（操作场景 34）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 35：PDM Plot（操作场景 35）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 36：XIC 需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 37：Protein Coverage（操作场景 37）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 38：Condition Box Plot（操作场景 38）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 39：RT Calibration（操作场景 39）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 40：Deep iRT Overview（操作场景 40）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 41：XIC Extraction Width（操作场景 41）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 42：Analysis Summary（操作场景 42）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 43：iRT / XIC 需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 44：Mass Calibrations（操作场景 44）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 45：TIC/BPC（操作场景 45）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 51：MS1 XIC（操作场景 51）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 52：Ion Mobilograms（操作场景 52）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 53：PTM Localization Plot（操作场景 53）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 54：PDM Plot（操作场景 54）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 55：XIC Graph（操作场景 55）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 56：Protein Coverage（操作场景 56）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 57：Condition Box Plot（操作场景 57）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 58：RT Calibration（操作场景 58）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 59：Deep iRT Overview（操作场景 59）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 60：XIC Extraction Width（操作场景 60）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 64：TIC/BPC（操作场景 64）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 66：DIA Acquisition Method Overview（操作场景 66）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 67：Identifications Per Cycle（操作场景 67）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 68：Mass Error Histograms（操作场景 68）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 71：Ion Mobilograms（操作场景 71）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 72：PTM 需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 73：PDM Plot（操作场景 73）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 74：XIC Graph（操作场景 74）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 75：Protein Coverage（操作场景 75）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 76：Condition Box Plot（操作场景 76）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 77：RT Calibration（操作场景 77）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 78：Deep iRT Overview（操作场景 78）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 79：Show All Theoretical Fragments 需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 80：Set Fragment Filter 需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 81：Ion Mobility Calibration（操作场景 81）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 83：TIC/BPC（操作场景 83）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 84：Analysis Log（操作场景 84）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 85：DIA Acquisition Method Overview（操作场景 85）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 86：Identifications Per Cycle（操作场景 86）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 87：Mass Error Histograms（操作场景 87）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 88：MS2 XIC（操作场景 88）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 89：MS1 XIC（操作场景 89）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 90：Ion Mobilograms（操作场景 90）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

小节 7.6

7.6 Experiment Tab 操作

本节覆盖 Add/Remove runs、Map missing runs、Recalculate Qvalues、Refresh Post Analysis、Re-extract all XICs 等内容，重点是把功能入口、输入资源、设置边界和结果检查方式对应起来。

功能定位

Experiment Tab Options 是分析后维护入口，涉及加减 run、重算 q-value、刷新 Post Analysis、重新提取 XIC、导出 settings、分组和保存。

使用流程

修改 peak picking 或 integration boundary 后重算 q-values。
修改分析后刷新 Post Analysis。
缺失 run 路径时使用 map missing runs。
需要完整 XIC 时 re-extract all XICs。

判断与注意事项

界面修改已经被保存，并且后分析结果与修改后的 analysis 状态一致。
手动改峰后不重算 q-value。
修改 analysis 后忘记 Save。
记录 settings schema、软件版本和项目适用范围。
确认导出字段粒度与下游分析目标一致。
检查 FDR、q-value 和过滤阈值是否与项目标准一致。
检查 library 来源、修饰解析、iRT 和 protein 信息。
检查 condition、replicate、channel 和 reference 结构。
将 XIC 图谱与 precursor、fragment、run 和 RT 语义对应。

功能点说明

Add/Remove runs
Map missing runs
Recalculate Qvalues
Refresh Post Analysis
Re-extract all XICs
Export Experiment Settings
Group by
Reset All Peaks
Commit Library Changes
Save

功能条目 1：Analysis / Analysis Perspective 需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 2：Map missing runs（操作场景 2）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 3：Recalculate Qvalues（操作场景 3）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 4：Refresh Post Analysis（操作场景 4）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 5：Analysis 需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 6：Export Experiment Settings（操作场景 6）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 7：Group by（操作场景 7）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 8：Reset All Peaks（操作场景 8）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 9：Analysis / Refresh Post Analysis 需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 10：Save（操作场景 10）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 11：Settings / Export Experiment Settings 需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 12：Map missing runs（操作场景 12）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 13：Recalculate Qvalues（操作场景 13）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 14：Refresh Post Analysis（操作场景 14）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 15：Library / Analysis / Commit Library / Analysis Perspective 需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 16：Export Experiment Settings（操作场景 16）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 17：Group by（操作场景 17）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 18：Reset All Peaks（操作场景 18）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 19：Commit Library Changes（操作场景 19）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 20：Settings / Analysis / Post Analysis 需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 21：FASTA 需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 22：Map missing runs（操作场景 22）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

小节 7.7

7.7 Post Analysis 图谱

本节覆盖 Run Identifications、Data Completeness、Ranked Protein Groups、Digestion Efficiency、CVs Below X 等内容，重点是把功能入口、输入资源、设置边界和结果检查方式对应起来。

功能定位

Post Analysis Plots 用于从整体质量、数据完整性、CV、normalization、PCA、volcano、heatmap 和 PTM plots 解释结果。

使用流程

先看 run identifications 和 data completeness。
再看 CV、normalization 和 TIC overlay。
最后用 PCA、volcano、heatmap 和 PTM plots 解释组间差异。

判断与注意事项

图谱支持统计设计，异常样本和缺失值有解释。
用漂亮图替代质量判断。
检查 condition、replicate、channel 和 reference 结构。

功能点说明

Run Identifications
Data Completeness
Ranked Protein Groups
Digestion Efficiency
CVs Below X
Normalization
TIC Overlay
Peptide Motifs
Detected Modifications
Coefficients of Variation
LFQBench
pSILAC H/L Ratios
PCA
Volcano Plot
Heatmap
PTM Analysis Plots

功能条目 1：Analysis / Post Analysis Perspective 需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 2：Data Completeness（操作场景 2）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 3：Run Identifications 需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 5：Cumulative Full Profiles 需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 6：Normalization（操作场景 6）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 7：TIC Overlay（操作场景 7）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 8：Data Completeness 需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 9：Detected Modifications（操作场景 9）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 10：Coefficients of Variation（操作场景 10）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 11：LFQBench（操作场景 11）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 12：pSILAC H/L Ratios（操作场景 12）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 14：Volcano Plot（操作场景 14）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 15：Heatmap（操作场景 15）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 16：PTM Analysis Plots（操作场景 16）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 17：Run Identifications（操作场景 17）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 18：Data Completeness（操作场景 18）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 19：Ranked Protein Groups（操作场景 19）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 20：Digestion Efficiency（操作场景 20）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 21：CVs Below X（操作场景 21）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 22：Normalization（操作场景 22）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 23：TIC Overlay（操作场景 23）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 24：Peptide Motifs（操作场景 24）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 25：Detected Modifications（操作场景 25）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 26：Coefficients of Variation（操作场景 26）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 27：LFQBench（操作场景 27）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 28：Normalization 需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 29：PCA（操作场景 29）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 30：Volcano Plot（操作场景 30）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 31：Heatmap（操作场景 31）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 32：TIC Overlay Plot 需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 33：Run Identifications（操作场景 33）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 34：Data Completeness（操作场景 34）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 35：Ranked Protein Groups（操作场景 35）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 36：Digestion Efficiency（操作场景 36）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 37：CVs Below X（操作场景 37）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 38：Normalization（操作场景 38）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 39：TIC Overlay（操作场景 39）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 40：Peptide Motifs（操作场景 40）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 41：PTM 需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 43：LFQBench（操作场景 43）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 44：pSILAC H/L Ratios（操作场景 44）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 45：PCA（操作场景 45）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 46：Volcano Plot（操作场景 46）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 47：Heatmap（操作场景 47）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 48：PTM Analysis Plots（操作场景 48）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 49：Run Identifications（操作场景 49）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 50：Data Completeness（操作场景 50）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 51：Ranked Protein Groups（操作场景 51）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 52：Digestion Efficiency（操作场景 52）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 53：CVs Below X（操作场景 53）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 54：Normalization（操作场景 54）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 55：TIC Overlay（操作场景 55）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 56：Peptide Motifs（操作场景 56）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 57：Detected Modifications（操作场景 57）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 58：Analysis / Principal Component Analysis 需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 59：LFQBench（操作场景 59）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 60：pSILAC H/L Ratios（操作场景 60）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 61：PCA（操作场景 61）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 62：Volcano Plot（操作场景 62）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 63：Heatmap（操作场景 63）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 64：PTM Analysis Plots（操作场景 64）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 65：Run Identifications（操作场景 65）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 66：PTM / Analysis / PTM Analysis Plots PTM Analysis / Post Analysis Perspective 需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 68：Digestion Efficiency（操作场景 68）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 69：PTM / Volcano Plot 需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 70：Normalization（操作场景 70）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 71：TIC Overlay（操作场景 71）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 72：Peptide Motifs（操作场景 72）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 74：Coefficients of Variation（操作场景 74）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 76：pSILAC H/L Ratios（操作场景 76）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 77：PCA（操作场景 77）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 78：Volcano Plot（操作场景 78）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

小节 7.8

7.8 常用 Report Headers

本节覆盖 Protein group 字段、Peptide 字段、Precursor 字段、Fragment 字段、Run 和 condition 字段等内容，重点是把功能入口、输入资源、设置边界和结果检查方式对应起来。

功能定位

Report Headers 是导出表的语言。字段粒度包括 protein group、peptide、precursor、fragment、run、condition、quantity、quality、PTM 和 ISF。

使用流程

先确定报告粒度。
选择身份字段、定量字段、质量字段、注释字段和统计字段。
PTM/ISF 项目加入 site probability、stoichiometry、ISF class、parent/child 相关字段。

判断与注意事项

下游分析不会因字段粒度混乱产生重复计数。
每个 quantity 都有对应 identity、quality 和 condition 信息。
只导出数量，不导出 q-value、c-score 或 condition。
记录 settings schema、软件版本和项目适用范围。
确认导出字段粒度与下游分析目标一致。
检查 FDR、q-value 和过滤阈值是否与项目标准一致。
检查 library 来源、修饰解析、iRT 和 protein 信息。

功能点说明

Protein group 字段
Peptide 字段
Precursor 字段
Fragment 字段
Run 和 condition 字段
Quantity 字段
Qvalue 和 Cscore
PTM site 字段
ISF 相关字段
peak quality 字段

功能条目 1：Report / Most Relevant Report Headers 需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 2：Peptide 字段（操作场景 2）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 3：Precursor 字段（操作场景 3）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 4：Fragment 字段（操作场景 4）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 5：Run 和 condition 字段（操作场景 5）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 6：Quantity 字段（操作场景 6）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 7：Qvalue 和 Cscore（操作场景 7）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 8：PTM site 字段（操作场景 8）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 9：ISF 相关字段（操作场景 9）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 10：peak quality 字段（操作场景 10）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 11：Protein group 字段（操作场景 11）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 12：Peptide 字段（操作场景 12）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 13：PG.ProteinGroups 需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 14：Fragment 字段（操作场景 14）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 16：Quantity 字段（操作场景 16）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 18：PTM site 字段（操作场景 18）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 20：peak quality 字段（操作场景 20）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 22：Peptide 字段（操作场景 22）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 23：PG.ProteinGroups / FASTA 需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 24：Fragment 字段（操作场景 24）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 25：Run 和 condition 字段（操作场景 25）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 26：Quantity 字段（操作场景 26）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 27：Qvalue 和 Cscore（操作场景 27）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 28：PTM site 字段（操作场景 28）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 29：ISF 相关字段（操作场景 29）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 30：peak quality 字段（操作场景 30）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 31：Protein group 字段（操作场景 31）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 32：Peptide 字段（操作场景 32）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 33：Precursor 字段（操作场景 33）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 34：Fragment 字段（操作场景 34）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 35：Run 和 condition 字段（操作场景 35）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 36：Quantity 字段（操作场景 36）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 37：Qvalue 和 Cscore（操作场景 37）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 38：PTM site 字段（操作场景 38）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 39：ISF 相关字段（操作场景 39）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 40：Library 需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 41：Protein group 字段（操作场景 41）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 42：Peptide 字段（操作场景 42）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 43：Precursor 字段（操作场景 43）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 44：ISF 需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 45：Run 和 condition 字段（操作场景 45）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 46：iRT 需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 47：Qvalue 和 Cscore（操作场景 47）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 50：Analysis / Analysis Perspective 需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 51：Analysis / PTM / Analysis Perspective 需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 52：Peptide 字段（操作场景 52）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 53：Precursor 字段（操作场景 53）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 54：Fragment 字段（操作场景 54）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 55：Run 和 condition 字段（操作场景 55）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 56：Quantity 字段（操作场景 56）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 57：Qvalue 和 Cscore（操作场景 57）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 58：PTM site 字段（操作场景 58）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 59：ISF 相关字段（操作场景 59）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 60：peak quality 字段（操作场景 60）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 61：Protein group 字段（操作场景 61）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 62：Peptide 字段（操作场景 62）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 63：Precursor 字段（操作场景 63）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 64：Fragment 字段（操作场景 64）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 65：Run 和 condition 字段（操作场景 65）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 66：PTM 需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

小节 7.9

7.9 All XIC database export

本节覆盖 All XIC database export、Database Schema、IonTraces Table、RTAxis Table、Run Table 等内容，重点是把功能入口、输入资源、设置边界和结果检查方式对应起来。

功能定位

All XIC database export 把 XIC 数据导出成可查询数据库，适合深度可视化、二次开发和自定义 QC。

使用流程

导出 XIC DB。
用 schema 理解表结构。
通过 FG.XICDbId 连接 fragment/precursor 与 IonTraces。
用 RTAxis 还原 RT 轴，用 Run 表连接 run 信息。

判断与注意事项

重建的 XIC 能与 report 中的 precursor、fragment、run 和 RT 对应。
把 XIC DB 当普通图像文件，而不是带语义的底层数据接口。
记录 settings schema、软件版本和项目适用范围。
确认导出字段粒度与下游分析目标一致。
检查 library 来源、修饰解析、iRT 和 protein 信息。
将 XIC 图谱与 precursor、fragment、run 和 RT 语义对应。

功能点说明

All XIC database export
Database Schema
IonTraces Table
RTAxis Table
Run Table
FG.XICDbId
base64 traces
R 读取示例

功能条目 1：XIC / DIA 需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 2：XIC 需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 3：Settings / XIC 需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 4：Analysis / Settings / Pipeline / Analysis Settings 需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 5：XIC / Database Schema 需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 7：base64 traces（操作场景 7）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 8：XIC / IonTraces Table 需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 9：All XIC database export（操作场景 9）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 10：Database Schema（操作场景 10）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 11：IonTraces Table（操作场景 11）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 12：RTAxis Table（操作场景 12）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 14：FG.XICDbId（操作场景 14）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 15：base64 traces（操作场景 15）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 16：R 读取示例（操作场景 16）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 17：All XIC database export（操作场景 17）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 18：Database Schema（操作场景 18）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 19：RTAxis Table 需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 20：RTAxis Table（操作场景 20）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 21：Run Table（操作场景 21）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 22：FG.XICDbId（操作场景 22）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 23：base64 traces（操作场景 23）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 24：R 读取示例（操作场景 24）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 25：All XIC database export（操作场景 25）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 26：Run Table 需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 27：IonTraces Table（操作场景 27）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 28：RTAxis Table（操作场景 28）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 29：Run Table（操作场景 29）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 30：FG.XICDbId（操作场景 30）需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 31：RSQLite / base64enc / IntensityDataBytes / RTDataBytes 需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱，以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

7. 参数、图谱、字段和 XIC 接口

本章内容

7.1 DIA Analysis Settings

功能定位

使用流程

判断与注意事项

功能点说明

7.2 Pulsar Search Settings

功能定位

使用流程

判断与注意事项

功能点说明

7.3 directDIA Settings

功能定位

使用流程

判断与注意事项

功能点说明

7.4 Library Generation Settings

功能定位

使用流程

判断与注意事项

功能点说明

7.5 Analysis 图谱

功能定位

使用流程

判断与注意事项

功能点说明

7.6 Experiment Tab 操作

功能定位

使用流程

判断与注意事项

功能点说明

7.7 Post Analysis 图谱

功能定位

使用流程

判断与注意事项

功能点说明

7.8 常用 Report Headers

功能定位

使用流程

判断与注意事项

功能点说明

7.9 All XIC database export

功能定位

使用流程

判断与注意事项

功能点说明