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第 4 章

4. HTRMS Converter

完成文件转换、文件夹转换和 HTRMS Converter 命令行运行。

本章小节

本章内容

小节 4.1

4.1 文件转换

本节覆盖 单文件转换、源文件和目标格式、转换任务状态 等内容,重点是把功能入口、输入资源、设置边界和结果检查方式对应起来。

功能定位

File Conversion 用于把单个原始数据或中间文件转换成 Spectronaut 可使用或下游可读取的格式。

使用流程

  1. 选择源文件,确认输出格式和目标目录。
  2. 启动转换后检查任务状态、输出文件和 log。

判断与注意事项

  • 转换后的文件能被后续 workflow 识别。
  • 未确认源文件完整性就转换。
  • 记录 settings schema、软件版本和项目适用范围。

功能点说明

  • 单文件转换
  • 源文件和目标格式
  • 转换任务状态

功能条目 1:Add Files… 需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱,以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 2:源文件和目标格式(操作场景 2) 需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱,以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 3:转换任务状态(操作场景 3) 需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱,以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 4:单文件转换(操作场景 4) 需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱,以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 5:HTRMS / HTRMS Converter 需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱,以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 6:转换任务状态(操作场景 6) 需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱,以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 7:HTRMS 需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱,以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

小节 4.2

4.2 文件夹转换

本节覆盖 文件夹批量转换、输入目录和输出目录、批量任务监控 等内容,重点是把功能入口、输入资源、设置边界和结果检查方式对应起来。

功能定位

Folder Conversion 用于批量转换目录中的文件,适合大队列或统一预处理。

使用流程

  1. 选择输入目录和输出目录。
  2. 确认文件筛选规则。
  3. 转换完成后抽查文件数量和 log。

判断与注意事项

  • 输出数量、格式和目录结构符合预期。
  • 输入输出目录混在一起,导致重复转换或覆盖。
  • 记录 settings schema、软件版本和项目适用范围。

功能点说明

  • 文件夹批量转换
  • 输入目录和输出目录
  • 批量任务监控

功能条目 1:Add Folder… 需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱,以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 2:输入目录和输出目录(操作场景 2) 需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱,以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 3:Batch Conversion 需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱,以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 4:文件夹批量转换(操作场景 4) 需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱,以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

小节 4.3

4.3 Converter 命令行模式

本节覆盖 HTRMS Converter 命令行参数、批量转换自动化、日志和错误回查 等内容,重点是把功能入口、输入资源、设置边界和结果检查方式对应起来。

功能定位

HTRMS Converter 命令行模式适合服务器和批量队列。

使用流程

  1. 固定 converter 参数、输入目录、输出目录和日志路径。
  2. 在脚本中处理失败重试和完成检查。

判断与注意事项

  • 命令行转换与 GUI 转换结果一致。
  • 没有保存转换命令和日志。
  • 记录 settings schema、软件版本和项目适用范围。

功能点说明

  • HTRMS Converter 命令行参数
  • 批量转换自动化
  • 日志和错误回查

功能条目 1:HTRMS / Command Line / Windows / Linux 需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱,以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 2:HTRMS / HTRMS Converter 需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱,以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。

功能条目 3:日志和错误回查(操作场景 3) 需要作为本节的功能点核对。使用时重点确认它对应的入口、输入来源、设置含义、输出文件或图谱,以及是否与当前项目的 run、condition、library、FASTA、settings 和 report schema 保持一致。